4509 genes were found for organism Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 46    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Rcas_0001  CDS  NC_009767  370  1812  1443  chromosomal replication initiation protein  YP_001430158  decreased coverage  0.000170377  unclonable  6.50471e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0002  CDS  NC_009767  1923  3086  1164  secreted hydrolase-like protein  YP_001430159  decreased coverage  0.000706868  unclonable  5.76659e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0003  CDS  NC_009767  3125  3502  378  thioesterase superfamily protein  YP_001430160  hitchhiker  0.00198303  unclonable  3.1845e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0004  CDS  NC_009767  3540  3965  426  hypothetical protein  YP_001430161  hitchhiker  0.00189642  unclonable  2.99771e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0005  CDS  NC_009767  3966  4196  231  hypothetical protein  YP_001430162  hitchhiker  0.00120037  unclonable  2.60435e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0006  CDS  NC_009767  4259  4687  429  histidine triad (HIT) protein  YP_001430163  hitchhiker  0.0070148  unclonable  2.79381e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0007  CDS  NC_009767  4718  6460  1743  phosphotransferase domain-containing protein  YP_001430164  normal  0.0296814  unclonable  5.65114e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0008  CDS  NC_009767  6922  7395  474  transcription elongation factor GreA  YP_001430165  hitchhiker  0.000636821  hitchhiker  2.29317e-06  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0009  CDS  NC_009767  7529  8998  1470  lysyl-tRNA synthetase  YP_001430166  hitchhiker  0.00617172  hitchhiker  3.78083e-06  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0010  CDS  NC_009767  9035  9283  249  hypothetical protein  YP_001430167  hitchhiker  0.000388951  hitchhiker  1.0836e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0011  CDS  NC_009767  9480  9875  396  death-on-curing family protein  YP_001430168  hitchhiker  0.00205829  hitchhiker  1.1369e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0012  CDS  NC_009767  9892  10830  939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  YP_001430169  hitchhiker  0.000378494  hitchhiker  1.48939e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0013  CDS  NC_009767  11062  12375  1314  phospholipid/glycerol acyltransferase  YP_001430170  decreased coverage  0.000782429  hitchhiker  7.45066e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0014  CDS  NC_009767  13696  14769  1074  glycosyl transferase family protein  YP_001430171  hitchhiker  0.00192438  hitchhiker  6.17059e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0015  CDS  NC_009767  14871  16382  1512  cell envelope-related transcriptional attenuator  YP_001430172  normal  0.0348648  hitchhiker  7.79954e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0016  CDS  NC_009767  16565  17104  540  thioesterase superfamily protein  YP_001430173  normal  0.704012  hitchhiker  0.000199845  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0017  CDS  NC_009767  17324  18325  1002  glycosyl transferase family protein  YP_001430174  normal  hitchhiker  0.000233702  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0018  CDS  NC_009767  18464  19081  618  BioY protein  YP_001430175  normal  hitchhiker  0.000199845  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0019  CDS  NC_009767  21418  22704  1287  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  YP_001430176  normal  0.191094  hitchhiker  0.000354462  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0020  CDS  NC_009767  22709  23590  882  amidinotransferase  YP_001430177  normal  hitchhiker  0.000289153  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0021  CDS  NC_009767  25868  27007  1140  hypothetical protein  YP_001430178  normal  hitchhiker  0.000314696  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0022  CDS  NC_009767  27424  28374  951  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  YP_001430179  normal  hitchhiker  0.000279217  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0023  CDS  NC_009767  28504  30525  2022  sodium/hydrogen exchanger  YP_001430180  normal  hitchhiker  0.000486087  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0024  CDS  NC_009767  30940  31614  675  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  YP_001430181  normal  0.471332  hitchhiker  0.00220906  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0025  CDS  NC_009767  31620  32162  543  putative transmembrane anti-sigma factor  YP_001430182  normal  0.661777  hitchhiker  0.00212862  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0026  CDS  NC_009767  32298  32636  339  hypothetical protein  YP_001430183  normal  0.373044  normal  0.0108948  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0027  CDS  NC_009767  33607  34134  528  single-strand binding protein  YP_001430184  normal  0.664632  normal  0.0441795  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0028  CDS  NC_009767  34407  36539  2133  glycosyl transferase group 1  YP_001430185  normal  normal  0.310155  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0029  CDS  NC_009767  36569  38632  2064  glycosyl transferase family protein  YP_001430186  normal  normal  0.642435  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0030  CDS  NC_009767  38648  39301  654  deoxynucleoside kinase  YP_001430187  normal  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0031  CDS  NC_009767  39423  41324  1902  adenylate/guanylate cyclase  YP_001430188  normal  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0032  CDS  NC_009767  41601  45938  4338  TPR repeat-containing protein  YP_001430189  normal  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0033  CDS  NC_009767  45982  46341  360  roadblock/LC7 family protein  YP_001430190  normal  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0034  CDS  NC_009767  46487  46936  450  nucleoside diphosphate kinase  YP_001430191  normal  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0035  CDS  NC_009767  46943  48208  1266  hypothetical protein  YP_001430192  normal  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0036  CDS  NC_009767  48275  50185  1911  VanW family protein  YP_001430193  normal  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0037  CDS  NC_009767  50282  50983  702  DNA repair protein RadC  YP_001430194  normal  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0038  CDS  NC_009767  51343  53136  1794  peptidase M23B  YP_001430195  normal  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0039    NC_009767  53212  53426  215      normal  0.356059  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0040  CDS  NC_009767  53764  54087  324  CutA1 divalent ion tolerance protein  YP_001430196  normal  0.214285  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0041  CDS  NC_009767  54325  55779  1455  aldehyde dehydrogenase  YP_001430197  normal  0.0209129  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0042  CDS  NC_009767  55781  56665  885  hypothetical protein  YP_001430198  decreased coverage  0.00533467  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0043  CDS  NC_009767  56990  57949  960  hypothetical protein  YP_001430199  normal  0.0448955  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0044  CDS  NC_009767  57963  58976  1014  integrase family protein  YP_001430200  normal  0.381266  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0045  CDS  NC_009767  59089  60288  1200  NAD-dependent epimerase/dehydratase  YP_001430201  normal  0.55488  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0046  CDS  NC_009767  60431  62023  1593  glycyl-tRNA synthetase  YP_001430202  normal  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0047  CDS  NC_009767  62261  63205  945  integrase family protein  YP_001430203  normal  0.456307  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0048  CDS  NC_009767  63354  64361  1008  nifR3 family TIM-barrel protein  YP_001430204  normal  0.11245  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0049  CDS  NC_009767  64435  64662  228  hypothetical protein  YP_001430205  normal  0.064858  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0050  CDS  NC_009767  64741  66081  1341  hypothetical protein  YP_001430206  normal  0.0359798  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0051  CDS  NC_009767  66082  67074  993  hypothetical protein  YP_001430207  normal  0.0950481  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0052  CDS  NC_009767  67172  67666  495  hypothetical protein  YP_001430208  normal  0.412375  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0053  CDS  NC_009767  67679  68164  486  hypothetical protein  YP_001430209  normal  0.275779  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0054  CDS  NC_009767  68332  69099  768  inositol monophosphatase  YP_001430210  normal  0.56898  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0055  CDS  NC_009767  69112  70179  1068  radical SAM domain-containing protein  YP_001430211  normal  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0056  CDS  NC_009767  70217  70438  222  hypothetical protein  YP_001430212  normal  0.641487  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0057  CDS  NC_009767  70479  71711  1233  threonine dehydratase  YP_001430213  normal  0.835911  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0058  CDS  NC_009767  71729  71950  222  hypothetical protein  YP_001430214  normal  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0059  CDS  NC_009767  72044  72265  222  hypothetical protein  YP_001430215  normal  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0060  CDS  NC_009767  72281  75718  3438  transcriptional activator domain-containing protein  YP_001430216  normal  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0061  CDS  NC_009767  76292  76846  555  colicin V production protein  YP_001430217  normal  normal  0.822074  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0062  CDS  NC_009767  76893  79373  2481  MutS2 family protein  YP_001430218  normal  0.21825  normal  0.439412  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0063  CDS  NC_009767  79381  79989  609  peptidoglycan-binding LysM  YP_001430219  normal  0.0180593  normal  0.117773  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0064  CDS  NC_009767  79986  80501  516  hypothetical protein  YP_001430220  hitchhiker  0.00583622  normal  0.1124  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0065  CDS  NC_009767  80524  81621  1098  polysaccharide deacetylase  YP_001430221  hitchhiker  0.00184975  hitchhiker  0.0058603  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0066  CDS  NC_009767  81867  83078  1212  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  YP_001430222  unclonable  5.58926e-06  hitchhiker  0.00313159  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0067  CDS  NC_009767  83306  83920  615  hypothetical protein  YP_001430223  decreased coverage  1.31857e-05  hitchhiker  0.00106792  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0068  CDS  NC_009767  83942  85336  1395  hypothetical protein  YP_001430224  decreased coverage  0.00010049  hitchhiker  0.00158155  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0069  CDS  NC_009767  85876  88785  2910  hypothetical protein  YP_001430225  normal  0.0314244  hitchhiker  2.62699e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0070  CDS  NC_009767  88782  89201  420  hypothetical protein  YP_001430226  normal  0.0485688  hitchhiker  7.23825e-06  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0071  CDS  NC_009767  89188  89430  243  hypothetical protein  YP_001430227  normal  0.0372665  hitchhiker  6.65883e-06  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0072    NC_009767  89426  89674  249      normal  0.0349827  hitchhiker  6.49383e-06  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0073  CDS  NC_009767  90026  91207  1182  hypothetical protein  YP_001430228  unclonable  1.46563e-05  unclonable  1.20063e-09  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0074  CDS  NC_009767  91462  92751  1290  phosphopyruvate hydratase  YP_001430229  decreased coverage  0.00475517  unclonable  1.06415e-09  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0075  CDS  NC_009767  92956  94029  1074  DRTGG domain-containing protein  YP_001430230  normal  0.33059  hitchhiker  2.01295e-08  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0076  CDS  NC_009767  94083  96179  2097  acetyl coenzyme A synthetase subunit alpha  YP_001430231  normal  hitchhiker  3.10794e-06  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0077  CDS  NC_009767  96878  99592  2715  leucyl-tRNA synthetase  YP_001430232  normal  0.622899  hitchhiker  8.64885e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0078  CDS  NC_009767  99635  100456  822  methyltransferase type 11  YP_001430233  normal  0.682251  hitchhiker  0.000120825  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0079  CDS  NC_009767  100541  101056  516  hypothetical protein  YP_001430234  normal  hitchhiker  0.00103343  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0080  CDS  NC_009767  101058  102074  1017  hypothetical protein  YP_001430235  normal  hitchhiker  0.00132496  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0081  CDS  NC_009767  102424  102759  336  hypothetical protein  YP_001430236  normal  normal  0.0127651  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0082  CDS  NC_009767  102756  102986  231  hypothetical protein  YP_001430237  normal  normal  0.024664  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0083  CDS  NC_009767  103142  104125  984  ribose-phosphate pyrophosphokinase  YP_001430238  normal  normal  0.0312629  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0084  CDS  NC_009767  104416  105402  987  aldo/keto reductase  YP_001430239  normal  normal  0.0322052  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0085  CDS  NC_009767  105460  106272  813  hypothetical protein  YP_001430240  normal  normal  0.0307887  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0086  CDS  NC_009767  106490  108595  2106  translation elongation factor G  YP_001430241  normal  normal  0.0459554  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0087  CDS  NC_009767  109067  110431  1365  FolC bifunctional protein  YP_001430242  normal  normal  0.0279686  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0088  CDS  NC_009767  110552  110863  312  DNA polymerase beta subunit  YP_001430243  normal  normal  0.0340868  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0089  CDS  NC_009767  110844  111191  348  hypothetical protein  YP_001430244  normal  normal  0.0346134  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0090  CDS  NC_009767  111188  113281  2094  molybdopterin oxidoreductase  YP_001430245  normal  normal  0.0958221  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0091  CDS  NC_009767  113278  113799  522  shikimate kinase  YP_001430246  normal  normal  0.10625  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0092  CDS  NC_009767  114050  115009  960  hypothetical protein  YP_001430247  normal  normal  0.116222  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0093  CDS  NC_009767  115318  116433  1116  3-dehydroquinate synthase  YP_001430248  normal  normal  0.19244  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0094  CDS  NC_009767  116430  116843  414  HI0074 family nucleotidyltransferase substrate binding protein  YP_001430249  normal  normal  0.257983  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0095  CDS  NC_009767  116840  117178  339  DNA polymerase beta subunit  YP_001430250  normal  normal  0.365343  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0096    NC_009767  117386  117559  174      normal  normal  0.338063  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0097  CDS  NC_009767  117561  117968  408  Cna B domain-containing protein  YP_001430251  normal  normal  0.503159  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0098  CDS  NC_009767  118188  118604  417  Cna B domain-containing protein  YP_001430252  normal  normal  0.685071  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0099  CDS  NC_009767  118773  120122  1350  protein serine/threonine phosphatase  YP_001430253  normal  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0100  CDS  NC_009767  120193  122010  1818  DNA mismatch repair protein MutL  YP_001430254  normal  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 46    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>