2959 genes were found for organism Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 30    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Lferr_0001  CDS  NC_011206  252  1610  1359  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_002218470  hitchhiker  0.000132407  decreased coverage  0.000453889  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0002  CDS  NC_011206  1894  2991  1098  DNA polymerase III, beta subunit  YP_002218471  decreased coverage  3.18907e-05  decreased coverage  0.000394754  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0003  CDS  NC_011206  2993  4045  1053  DNA replication and repair protein RecF  YP_002218472  hitchhiker  0.00329262  decreased coverage  0.000397503  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0004  CDS  NC_011206  4042  6447  2406  DNA gyrase, B subunit  YP_002218473  normal  0.0231697  decreased coverage  0.000608059  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0005  CDS  NC_011206  6592  10098  3507  hypothetical protein  YP_002218474  normal  0.0881557  hitchhiker  0.000952337  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0006  CDS  NC_011206  10193  10705  513  Spore coat U domain protein  YP_002218475  hitchhiker  0.00295786  hitchhiker  0.0018193  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0007  CDS  NC_011206  10719  11462  744  chaperone protein EcpD  YP_002218476  normal  0.0410847  hitchhiker  0.00437464  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0008  CDS  NC_011206  11449  13872  2424  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  YP_002218477  normal  0.333359  hitchhiker  0.00375796  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0009  CDS  NC_011206  13869  14333  465  Spore coat U domain protein  YP_002218478  normal  0.164066  hitchhiker  0.00841458  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0010  CDS  NC_011206  14356  14484  129  Septum formation topological specificity factor MinE  YP_002218479  normal  0.409246  normal  0.0160788  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0011  CDS  NC_011206  14492  14926  435  hypothetical protein  YP_002218480  normal  0.808442  normal  0.0183228  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0012  CDS  NC_011206  15259  15510  252  cell division topological specificity factor MinE  YP_002218481  normal  normal  0.0291332  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0013  CDS  NC_011206  15512  16321  810  septum site-determining protein MinD  YP_002218482  normal  normal  0.0346954  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0014  CDS  NC_011206  16340  17071  732  septum site-determining protein MinC  YP_002218483  normal  normal  0.062849  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0015  CDS  NC_011206  17102  17428  327  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  YP_002218484  normal  0.935743  normal  0.0922438  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0016  CDS  NC_011206  17425  19980  2556  DNA topoisomerase I  YP_002218485  normal  0.954343  normal  0.0614036  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0017  CDS  NC_011206  19984  20424  441  protein of unknown function DUF494  YP_002218486  normal  0.640555  normal  0.0565587  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0018  CDS  NC_011206  20434  21531  1098  DNA protecting protein DprA  YP_002218487  normal  0.645037  normal  0.109485  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0019  CDS  NC_011206  21528  22577  1050  Peptidoglycan-binding LysM  YP_002218488  normal  normal  0.154254  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0020  CDS  NC_011206  22660  23163  504  peptide deformylase  YP_002218489  normal  normal  0.133709  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0021  CDS  NC_011206  23156  24097  942  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_002218490  normal  normal  0.223082  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0022  CDS  NC_011206  24103  25398  1296  sun protein  YP_002218491  normal  normal  0.242982  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0023  CDS  NC_011206  25389  25988  600  hypothetical protein  YP_002218492  normal  normal  0.214769  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0024  CDS  NC_011206  25961  28171  2211  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_002218493  normal  normal  0.10248  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0025  CDS  NC_011206  28193  29599  1407  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  YP_002218494  normal  normal  0.0807039  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0026  CDS  NC_011206  29596  29793  198  hypothetical protein  YP_002218495  normal  normal  0.0615079  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0027  CDS  NC_011206  29747  29914  168  hypothetical protein  YP_002218496  normal  normal  0.0620652  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0028  CDS  NC_011206  30028  31521  1494  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_002218497  normal  0.708764  normal  0.0865846  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0029  CDS  NC_011206  31563  32930  1368  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  YP_002218498  normal  0.59486  normal  0.125276  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0030  CDS  NC_011206  33353  34852  1500  Pyrrolo-quinoline quinone  YP_002218499  normal  0.951716  normal  0.123126  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0031  CDS  NC_011206  34969  36327  1359  hypothetical protein  YP_002218500  normal  normal  0.184871  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0032  CDS  NC_011206  36399  37754  1356  tRNA modification GTPase TrmE  YP_002218501  normal  normal  0.189606  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0033  CDS  NC_011206  37792  39378  1587  60 kDa inner membrane insertion protein  YP_002218502  normal  normal  0.401707  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0034  CDS  NC_011206  39394  39609  216  protein of unknown function DUF37  YP_002218503  normal  0.908916  normal  0.29812  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0035  CDS  NC_011206  39606  39956  351  ribonuclease P protein component  YP_002218504  normal  0.816345  normal  0.309207  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0036  CDS  NC_011206  39961  40095  135  50S ribosomal protein L34  YP_002218505  normal  normal  0.398714  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0037  CDS  NC_011206  40166  41833  1668  putative ABC transporter ATP-binding protein  YP_002218506  normal  0.264543  normal  0.674738  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0038  CDS  NC_011206  41931  42833  903  transcriptional regulator, LysR family  YP_002218507  normal  normal  0.744574  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0039  CDS  NC_011206  42895  44007  1113  secretion protein HlyD family protein  YP_002218508  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0040  CDS  NC_011206  43982  45427  1446  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  YP_002218509  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0041  CDS  NC_011206  45417  47072  1656  major facilitator superfamily MFS_1  YP_002218510  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0042  CDS  NC_011206  47544  48752  1209  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  YP_002218511  normal  0.120445  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0043  CDS  NC_011206  48792  49604  813  hypothetical protein  YP_002218512  normal  0.282086  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0044  CDS  NC_011206  49629  50639  1011  putative sulfate-binding protein  YP_002218513  normal  0.109555  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0045  CDS  NC_011206  50692  51774  1083  TQO small subunit DoxD  YP_002218514  normal  0.191442  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0046  CDS  NC_011206  51872  52519  648  Rhodanese domain protein  YP_002218515  normal  0.100616  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0047  CDS  NC_011206  52580  52981  402  Rhodanese domain protein  YP_002218516  normal  0.045632  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0048  CDS  NC_011206  53012  53530  519  Redoxin domain protein  YP_002218517  normal  0.0534182  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0049  CDS  NC_011206  53603  54685  1083  TQO small subunit DoxD  YP_002218518  normal  0.336804  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0050  CDS  NC_011206  54738  55751  1014  putative sulfate-binding protein  YP_002218519  normal  0.113251  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0051  CDS  NC_011206  55773  56585  813  hypothetical protein  YP_002218520  normal  0.316484  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0052  CDS  NC_011206  56620  57090  471  hypothetical protein  YP_002218521  normal  0.323344  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0053  CDS  NC_011206  57137  57919  783  hypothetical protein  YP_002218522  normal  0.137595  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0054  CDS  NC_011206  57923  58981  1059  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  YP_002218523  normal  0.0689897  normal  0.802997  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0055  CDS  NC_011206  59118  59774  657  multiple antibiotic resistance (MarC)-related protein  YP_002218524  normal  0.0468967  normal  0.907646  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0056  CDS  NC_011206  59886  60143  258  regulatory protein, FmdB family  YP_002218525  hitchhiker  0.00717185  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0057  CDS  NC_011206  60227  62017  1791  aspartyl-tRNA synthetase  YP_002218526  unclonable  2.41419e-07  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0058  CDS  NC_011206  62103  63200  1098  quinolinate synthetase  YP_002218527  decreased coverage  0.000714365  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0059  CDS  NC_011206  63209  63820  612  phospholipid/glycerol acyltransferase  YP_002218528  normal  0.0471186  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0060  CDS  NC_011206  63900  64652  753  hypothetical protein  YP_002218529  normal  0.0149328  normal  0.895421  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0061  CDS  NC_011206  64678  65235  558  Holliday junction resolvase  YP_002218530  normal  0.0317029  normal  0.843846  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0062  CDS  NC_011206  65264  65845  582  Holliday junction DNA helicase RuvA  YP_002218531  normal  0.23532  normal  0.677868  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0063  CDS  NC_011206  65888  66910  1023  Holliday junction DNA helicase RuvB  YP_002218532  normal  0.389593  normal  0.914826  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0064  CDS  NC_011206  66900  67322  423  tol-pal system-associated acyl-CoA thioesterase  YP_002218533  normal  0.246744  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0065  CDS  NC_011206  67329  68030  702  protein TolQ  YP_002218534  normal  0.566643  normal  0.905632  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0066  CDS  NC_011206  68027  68437  411  protein TolR  YP_002218535  normal  0.659052  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0067  CDS  NC_011206  68434  69387  954  protein TolA  YP_002218536  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0068  CDS  NC_011206  69380  70648  1269  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  YP_002218537  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0069  CDS  NC_011206  70690  71379  690  exsB protein  YP_002218538  normal  normal  0.955333  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0070  CDS  NC_011206  71382  72026  645  Radical SAM domain protein  YP_002218539  normal  0.457092  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0071  CDS  NC_011206  72026  72844  819  tol-pal system protein YbgF  YP_002218540  normal  0.840894  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0072  CDS  NC_011206  72865  73443  579  peptidoglycan-associated lipoprotein  YP_002218541  normal  0.524746  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0073  CDS  NC_011206  73504  73800  297  hypothetical protein  YP_002218542  normal  0.497418  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0074  CDS  NC_011206  73778  73978  201  hypothetical protein  YP_002218543  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0075  CDS  NC_011206  74064  75482  1419  Undecaprenyl-phosphate galactose phosphotransferase, WbaP  YP_002218544  normal  0.665928  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0076  CDS  NC_011206  75701  76525  825  lipopolysaccharide biosynthesis protein  YP_002218545  normal  0.853299  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0077  CDS  NC_011206  76601  76972  372  transcriptional regulator, MarR family  YP_002218546  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0078  CDS  NC_011206  77057  77167  111  hypothetical protein  YP_002218547  normal  0.687951  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0079  CDS  NC_011206  77164  78663  1500  polysaccharide biosynthesis protein  YP_002218548  normal  0.75242  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0080  CDS  NC_011206  78653  79714  1062  Methyltransferase type 11  YP_002218549  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0081  CDS  NC_011206  79738  80760  1023  glycosyl transferase family 2  YP_002218550  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0082  CDS  NC_011206  80757  81968  1212  glycosyl transferase group 1  YP_002218551  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0083  CDS  NC_011206  81984  83264  1281  hypothetical protein  YP_002218552  normal  0.0937751  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0084  CDS  NC_011206  83271  84311  1041  glycosyl transferase group 1  YP_002218553  normal  0.248022  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0085  CDS  NC_011206  84379  85305  927  glycosyl transferase family 2  YP_002218554  normal  0.0285695  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0086  CDS  NC_011206  85298  85666  369  glycosyl transferase, group 1  YP_002218555  normal  0.089376  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0087  CDS  NC_011206  86406  86627  222  prevent-host-death family protein  YP_002218556  normal  0.393506  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0088  CDS  NC_011206  86627  87040  414  hypothetical protein  YP_002218557  normal  0.713807  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0089  CDS  NC_011206  87037  87327  291  hypothetical protein  YP_002218558  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0090  CDS  NC_011206  87493  87768  276  plasmid maintenance system killer  YP_002218559  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0091  CDS  NC_011206  87784  88101  318  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  YP_002218560  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0092  CDS  NC_011206  88077  88229  153  hypothetical protein  YP_002218561  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0093  CDS  NC_011206  88395  88502  108  hypothetical protein  YP_002218562  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0094  CDS  NC_011206  88715  89878  1164  filamentation induced by cAMP protein Fic  YP_002218563  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0095    NC_011206  90023  90441  419      normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0096  CDS  NC_011206  90438  90680  243  prevent-host-death family protein  YP_002218564  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0097  CDS  NC_011206  90764  90937  174  Proto-chlorophyllide reductase 57 kD subunit  YP_002218565  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0098  CDS  NC_011206  91048  91476  429  hypothetical protein  YP_002218566  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0099  CDS  NC_011206  91479  91910  432  hypothetical protein  YP_002218567  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Lferr_0100  CDS  NC_011206  92056  94248  2193  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_002218568  normal  normal  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 30    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>