4654 genes were found for organism Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 47    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Strop_0001  CDS  NC_009380  625  2388  1764  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_001156864  hitchhiker  7.18914e-09  hitchhiker  0.000588843  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0002  CDS  NC_009380  2372  2842  471  hypothetical protein  YP_001156865  unclonable  1.85186e-14  hitchhiker  0.00290183  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0003  CDS  NC_009380  3151  4284  1134  DNA polymerase III, beta subunit  YP_001156866  hitchhiker  3.16606e-10  hitchhiker  0.00386911  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0004  CDS  NC_009380  4325  5197  873  6-phosphogluconate dehydrogenase-like protein  YP_001156867  hitchhiker  4.73013e-06  hitchhiker  0.00414956  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0005  CDS  NC_009380  5214  6347  1134  recombination protein F  YP_001156868  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0006  CDS  NC_009380  6337  6933  597  hypothetical protein  YP_001156869  hitchhiker  0.00159718  hitchhiker  0.00351653  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0007  CDS  NC_009380  6924  7505  582  hypothetical protein  YP_001156870  hitchhiker  0.00177743  hitchhiker  0.00347145  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0008  CDS  NC_009380  7788  9947  2160  DNA gyrase, B subunit  YP_001156871  normal  0.107754  hitchhiker  0.00597045  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0009  CDS  NC_009380  10079  12598  2520  DNA gyrase subunit A  YP_001156872  normal  0.224666  normal  0.174367  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0010  CDS  NC_009380  12603  13529  927  hypothetical protein  YP_001156873  normal  0.455486  normal  0.649811  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0011  CDS  NC_009380  13951  14319  369  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  YP_001156874  normal  0.803955  normal  0.619128  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0012  CDS  NC_009380  14462  14590  129  hypothetical protein  YP_001156875  normal  normal  0.867534  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0013  CDS  NC_009380  14928  15371  444  hypothetical protein  YP_001156876  normal  normal  0.890937  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0014  CDS  NC_009380  15519  16367  849  phenazine biosynthesis PhzC/PhzF protein  YP_001156877  normal  normal  0.983062  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0015  CDS  NC_009380  16502  19084  2583  valyl-tRNA synthetase  YP_001156878  normal  0.139403  normal  0.950731  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0016  CDS  NC_009380  19204  20175  972  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  YP_001156879  normal  0.0224928  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0017  CDS  NC_009380  20241  24707  4467  ATPase, P-type (transporting), HAD superfamily, subfamily IC  YP_001156880  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0018  CDS  NC_009380  24882  25184  303  hypothetical protein  YP_001156881  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0019  CDS  NC_009380  25315  25509  195  hypothetical protein  YP_001156882  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0020  CDS  NC_009380  25585  26220  636  DSBA oxidoreductase  YP_001156883  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0021  CDS  NC_009380  26241  26669  429  Fe-S metabolism associated SufE  YP_001156884  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0022  CDS  NC_009380  26826  27251  426  signal-transduction protein  YP_001156885  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0023  CDS  NC_009380  27489  28268  780  GDSL family lipase  YP_001156886  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0024  CDS  NC_009380  28458  29039  582  TetR family transcriptional regulator  YP_001156887  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0025  CDS  NC_009380  29166  30503  1338  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  YP_001156888  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0026  CDS  NC_009380  30748  31659  912  pyruvate carboxyltransferase  YP_001156889  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0027  CDS  NC_009380  31857  33389  1533  propionyl-CoA carboxylase  YP_001156890  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0028  CDS  NC_009380  33452  34606  1155  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  YP_001156891  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0029  CDS  NC_009380  34731  37298  2568  helix-turn-helix domain-containing protein  YP_001156892  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0030  CDS  NC_009380  37565  38266  702  MarR family transcriptional regulator  YP_001156893  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0031  CDS  NC_009380  38287  39765  1479  hypothetical protein  YP_001156894  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0032  CDS  NC_009380  39799  41100  1302  hypothetical protein  YP_001156895  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0033  CDS  NC_009380  41282  42034  753  PASTA domain-containing protein  YP_001156896  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0034  CDS  NC_009380  42091  42414  324  hypothetical protein  YP_001156897  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0035  CDS  NC_009380  42518  43129  612  hypothetical protein  YP_001156898  normal  0.755317  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0036  CDS  NC_009380  43227  44108  882  helix-turn-helix domain-containing protein  YP_001156899  normal  0.254759  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0037  CDS  NC_009380  44078  44299  222  hypothetical protein  YP_001156900  normal  0.727174  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0038  CDS  NC_009380  44651  44965  315  hypothetical protein  YP_001156901  normal  0.310186  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0039  CDS  NC_009380  45230  46789  1560  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  YP_001156902  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0040  CDS  NC_009380  46860  47666  807  WecB/TagA/CpsF family glycosyl transferase  YP_001156903  normal  0.154945  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0041  CDS  NC_009380  47663  48736  1074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  YP_001156904  normal  0.0865438  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0042  CDS  NC_009380  49150  49938  789  FHA domain-containing protein  YP_001156905  normal  0.0179739  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0043  CDS  NC_009380  49945  50430  486  FHA domain-containing protein  YP_001156906  normal  0.0140722  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0044  CDS  NC_009380  50427  51875  1449  protein phosphatase 2C domain-containing protein  YP_001156907  normal  0.111894  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0045  CDS  NC_009380  51904  53394  1491  cell cycle protein  YP_001156908  normal  0.380495  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0046  CDS  NC_009380  53391  54896  1506  peptidoglycan glycosyltransferase  YP_001156909  normal  0.56645  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0047  CDS  NC_009380  54898  56286  1389  protein kinase  YP_001156910  normal  0.576125  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0048  CDS  NC_009380  56283  58112  1830  protein kinase  YP_001156911  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0049  CDS  NC_009380  58209  58859  651  para-aminobenzoate synthase component II  YP_001156912  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0050  CDS  NC_009380  58865  59155  291  hypothetical protein  YP_001156913  normal  0.441849  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0051  CDS  NC_009380  59160  60725  1566  sortase family protein  YP_001156914  normal  0.447645  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0052  CDS  NC_009380  60722  61651  930  hypothetical protein  YP_001156915  normal  0.274482  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0053  CDS  NC_009380  61674  61979  306  hypothetical protein  YP_001156916  normal  0.282222  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0054  CDS  NC_009380  62287  64485  2199  hypothetical protein  YP_001156917  normal  0.0451564  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0055  CDS  NC_009380  64800  65813  1014  NLP/P60 protein  YP_001156918  normal  0.275537  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0056  CDS  NC_009380  65961  66539  579  deoxycytidine triphosphate deaminase  YP_001156919  normal  0.18705  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0057  CDS  NC_009380  66617  67150  534  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  YP_001156920  normal  0.131179  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0058  CDS  NC_009380  67688  68875  1188  phage integrase family protein  YP_001156921  normal  0.251229  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0059  CDS  NC_009380  68878  69135  258  DNA binding domain-containing protein  YP_001156922  normal  0.189641  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0060  CDS  NC_009380  69373  70479  1107  hypothetical protein  YP_001156923  normal  0.306635  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0061  CDS  NC_009380  70484  71194  711  C-5 cytosine-specific DNA methylase  YP_001156924  normal  0.346771  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0062  CDS  NC_009380  71191  72366  1176  hypothetical protein  YP_001156925  normal  0.199753  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0063  CDS  NC_009380  72707  74860  2154  hypothetical protein  YP_001156926  normal  0.155686  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0064  CDS  NC_009380  74857  76410  1554  hypothetical protein  YP_001156927  normal  0.462232  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0065  CDS  NC_009380  76407  76607  201  hypothetical protein  YP_001156928  normal  0.472792  normal  0.99956  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0066  CDS  NC_009380  76609  77112  504  hypothetical protein  YP_001156929  normal  0.856175  normal  0.729382  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0067  CDS  NC_009380  77206  78267  1062  hypothetical protein  YP_001156930  normal  0.621023  normal  0.782649  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0068  CDS  NC_009380  78264  78575  312  hypothetical protein  YP_001156931  normal  normal  0.684899  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0069  CDS  NC_009380  78664  79329  666  NUDIX hydrolase  YP_001156932  normal  normal  0.509046  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0070  CDS  NC_009380  79326  79703  378  hypothetical protein  YP_001156933  normal  normal  0.488564  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0071  CDS  NC_009380  79700  79951  252  hypothetical protein  YP_001156934  normal  normal  0.474209  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0072  CDS  NC_009380  80381  81247  867  regulatory protein GntR, HTH  YP_001156935  normal  0.476491  normal  0.750222  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0073  CDS  NC_009380  81244  81948  705  HAD family hydrolase  YP_001156936  normal  normal  0.772732  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0074  CDS  NC_009380  82600  82953  354  hypothetical protein  YP_001156937  normal  0.532123  normal  0.327685  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0075  CDS  NC_009380  83109  83399  291  hypothetical protein  YP_001156938  normal  normal  0.33934  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0076  CDS  NC_009380  83609  84655  1047  hypothetical protein  YP_001156939  normal  normal  0.395219  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0077  CDS  NC_009380  84655  85152  498  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  YP_001156940  normal  normal  0.780161  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0078  CDS  NC_009380  85513  86937  1425  aldehyde dehydrogenase  YP_001156941  normal  normal  0.893433  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0079  CDS  NC_009380  87100  87633  534  hypothetical protein  YP_001156942  normal  normal  0.53609  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0080  CDS  NC_009380  87657  88007  351  hypothetical protein  YP_001156943  normal  normal  0.505209  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0081  CDS  NC_009380  88254  89795  1542  amidohydrolase  YP_001156944  normal  normal  0.601015  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0082  CDS  NC_009380  90293  90871  579  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_001156945  normal  normal  0.731728  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0083  CDS  NC_009380  91285  92154  870  alpha/beta hydrolase fold  YP_001156946  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0084  CDS  NC_009380  92818  93297  480  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_001156947  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0085  CDS  NC_009380  93366  94256  891  luciferase family protein  YP_001156948  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0086  CDS  NC_009380  94348  94908  561  phosphoribosyltransferase  YP_001156949  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0087  CDS  NC_009380  95005  95730  726  rare lipoprotein A  YP_001156950  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0088  CDS  NC_009380  95829  96956  1128  stage II sporulation E family protein  YP_001156951  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0089  CDS  NC_009380  97039  98892  1854  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  YP_001156952  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0090  CDS  NC_009380  99117  99386  270  hypothetical protein  YP_001156953  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0091  CDS  NC_009380  99421  99957  537  putative phosphohistidine phosphatase, SixA  YP_001156954  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0092  CDS  NC_009380  100075  101013  939  AraC family transcriptional regulator  YP_001156955  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0093  CDS  NC_009380  101108  101827  720  ThiJ/PfpI domain-containing protein  YP_001156956  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0094  CDS  NC_009380  101824  102300  477  hypothetical protein  YP_001156957  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0095  CDS  NC_009380  102297  102578  282  hypothetical protein  YP_001156958  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0096  CDS  NC_009380  102658  103335  678  hemolysin III family channel protein  YP_001156959  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0097  CDS  NC_009380  103387  104163  777  allophanate hydrolase subunit 1  YP_001156960  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0098  CDS  NC_009380  104160  105098  939  urea amidolyase related protein  YP_001156961  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0099  CDS  NC_009380  105082  105849  768  LamB/YcsF family protein  YP_001156962  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Strop_0100  CDS  NC_009380  105874  107712  1839  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_001156963  normal  normal  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 47    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>