6587 genes were found for organism Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 66    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Smed_0001  CDS  NC_009636  135  401  267  30S ribosomal protein S20  YP_001325696  normal  hitchhiker  8.69567e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0002  CDS  NC_009636  1405  2850  1446  chromosomal replication initiation protein  YP_001325697  normal  0.0480088  hitchhiker  1.32312e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0003  CDS  NC_009636  3085  3459  375  DGPFAETKE family protein  YP_001325698  normal  0.398282  hitchhiker  7.69661e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0004  CDS  NC_009636  3456  4739  1284  RNA polymerase ECF-subfamily sigma factor  YP_001325699  normal  0.122751  hitchhiker  0.000113113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0005  CDS  NC_009636  5026  5508  483  activator of Hsp90 ATPase 1 family protein  YP_001325700  normal  0.341386  hitchhiker  0.000491866  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0006  CDS  NC_009636  5532  6398  867  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  YP_001325701  normal  hitchhiker  0.00130603  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0007  CDS  NC_009636  6437  7582  1146  coproporphyrinogen III oxidase  YP_001325702  normal  hitchhiker  0.000223665  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0008  CDS  NC_009636  7630  8274  645  putative deoxyribonucleotide triphosphate pyrophosphatase  YP_001325703  normal  hitchhiker  0.000160605  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0009  CDS  NC_009636  8305  8718  414  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  YP_001325704  normal  hitchhiker  0.000147506  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0010  CDS  NC_009636  8747  9466  720  ribonuclease PH  YP_001325705  normal  hitchhiker  0.000167054  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0011  CDS  NC_009636  9671  10750  1080  heat-inducible transcription repressor  YP_001325706  normal  hitchhiker  0.000185452  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0012  CDS  NC_009636  10909  11535  627  heat shock protein GrpE  YP_001325707  normal  0.976347  hitchhiker  0.000405819  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0013  CDS  NC_009636  11674  12138  465  PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  YP_001325708  normal  hitchhiker  0.000408387  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0014  CDS  NC_009636  12312  12884  573  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  YP_001325709  normal  0.625386  hitchhiker  0.000164852  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0015  CDS  NC_009636  13139  14680  1542  RNA polymerase factor sigma-54  YP_001325710  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0016  CDS  NC_009636  14869  15681  813  ABC transporter related  YP_001325711  normal  hitchhiker  0.00016595  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0017  CDS  NC_009636  15694  16254  561  OstA family protein  YP_001325712  normal  hitchhiker  0.000148492  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0018  CDS  NC_009636  16286  16954  669  hypothetical protein  YP_001325713  normal  hitchhiker  0.000157484  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0019  CDS  NC_009636  17030  17254  225  hypothetical protein  YP_001325714  normal  hitchhiker  0.000126027  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0020  CDS  NC_009636  17332  18291  960  signal peptide peptidase SppA, 36K type  YP_001325715  normal  hitchhiker  0.000184229  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0021  CDS  NC_009636  18394  18705  312  integration host factor subunit beta  YP_001325716  normal  hitchhiker  0.00013194  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0022  CDS  NC_009636  18885  19229  345  hypothetical protein  YP_001325717  normal  hitchhiker  0.00013194  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0023  CDS  NC_009636  19245  19703  459  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  YP_001325718  normal  hitchhiker  0.000137248  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0024  CDS  NC_009636  19875  21032  1158  hypothetical protein  YP_001325719  normal  hitchhiker  0.000201715  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0025  CDS  NC_009636  21029  21889  861  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  YP_001325720  normal  hitchhiker  0.000152428  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0026  CDS  NC_009636  21889  22386  498  lipoprotein signal peptidase  YP_001325721  normal  hitchhiker  0.000138167  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0027  CDS  NC_009636  22461  24680  2220  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  YP_001325722  normal  hitchhiker  3.12859e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0028  CDS  NC_009636  24797  25687  891  hypothetical protein  YP_001325723  normal  hitchhiker  1.47407e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0029  CDS  NC_009636  25946  28231  2286  malic enzyme  YP_001325724  normal  hitchhiker  3.28842e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0030  CDS  NC_009636  28334  31081  2748  DNA mismatch repair protein MutS  YP_001325725  normal  hitchhiker  3.55609e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0031  CDS  NC_009636  31282  34131  2850  PII uridylyl-transferase  YP_001325726  normal  hitchhiker  4.04003e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0032  CDS  NC_009636  34128  35735  1608  integral membrane protein MviN  YP_001325727  normal  0.819948  hitchhiker  2.09824e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0033  CDS  NC_009636  35732  36121  390  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  YP_001325728  normal  hitchhiker  1.18632e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0034  CDS  NC_009636  36212  37276  1065  tryptophanyl-tRNA synthetase  YP_001325729  normal  0.282627  hitchhiker  2.06811e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0035  CDS  NC_009636  37329  37820  492  UspA domain-containing protein  YP_001325730  normal  0.329999  hitchhiker  1.51739e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0036  CDS  NC_009636  38024  38590  567  scaffold protein Nfu/NifU  YP_001325731  normal  0.0881083  hitchhiker  1.81724e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0037  CDS  NC_009636  38810  39466  657  peptidase M22 glycoprotease  YP_001325732  normal  hitchhiker  1.50711e-06  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0038  CDS  NC_009636  39542  40045  504  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_001325733  normal  hitchhiker  1.42621e-06  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0039  CDS  NC_009636  40085  40954  870  phospholipid/glycerol acyltransferase  YP_001325734  normal  hitchhiker  3.61849e-07  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0040  CDS  NC_009636  41068  42486  1419  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  YP_001325735  normal  hitchhiker  5.23218e-07  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0041  CDS  NC_009636  42491  43546  1056  PhoH family protein  YP_001325736  normal  hitchhiker  8.33124e-08  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0042  CDS  NC_009636  43610  44116  507  hypothetical protein  YP_001325737  normal  0.215952  hitchhiker  7.41924e-09  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0043  CDS  NC_009636  44129  45304  1176  CBS domain-containing protein  YP_001325738  normal  0.0313302  hitchhiker  1.14145e-09  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0044  CDS  NC_009636  45522  47153  1632  apolipoprotein N-acyltransferase  YP_001325739  hitchhiker  0.00386393  unclonable  4.81156e-12  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0045  CDS  NC_009636  47291  47710  420  XRE family transcriptional regulator  YP_001325740  decreased coverage  7.42068e-06  hitchhiker  6.14145e-11  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0046  CDS  NC_009636  48104  49384  1281  S-adenosylmethionine synthetase  YP_001325741  normal  0.0624552  hitchhiker  1.50767e-09  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0047  CDS  NC_009636  49601  50299  699  tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase  YP_001325742  normal  0.182722  hitchhiker  8.1132e-09  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0048  CDS  NC_009636  50450  50707  258  hypothetical protein  YP_001325743  normal  0.725012  hitchhiker  4.57362e-08  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0049  CDS  NC_009636  50758  51189  432  heat shock protein Hsp20  YP_001325744  normal  hitchhiker  5.15794e-08  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0050  CDS  NC_009636  51351  52295  945  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  YP_001325745  normal  hitchhiker  4.1602e-07  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0051  CDS  NC_009636  52377  54767  2391  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_001325746  normal  hitchhiker  8.74578e-07  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0052  CDS  NC_009636  55019  55939  921  ribokinase-like domain-containing protein  YP_001325747  normal  hitchhiker  6.66375e-06  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0053  CDS  NC_009636  56040  57239  1200  hypothetical protein  YP_001325748  normal  0.720578  hitchhiker  2.40379e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0054  CDS  NC_009636  57379  57903  525  peptide deformylase  YP_001325749  normal  0.847323  hitchhiker  0.000416121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0055  CDS  NC_009636  57979  58914  936  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_001325750  normal  hitchhiker  0.000555853  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0056  CDS  NC_009636  58914  59657  744  tRNA pseudouridine synthase A  YP_001325751  normal  hitchhiker  0.00478074  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0057  CDS  NC_009636  59712  61664  1953  putative Chase2 sensor protein  YP_001325752  normal  hitchhiker  0.00712657  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0058  CDS  NC_009636  61664  65260  3597  TonB-dependent receptor  YP_001325753  normal  0.872531  normal  0.103238  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0059  CDS  NC_009636  65391  65936  546  hypothetical protein  YP_001325754  normal  0.913147  normal  0.219232  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0060  CDS  NC_009636  65990  66586  597  hypothetical protein  YP_001325755  normal  0.281057  normal  0.443419  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0061  CDS  NC_009636  66573  67853  1281  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  YP_001325756  normal  0.250429  normal  0.531249  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0062  CDS  NC_009636  67949  71134  3186  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  YP_001325757  normal  0.410108  normal  0.744352  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0063  CDS  NC_009636  71262  72470  1209  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_001325758  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0064  CDS  NC_009636  72537  73349  813  alpha/beta hydrolase domain-containing protein  YP_001325759  normal  0.295907  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0065  CDS  NC_009636  73489  74397  909  LysR family transcriptional regulator  YP_001325760  normal  0.26548  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0066  CDS  NC_009636  74407  74562  156  hypothetical protein  YP_001325761  normal  0.14897  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0067  CDS  NC_009636  74665  76545  1881  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  YP_001325762  normal  0.237297  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0068  CDS  NC_009636  76698  77084  387  hypothetical protein  YP_001325763  normal  0.410324  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0069  CDS  NC_009636  77087  77944  858  2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-carboxylate N-succinyltransferase  YP_001325764  normal  0.364204  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0070  CDS  NC_009636  78206  79105  900  hypothetical protein  YP_001325765  normal  0.631232  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0071  CDS  NC_009636  79106  79819  714  pyrimidine 5'-nucleotidase  YP_001325766  normal  0.0142063  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0072  CDS  NC_009636  80028  80942  915  hypothetical protein  YP_001325767  normal  0.0891145  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0073  CDS  NC_009636  81018  82130  1113  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  YP_001325768  normal  0.332554  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0074  CDS  NC_009636  82168  82944  777  hypothetical protein  YP_001325769  normal  0.290223  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0075  CDS  NC_009636  83044  83931  888  acetylglutamate kinase  YP_001325770  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0076  CDS  NC_009636  84285  84995  711  hypothetical protein  YP_001325771  normal  0.499992  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0077  CDS  NC_009636  85094  85633  540  hypothetical protein  YP_001325772  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0078  CDS  NC_009636  85776  86429  654  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  YP_001325773  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0079  CDS  NC_009636  86577  88370  1794  putative inner membrane protein translocase component YidC  YP_001325774  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0080  CDS  NC_009636  88367  88765  399  ribonuclease P  YP_001325775  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0081  CDS  NC_009636  88787  88921  135  50S ribosomal protein L34  YP_001325776  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0082  CDS  NC_009636  89239  91236  1998  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_001325777  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0083  CDS  NC_009636  91523  92323  801  SNARE associated Golgi protein  YP_001325778  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0084  CDS  NC_009636  92349  93770  1422  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  YP_001325779  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0085  CDS  NC_009636  93792  95273  1482  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_001325780  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0086  CDS  NC_009636  95969  97768  1800  YadA domain-containing protein  YP_001325781  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0087  CDS  NC_009636  97770  98345  576  invasion associated locus B family protein  YP_001325782  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0088  CDS  NC_009636  98359  99045  687  putative signal peptide protein  YP_001325783  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0089  CDS  NC_009636  99072  99542  471  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  YP_001325784  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0090  CDS  NC_009636  99866  100297  432  hypothetical protein  YP_001325785  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0091  CDS  NC_009636  100484  101068  585  hypothetical protein  YP_001325786  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0092  CDS  NC_009636  101142  104843  3702  bifunctional proline dehydrogenase/pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  YP_001325787  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0093  CDS  NC_009636  105021  105341  321  hypothetical protein  YP_001325788  normal  0.531483  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0094  CDS  NC_009636  105400  106206  807  metallophosphoesterase  YP_001325789  normal  0.532674  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0095  CDS  NC_009636  106316  106879  564  Sel1 domain-containing protein  YP_001325790  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0096  CDS  NC_009636  107072  107686  615  hypothetical protein  YP_001325791  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0097  CDS  NC_009636  107735  109642  1908  putative Chase2 sensor protein  YP_001325792  normal  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0098  CDS  NC_009636  109731  110435  705  CRP/FNR family transcriptional regulator  YP_001325793  normal  0.2435  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0099  CDS  NC_009636  110674  111111  438  DoxX family protein  YP_001325794  hitchhiker  0.00508391  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_0100  CDS  NC_009636  111196  111624  429  RbsD or FucU transport  YP_001325795  hitchhiker  0.0054277  normal  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 66    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>