4023 genes were found for organism Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 41    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Cphy_0001  CDS  NC_010001  75  1436  1362  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_001557131  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0002  CDS  NC_010001  1849  2961  1113  DNA polymerase III, beta subunit  YP_001557132  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0003  CDS  NC_010001  3099  3314  216  RNA-binding S4 domain-containing protein  YP_001557133  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0004  CDS  NC_010001  3870  4952  1083  DNA replication and repair protein RecF  YP_001557134  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0005  CDS  NC_010001  4986  6914  1929  DNA gyrase, B subunit  YP_001557135  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0006  CDS  NC_010001  6932  9631  2700  DNA gyrase, A subunit  YP_001557136  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0007  CDS  NC_010001  9911  10753  843  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  YP_001557137  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0008  CDS  NC_010001  10807  11355  549  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  YP_001557138  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0009  CDS  NC_010001  11434  11871  438  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  YP_001557139  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0010  CDS  NC_010001  12344  13630  1287  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  YP_001557140  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0011  CDS  NC_010001  13672  14604  933  cysteine synthase A  YP_001557141  normal  0.857978  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0012  CDS  NC_010001  22337  23074  738  NAD-dependent deacetylase  YP_001557142  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0013  CDS  NC_010001  23329  23982  654  transaldolase  YP_001557143  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0014  CDS  NC_010001  24186  26168  1983  transketolase  YP_001557144  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0015  CDS  NC_010001  26532  27218  687  two component transcriptional regulator  YP_001557145  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0016  CDS  NC_010001  27208  28647  1440  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_001557146  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0017  CDS  NC_010001  29061  30842  1782  ABC transporter related  YP_001557147  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0018  CDS  NC_010001  30987  32732  1746  ABC transporter related  YP_001557148  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0019  CDS  NC_010001  33488  33748  261  hypothetical protein  YP_001557149  hitchhiker  1.97047e-05  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0020  CDS  NC_010001  33777  34718  942  RelA/SpoT domain-containing protein  YP_001557150  unclonable  1.13301e-09  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0021  CDS  NC_010001  34946  35857  912  RNA-binding S1 domain-containing protein  YP_001557151  hitchhiker  7.87373e-06  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0022  CDS  NC_010001  36006  36809  804  NUDIX hydrolase  YP_001557152  normal  0.0640861  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0023  CDS  NC_010001  36983  37717  735  hypothetical protein  YP_001557153  normal  0.471227  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0024  CDS  NC_010001  38095  39390  1296  putative aminopeptidase 2  YP_001557154  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0025  CDS  NC_010001  40543  42537  1995  methionyl-tRNA synthetase  YP_001557155  normal  0.0492884  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0026  CDS  NC_010001  42711  42926  216  hypothetical protein  YP_001557156  normal  0.992414  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0027  CDS  NC_010001  43272  43535  264  hypothetical protein  YP_001557157  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0028    NC_010001  43750  44175  426      normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0029  CDS  NC_010001  44224  44937  714  methyltransferase type 11  YP_001557158  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0030  CDS  NC_010001  44956  45768  813  hypothetical protein  YP_001557159  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0031  CDS  NC_010001  46157  47131  975  hypothetical protein  YP_001557160  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0032  CDS  NC_010001  47419  48633  1215  type II secretion system protein E  YP_001557161  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0033  CDS  NC_010001  48724  49467  744  Flp pilus assembly protein TadB-like protein  YP_001557162  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0034  CDS  NC_010001  49484  50941  1458  hypothetical protein  YP_001557163  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0035  CDS  NC_010001  51057  51260  204  hypothetical protein  YP_001557164  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0036  CDS  NC_010001  51273  53756  2484  hypothetical protein  YP_001557165  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0037  CDS  NC_010001  53921  54835  915  hypothetical protein  YP_001557166  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0038  CDS  NC_010001  54915  55349  435  peptidase A24A prepilin type IV  YP_001557167  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0039  CDS  NC_010001  55496  56068  573  hypothetical protein  YP_001557168  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0040  CDS  NC_010001  56324  58066  1743  FHA domain-containing protein  YP_001557169  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0041  CDS  NC_010001  58361  59860  1500  glycerol kinase  YP_001557170  normal  0.684813  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0042  CDS  NC_010001  59873  61063  1191  rhomboid family protein  YP_001557171  normal  0.0740017  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0043  CDS  NC_010001  61053  62057  1005  hypothetical protein  YP_001557172  normal  0.0701676  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0044  CDS  NC_010001  62196  62465  270  hypothetical protein  YP_001557173  normal  0.114018  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0045  CDS  NC_010001  62635  63609  975  hypothetical protein  YP_001557174  normal  0.113185  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0046  CDS  NC_010001  63796  65364  1569  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  YP_001557175  normal  0.241439  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0047  CDS  NC_010001  65391  65750  360  hypothetical protein  YP_001557176  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0048  CDS  NC_010001  66208  66804  597  recombination protein RecR  YP_001557177  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0049  CDS  NC_010001  66922  68031  1110  hypothetical protein  YP_001557178  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0050  CDS  NC_010001  68096  68689  594  sporulation protein YyaC  YP_001557179  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0051  CDS  NC_010001  69062  70372  1311  peptidoglycan-binding LysM  YP_001557180  normal  0.492826  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0052  CDS  NC_010001  70537  71733  1197  hypothetical protein  YP_001557181  normal  0.0289016  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0053  CDS  NC_010001  71737  72438  702  hypothetical protein  YP_001557182  hitchhiker  0.00220194  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0054  CDS  NC_010001  72635  73597  963  2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase  YP_001557183  decreased coverage  6.03646e-05  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0055  CDS  NC_010001  73980  75317  1338  hypothetical protein  YP_001557184  normal  0.0173393  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0056  CDS  NC_010001  81998  82324  327  hypothetical protein  YP_001557185  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0057  CDS  NC_010001  82305  82850  546  hypothetical protein  YP_001557186  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0058  CDS  NC_010001  83519  85855  2337  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  YP_001557187  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0059  CDS  NC_010001  85842  86678  837  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding  YP_001557188  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0060  CDS  NC_010001  86662  87135  474  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  YP_001557189  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0061  CDS  NC_010001  87449  87607  159  hypothetical protein  YP_001557190  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0062  CDS  NC_010001  87739  88626  888  prolipoprotein diacylglyceryl transferase  YP_001557191  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0063  CDS  NC_010001  89122  89832  711  phosphotransferase domain-containing protein  YP_001557192  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0064  CDS  NC_010001  89917  90717  801  XRE family transcriptional regulator  YP_001557193  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0065  CDS  NC_010001  90930  91751  822  XRE family transcriptional regulator  YP_001557194  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0066  CDS  NC_010001  92474  93670  1197  hypothetical protein  YP_001557195  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0067  CDS  NC_010001  93690  96077  2388  hypothetical protein  YP_001557196  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0068  CDS  NC_010001  96504  98186  1683  cell wall hydrolase/autolysin  YP_001557197  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0069  CDS  NC_010001  98284  98904  621  hypothetical protein  YP_001557198  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0070  CDS  NC_010001  99198  100577  1380  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  YP_001557199  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0071  CDS  NC_010001  100774  102117  1344  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  YP_001557200  normal  0.208063  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0072  CDS  NC_010001  102256  103299  1044  hypothetical protein  YP_001557201  decreased coverage  1.40127e-05  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0073  CDS  NC_010001  103427  103810  384  GntR family transcriptional regulator  YP_001557202  normal  0.138424  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0074  CDS  NC_010001  103800  104237  438  hypothetical protein  YP_001557203  normal  0.339899  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0075  CDS  NC_010001  104245  105003  759  hypothetical protein  YP_001557204  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0076  CDS  NC_010001  105399  106172  774  ABC transporter related  YP_001557205  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0077  CDS  NC_010001  106174  107232  1059  ABC-2 type transporter  YP_001557206  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0078  CDS  NC_010001  107229  108488  1260  ABC-2 type transporter  YP_001557207  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0079  CDS  NC_010001  108728  109885  1158  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_001557208  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0080  CDS  NC_010001  109893  110531  639  two component LuxR family transcriptional regulator  YP_001557209  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0081  CDS  NC_010001  110768  111313  546  rubrerythrin  YP_001557210  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0082  CDS  NC_010001  111417  111740  324  hypothetical protein  YP_001557211  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0083  CDS  NC_010001  111752  112369  618  flavin reductase domain-containing protein  YP_001557212  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0084  CDS  NC_010001  112892  113914  1023  D-alanine--D-alanine ligase  YP_001557213  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0085  CDS  NC_010001  114069  115049  981  hypothetical protein  YP_001557214  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0086  CDS  NC_010001  115163  115348  186  hypothetical protein  YP_001557215  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0087  CDS  NC_010001  115437  117140  1704  hydrogenase, Fe-only  YP_001557216  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0088  CDS  NC_010001  117158  119044  1887  NADH dehydrogenase (quinone)  YP_001557217  normal  0.296083  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0089  CDS  NC_010001  119038  119523  486  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 24 kDa subunit  YP_001557218  normal  0.0240051  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0090  CDS  NC_010001  120033  121487  1455  ferredoxin hydrogenase  YP_001557219  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0091  CDS  NC_010001  121534  122706  1173  protein serine/threonine phosphatase  YP_001557220  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0092  CDS  NC_010001  122755  124488  1734  putative PAS/PAC sensor protein  YP_001557221  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0093  CDS  NC_010001  124488  124730  243  hypothetical protein  YP_001557222  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0094  CDS  NC_010001  124837  125703  867  DegV family protein  YP_001557223  normal  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0095  CDS  NC_010001  126311  127729  1419  asparaginyl-tRNA synthetase  YP_001557224  normal  0.113003  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0096  CDS  NC_010001  127890  128408  519  hypothetical protein  YP_001557225  hitchhiker  8.16189e-05  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0097  CDS  NC_010001  129389  129880  492  XRE family transcriptional regulator  YP_001557226  decreased coverage  7.70328e-08  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0098  CDS  NC_010001  130233  131072  840  MerR family transcriptional regulator  YP_001557227  decreased coverage  2.52188e-06  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0099  CDS  NC_010001  131424  133151  1728  ABC transporter related  YP_001557228  hitchhiker  0.000575789  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Cphy_0100  CDS  NC_010001  133148  134902  1755  ABC transporter related  YP_001557229  normal  0.995912  n/a    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 41    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>