4682 genes were found for organism Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 47    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
RoseRS_0001  CDS  NC_009523  415  1860  1446  chromosomal replication initiation protein  YP_001274394  unclonable  5.6365e-07  unclonable  1.12062e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0002  CDS  NC_009523  2021  3196  1176  class II aldolase/adducin family protein  YP_001274395  normal  0.0529715  unclonable  9.7128e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0003  CDS  NC_009523  3243  3956  714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_001274396  normal  0.419442  unclonable  8.16972e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0004  CDS  NC_009523  4002  4865  864  hypothetical protein  YP_001274397  normal  0.971077  hitchhiker  0.000830744  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0005  CDS  NC_009523  5453  6856  1404  ferredoxin--NADP(+) reductase  YP_001274398  normal  hitchhiker  0.00505908  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0006  CDS  NC_009523  7035  7766  732  hypothetical protein  YP_001274399  normal  normal  0.0363039  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0007  CDS  NC_009523  7768  8286  519  hypothetical protein  YP_001274400  normal  normal  0.0351205  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0008  CDS  NC_009523  8314  9039  726  phosphoglycerate mutase  YP_001274401  normal  normal  0.0357979  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0009  CDS  NC_009523  9360  10886  1527  deoxyribodipyrimidine photolyase-related protein  YP_001274402  normal  normal  0.0417103  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0010  CDS  NC_009523  11402  13084  1683  WD40 domain-containing protein  YP_001274403  normal  0.348529  normal  0.0411544  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0011  CDS  NC_009523  13336  14148  813  deoxyribodipyrimidine photolyase-like protein  YP_001274404  normal  0.161683  normal  0.149093  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0012  CDS  NC_009523  14156  15151  996  phospholipid/glycerol acyltransferase  YP_001274405  normal  0.785137  normal  0.26594  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0013  CDS  NC_009523  15231  15686  456  hypothetical protein  YP_001274406  normal  normal  0.249985  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0014  CDS  NC_009523  15683  17470  1788  alpha amylase, catalytic region  YP_001274407  normal  normal  0.328102  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0015  CDS  NC_009523  18072  18938  867  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_001274408  normal  normal  0.725179  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0016  CDS  NC_009523  18954  19379  426  hypothetical protein  YP_001274409  normal  normal  0.670573  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0017  CDS  NC_009523  19469  20176  708  TetR family transcriptional regulator  YP_001274410  normal  normal  0.731504  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0018  CDS  NC_009523  20290  20595  306  hypothetical protein  YP_001274411  normal  normal  0.686129  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0019  CDS  NC_009523  21474  21662  189  hypothetical protein  YP_001274412  normal  0.544168  normal  0.670573  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0020  CDS  NC_009523  21659  21970  312  hypothetical protein  YP_001274413  normal  0.681343  normal  0.709195  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0021  CDS  NC_009523  21970  22200  231  hypothetical protein  YP_001274414  normal  normal  0.703839  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0022  CDS  NC_009523  22266  22517  252  hypothetical protein  YP_001274415  normal  normal  0.719453  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0023  CDS  NC_009523  22552  24036  1485  O-succinylbenzoate-CoA ligase  YP_001274416  normal  0.692894  normal  0.83419  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0024  CDS  NC_009523  24033  24896  864  naphthoate synthase  YP_001274417  normal  normal  0.756719  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0025  CDS  NC_009523  25063  26814  1752  2-succinyl-6-hydroxy-2, 4-cyclohexadiene-1-carboxylic acid synthase/2-oxoglutarate decarboxylase  YP_001274418  normal  normal  0.816015  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0026  CDS  NC_009523  26915  28282  1368  isochorismate synthase  YP_001274419  normal  normal  0.828763  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0027  CDS  NC_009523  28272  28901  630  TetR family transcriptional regulator  YP_001274420  normal  normal  0.790094  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0028  CDS  NC_009523  29106  30236  1131  hypothetical protein  YP_001274421  normal  normal  0.876353  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0029  CDS  NC_009523  31039  31383  345  anti-sigma-factor antagonist  YP_001274422  normal  normal  0.767198  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0030  CDS  NC_009523  31373  31807  435  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  YP_001274423  normal  normal  0.786698  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0031  CDS  NC_009523  31829  33397  1569  TPR repeat-containing protein  YP_001274424  normal  normal  0.918489  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0032  CDS  NC_009523  33506  34603  1098  stage II sporulation E family protein  YP_001274425  normal  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0033  CDS  NC_009523  34610  36082  1473  protein-glutamate O-methyltransferase  YP_001274426  normal  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0034  CDS  NC_009523  36306  37454  1149  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  YP_001274427  normal  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0035  CDS  NC_009523  37620  37982  363  response regulator receiver protein  YP_001274428  normal  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0036  CDS  NC_009523  38053  40281  2229  CheA signal transduction histidine kinase  YP_001274429  normal  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0037  CDS  NC_009523  40342  41847  1506  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_001274430  normal  0.603836  normal  0.831641  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0038  CDS  NC_009523  41856  42272  417  hypothetical protein  YP_001274431  normal  0.925783  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0039  CDS  NC_009523  42595  43059  465  putative CheW protein  YP_001274432  normal  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0040  CDS  NC_009523  43467  45119  1653  ABC transporter related  YP_001274433  normal  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0041  CDS  NC_009523  45116  46900  1785  ABC transporter, transmembrane region, type 1  YP_001274434  normal  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0042  CDS  NC_009523  46897  47316  420  hypothetical protein  YP_001274435  normal  normal  0.701036  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0043  CDS  NC_009523  47351  48706  1356  adenylosuccinate lyase  YP_001274436  normal  normal  0.82204  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0044  CDS  NC_009523  48909  50042  1134  hypothetical protein  YP_001274437  normal  normal  0.314723  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0045  CDS  NC_009523  50360  52096  1737  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  YP_001274438  normal  normal  0.207513  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0046  CDS  NC_009523  52288  53253  966  hypothetical protein  YP_001274439  normal  normal  0.0958603  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0047  CDS  NC_009523  53374  55311  1938  DNA gyrase, B subunit  YP_001274440  normal  normal  0.109606  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0048  CDS  NC_009523  55517  56149  633  isochorismatase hydrolase  YP_001274441  normal  normal  0.157221  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0049  CDS  NC_009523  56429  57343  915  pyruvate carboxyltransferase  YP_001274442  normal  normal  0.328102  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0050  CDS  NC_009523  57347  58561  1215  Formyl-CoA transferase  YP_001274443  normal  normal  0.337885  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0051  CDS  NC_009523  58619  59302  684  GntR family transcriptional regulator  YP_001274444  normal  normal  0.331225  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0052  CDS  NC_009523  59755  60903  1149  peptidase M23B  YP_001274445  normal  0.672744  normal  0.332961  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0053  CDS  NC_009523  61097  62230  1134  anti-sigma-factor antagonist  YP_001274446  normal  0.0493156  normal  0.337885  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0054  CDS  NC_009523  62514  62789  276  hypothetical protein  YP_001274447  normal  0.0301503  normal  0.287125  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0055  CDS  NC_009523  62752  64767  2016  UvrD/REP helicase  YP_001274448  normal  0.0545819  normal  0.378623  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0056  CDS  NC_009523  64812  66632  1821  AAA ATPase  YP_001274449  normal  0.414788  normal  0.844584  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0057  CDS  NC_009523  67267  67584  318  hypothetical protein  YP_001274450  normal  0.269197  normal  0.73412  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0058  CDS  NC_009523  67831  68478  648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  YP_001274451  normal  normal  0.790094  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0059  CDS  NC_009523  68475  69080  606  helix-turn-helix domain-containing protein  YP_001274452  normal  normal  0.783934  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0060  CDS  NC_009523  69077  72610  3534  UvrD/REP helicase  YP_001274453  normal  normal  0.508286  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0061  CDS  NC_009523  72627  73091  465  hypothetical protein  YP_001274454  normal  normal  0.816015  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0062  CDS  NC_009523  73133  74143  1011  beta-lactamase domain-containing protein  YP_001274455  normal  normal  0.840655  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0063  CDS  NC_009523  74133  77705  3573  transcriptional regulator  YP_001274456  normal  0.82825  normal  0.766346  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0064  CDS  NC_009523  78141  81905  3765  methionine synthase  YP_001274457  normal  normal  0.496444  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0065  CDS  NC_009523  81916  83046  1131  secreted hydrolase-like protein  YP_001274458  normal  normal  0.337885  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0066  CDS  NC_009523  83335  83721  387  thioesterase superfamily protein  YP_001274459  normal  normal  0.287125  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0067    NC_009523  83824  84045  222      normal  normal  0.294544  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0068  CDS  NC_009523  84282  85475  1194  transposase, IS4 family protein  YP_001274460  normal  0.974421  normal  0.334707  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0069    NC_009523  85782  85907  126      normal  0.42382  normal  0.284005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0070  CDS  NC_009523  86495  86917  423  hypothetical protein  YP_001274461  normal  0.240181  normal  0.296392  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0071  CDS  NC_009523  86918  87148  231  hypothetical protein  YP_001274462  normal  0.303158  normal  0.29777  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0072  CDS  NC_009523  87519  88481  963  transposase, IS111A/IS1328/IS1533  YP_001274463  normal  0.413963  normal  0.356539  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0073  CDS  NC_009523  88533  88871  339  hypothetical protein  YP_001274464  normal  0.483504  normal  0.176783  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0074  CDS  NC_009523  88876  89379  504  DNA polymerase beta subunit  YP_001274465  normal  0.649799  normal  0.174892  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0075  CDS  NC_009523  89494  89910  417  histidine triad (HIT) protein  YP_001274466  normal  0.850691  normal  0.167835  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0076  CDS  NC_009523  89941  91683  1743  phosphotransferase domain-containing protein  YP_001274467  normal  0.0741749  normal  0.105314  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0077  CDS  NC_009523  92146  92619  474  transcription elongation factor GreA  YP_001274468  decreased coverage  0.00207801  normal  0.174892  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0078  CDS  NC_009523  92787  94256  1470  lysyl-tRNA synthetase  YP_001274469  hitchhiker  0.00518607  normal  0.367083  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0079  CDS  NC_009523  94303  94539  237  hypothetical protein  YP_001274470  normal  0.122387  normal  0.290369  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0080  CDS  NC_009523  94747  95130  384  death-on-curing family protein  YP_001274471  normal  0.366105  normal  0.29777  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0081  CDS  NC_009523  95156  96094  939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  YP_001274472  normal  normal  0.336236  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0082  CDS  NC_009523  96325  97620  1296  phospholipid/glycerol acyltransferase  YP_001274473  normal  0.894855  normal  0.339877  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0083  CDS  NC_009523  98048  98383  336  hypothetical protein  YP_001274474  normal  0.394074  normal  0.26212  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0084  CDS  NC_009523  98370  98693  324  HEPN domain-containing protein  YP_001274475  normal  0.395692  normal  0.270232  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0085  CDS  NC_009523  99040  99429  390  HEPN domain-containing protein  YP_001274476  normal  0.471517  normal  0.275443  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0086  CDS  NC_009523  99434  99736  303  DNA polymerase beta subunit  YP_001274477  normal  0.109385  normal  0.256886  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0087  CDS  NC_009523  99758  100096  339  hypothetical protein  YP_001274478  normal  0.0773242  normal  0.26212  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0088  CDS  NC_009523  100102  101448  1347  hypothetical protein  YP_001274479  normal  0.220394  normal  0.164147  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0089  CDS  NC_009523  101445  102497  1053  hypothetical protein  YP_001274480  normal  0.0416134  normal  0.0758597  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0090  CDS  NC_009523  103222  103860  639  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  YP_001274481  hitchhiker  2.30493e-07  normal  0.0688251  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0091  CDS  NC_009523  104234  108073  3840  DNA polymerase III, alpha subunit  YP_001274482  hitchhiker  0.00483462  normal  0.136645  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0092  CDS  NC_009523  108462  109415  954  anti-sigma-factor antagonist  YP_001274483  normal  0.896141  normal  0.463616  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0093  CDS  NC_009523  109432  111246  1815  extracellular solute-binding protein  YP_001274484  normal  normal  0.503977  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0094  CDS  NC_009523  111358  112704  1347  peptidase M20  YP_001274485  normal  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0095  CDS  NC_009523  112701  114245  1545  hypothetical protein  YP_001274486  normal  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0096  CDS  NC_009523  114369  115622  1254  molybdenum cofactor synthesis domain-containing protein  YP_001274487  normal  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0097  CDS  NC_009523  115644  116606  963  thioredoxin reductase  YP_001274488  normal  0.653318  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0098  CDS  NC_009523  116761  118578  1818  hypothetical protein  YP_001274489  normal  0.0997115  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0099  CDS  NC_009523  118560  119633  1074  ROK family protein  YP_001274490  normal  0.210815  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0100  CDS  NC_009523  119781  121622  1842  GTP-binding protein TypA  YP_001274491  normal  0.148242  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 47    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>