5403 genes were found for organism Pseudomonas putida F1



Page 1 of 55    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Pput_0001  CDS  NC_009512  385  1902  1518  chromosomal replication initiation protein  YP_001265362  normal  0.390724  normal  0.0464489  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0002  CDS  NC_009512  1943  3046  1104  DNA polymerase III subunit beta  YP_001265363  normal  0.123405  normal  0.0743731  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0003  CDS  NC_009512  3062  4165  1104  recombination protein F  YP_001265364  normal  0.113705  normal  0.121048  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0004  CDS  NC_009512  4170  6590  2421  DNA gyrase subunit B  YP_001265365  normal  0.045671  normal  0.178752  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0005  CDS  NC_009512  7427  8065  639  hypothetical protein  YP_001265366  normal  0.0200197  normal  0.107844  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0006  CDS  NC_009512  8046  10004  1959  integrase catalytic subunit  YP_001265367  normal  0.0485417  normal  0.154735  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0007  CDS  NC_009512  10001  10960  960  AAA ATPase  YP_001265368  hitchhiker  0.00746213  normal  0.114885  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0008  CDS  NC_009512  11036  12952  1917  hypothetical protein  YP_001265369  normal  0.0559853  normal  0.0972457  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0009  CDS  NC_009512  13009  13368  360  hypothetical protein  YP_001265370  hitchhiker  0.000754026  normal  0.103636  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0010  CDS  NC_009512  13740  14072  333  hypothetical protein  YP_001265371  hitchhiker  0.000597864  normal  0.167799  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0011  CDS  NC_009512  14170  14625  456  hypothetical protein  YP_001265372  hitchhiker  0.00250694  normal  0.180221  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0012  CDS  NC_009512  14615  15394  780  hypothetical protein  YP_001265373  hitchhiker  0.00152661  normal  0.126895  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0013  CDS  NC_009512  15404  16519  1116  copper resistance B precursor  YP_001265374  hitchhiker  0.001908  normal  0.0882664  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0014  CDS  NC_009512  16509  16850  342  hypothetical protein  YP_001265375  hitchhiker  0.00739134  normal  0.0662412  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0015  CDS  NC_009512  16847  18862  2016  CopA family copper resistance protein  YP_001265376  normal  0.156592  normal  0.0651456  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0016  CDS  NC_009512  18988  19194  207  hypothetical protein  YP_001265377  normal  0.73863  normal  0.0382155  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0017  CDS  NC_009512  19361  20038  678  two component heavy metal response transcriptional regulator  YP_001265378  normal  normal  0.0468746  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0018  CDS  NC_009512  20038  21444  1407  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  YP_001265379  normal  normal  0.0336909  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0019  CDS  NC_009512  21481  21828  348  hypothetical protein  YP_001265380  normal  0.46801  normal  0.0246998  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0020  CDS  NC_009512  21915  23168  1254  outer membrane efflux protein  YP_001265381  normal  normal  0.0171536  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0021  CDS  NC_009512  23165  24631  1467  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_001265382  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0022  CDS  NC_009512  24628  27786  3159  CzcA family heavy metal efflux protein  YP_001265383  normal  hitchhiker  0.00365409  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0023  CDS  NC_009512  27783  28130  348  hypothetical protein  YP_001265384  normal  0.814264  hitchhiker  0.0010274  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0024    NC_009512  28362  28511  150      normal  hitchhiker  0.000312545  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0025  CDS  NC_009512  28545  29204  660  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  YP_001265385  normal  0.785805  hitchhiker  0.000421243  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0026  CDS  NC_009512  29201  29476  276  hypothetical protein  YP_001265386  normal  0.834973  hitchhiker  0.00036673  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0027  CDS  NC_009512  29502  29957  456  hypothetical protein  YP_001265387  normal  0.785237  hitchhiker  0.000412505  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0028  CDS  NC_009512  30096  31118  1023  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  YP_001265388  normal  0.828005  decreased coverage  4.6618e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0029  CDS  NC_009512  31384  31584  201  heavy metal transport/detoxification protein  YP_001265389  normal  0.787657  decreased coverage  3.08968e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0030  CDS  NC_009512  31922  34297  2376  copper-translocating P-type ATPase  YP_001265390  normal  hitchhiker  8.36932e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0031  CDS  NC_009512  34482  34640  159  hypothetical protein  YP_001265391  normal  hitchhiker  8.89171e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0032    NC_009512  34709  35038  330      normal  0.942157  hitchhiker  9.57756e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0033  CDS  NC_009512  35432  36466  1035  hypothetical protein  YP_001265392  normal  hitchhiker  0.000163665  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0034  CDS  NC_009512  36650  37015  366  hypothetical protein  YP_001265393  normal  0.955781  decreased coverage  2.90254e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0035  CDS  NC_009512  37298  37546  249  hypothetical protein  YP_001265394  normal  0.707613  decreased coverage  2.44466e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0036  CDS  NC_009512  37857  38780  924  hypothetical protein  YP_001265395  normal  decreased coverage  3.47132e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0037  CDS  NC_009512  38986  39210  225  hypothetical protein  YP_001265396  normal  0.254213  decreased coverage  2.36921e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0038  CDS  NC_009512  39225  39431  207  hypothetical protein  YP_001265397  normal  0.229986  hitchhiker  9.29827e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0039  CDS  NC_009512  39826  41523  1698  hypothetical protein  YP_001265398  normal  0.328486  hitchhiker  0.000197782  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0040  CDS  NC_009512  42407  43312  906  cation diffusion facilitator family transporter  YP_001265399  normal  hitchhiker  0.000142458  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0041  CDS  NC_009512  43470  43820  351  hypothetical protein  YP_001265400  normal  hitchhiker  0.000107045  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0042  CDS  NC_009512  43853  44179  327  hypothetical protein  YP_001265401  normal  hitchhiker  0.000312545  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0043  CDS  NC_009512  44869  45543  675  two component heavy metal response transcriptional regulator  YP_001265402  normal  0.955175  hitchhiker  0.00039578  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0044  CDS  NC_009512  45540  46958  1419  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  YP_001265403  normal  hitchhiker  0.000181227  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0045  CDS  NC_009512  47016  47603  588  hypothetical protein  YP_001265404  normal  hitchhiker  0.000103132  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0046  CDS  NC_009512  47870  48091  222  hypothetical protein  YP_001265405  normal  hitchhiker  9.15904e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0047  CDS  NC_009512  48174  49628  1455  glycosyl transferase family protein  YP_001265406  normal  0.247457  hitchhiker  0.000148849  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0048  CDS  NC_009512  49622  50605  984  ribonuclease III  YP_001265407  normal  0.650268  hitchhiker  0.000105467  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0049  CDS  NC_009512  50571  50990  420  GtrA family protein  YP_001265408  normal  hitchhiker  7.05779e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0050  CDS  NC_009512  51248  52216  969  LysR family transcriptional regulator  YP_001265409  normal  hitchhiker  8.44174e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0051  CDS  NC_009512  52427  53734  1308  phosphate-selective porin O and P  YP_001265410  normal  hitchhiker  9.2284e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0052  CDS  NC_009512  53754  53888  135  hypothetical protein  YP_001265411  normal  hitchhiker  4.82868e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0053  CDS  NC_009512  54033  55058  1026  hypothetical protein  YP_001265412  normal  0.754892  hitchhiker  7.60343e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0054  CDS  NC_009512  55186  55410  225  hypothetical protein  YP_001265413  normal  0.848101  hitchhiker  4.90209e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0055  CDS  NC_009512  55503  57500  1998  heavy metal translocating P-type ATPase  YP_001265414  normal  hitchhiker  0.000377038  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0056  CDS  NC_009512  57703  58026  324  hypothetical protein  YP_001265415  normal  0.793416  hitchhiker  0.00127332  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0057  CDS  NC_009512  58189  61350  3162  CzcA family heavy metal efflux protein  YP_001265416  normal  0.899246  hitchhiker  0.00920883  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0058  CDS  NC_009512  61375  62625  1251  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_001265417  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0059  CDS  NC_009512  62694  63878  1185  outer membrane efflux protein  YP_001265418  normal  hitchhiker  0.00860018  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0060  CDS  NC_009512  64369  65712  1344  outer membrane porin  YP_001265419  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0061  CDS  NC_009512  66201  66875  675  two component heavy metal response transcriptional regulator  YP_001265420  normal  0.382659  hitchhiker  0.0034413  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0062  CDS  NC_009512  66993  67316  324  hypothetical protein  YP_001265421  normal  0.581719  hitchhiker  0.00330349  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0063  CDS  NC_009512  67418  68029  612  hypothetical protein  YP_001265422  normal  hitchhiker  0.00155352  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0064  CDS  NC_009512  68135  69601  1467  hypothetical protein  YP_001265423  normal  hitchhiker  0.00210275  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0065  CDS  NC_009512  69614  70063  450  hypothetical protein  YP_001265424  normal  hitchhiker  0.00318815  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0066  CDS  NC_009512  70754  71161  408  hypothetical protein  YP_001265425  normal  hitchhiker  0.00326419  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0067  CDS  NC_009512  71293  72585  1293  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  YP_001265426  normal  hitchhiker  0.00197727  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0068  CDS  NC_009512  72808  73692  885  beta-lactamase domain-containing protein  YP_001265427  normal  normal  0.0170221  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0069  CDS  NC_009512  73733  75001  1269  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_001265428  normal  normal  0.0106574  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0070  CDS  NC_009512  74998  75816  819  hypothetical protein  YP_001265429  normal  0.96847  hitchhiker  0.00978296  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0071  CDS  NC_009512  75805  76692  888  LysR family transcriptional regulator  YP_001265430  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0072  CDS  NC_009512  76927  78573  1647  glucose-methanol-choline oxidoreductase  YP_001265431  normal  0.010293  normal  0.0125106  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0073  CDS  NC_009512  78671  80290  1620  general substrate transporter  YP_001265432  hitchhiker  6.48863e-07  normal  0.0860349  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0074  CDS  NC_009512  80465  81250  786  phospholipid/glycerol acyltransferase  YP_001265433  unclonable  1.85774e-11  normal  0.109161  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0075  CDS  NC_009512  81297  81824  528  D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase  YP_001265434  hitchhiker  1.77009e-08  normal  0.10278  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0076  CDS  NC_009512  81828  83882  2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_001265435  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0077  CDS  NC_009512  83879  84826  948  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_001265436  hitchhiker  0.000417626  normal  0.0864281  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0078  CDS  NC_009512  84910  85461  552  DNA-3-methyladenine glycosylase I  YP_001265437  normal  0.0348853  normal  0.0800012  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0079  CDS  NC_009512  85503  86390  888  lipid A biosynthesis lauroyl acyltransferase  YP_001265438  normal  0.383553  normal  0.0916886  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0080  CDS  NC_009512  86488  86802  315  TPR repeat-containing protein  YP_001265439  normal  0.550206  normal  0.123914  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0081  CDS  NC_009512  86814  88187  1374  potassium transporter peripheral membrane component  YP_001265440  normal  0.685696  normal  0.107342  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0082  CDS  NC_009512  88211  89521  1311  sun protein  YP_001265441  normal  normal  0.254701  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0083  CDS  NC_009512  89518  90450  933  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_001265442  normal  normal  0.217446  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0084  CDS  NC_009512  90511  91017  507  peptide deformylase  YP_001265443  normal  normal  0.424252  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0085  CDS  NC_009512  91224  92321  1098  DNA protecting protein DprA  YP_001265444  normal  0.273214  normal  0.48909  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0086  CDS  NC_009512  92364  92921  558  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  YP_001265445  normal  normal  0.592452  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0087  CDS  NC_009512  93301  93618  318  hypothetical protein  YP_001265446  normal  normal  0.585828  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0088  CDS  NC_009512  93745  94722  978  alcohol dehydrogenase  YP_001265447  normal  normal  0.654811  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0089  CDS  NC_009512  94857  95768  912  coproporphyrinogen III oxidase  YP_001265448  normal  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0090  CDS  NC_009512  95794  96618  825  shikimate 5-dehydrogenase  YP_001265449  normal  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0091  CDS  NC_009512  96748  98313  1566  sulphate transporter  YP_001265450  normal  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0092  CDS  NC_009512  98458  99381  924  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  YP_001265451  normal  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0093  CDS  NC_009512  99396  100913  1518  sulfatase  YP_001265452  normal  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0094  CDS  NC_009512  101022  101921  900  LysR family transcriptional regulator  YP_001265453  normal  0.686241  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0095  CDS  NC_009512  102043  102660  618  hypothetical protein  YP_001265454  normal  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0096  CDS  NC_009512  102713  103045  333  DOPA 4,5-dioxygenase  YP_001265455  normal  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0097  CDS  NC_009512  103166  103975  810  tryptophan synthase subunit alpha  YP_001265456  normal  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0098  CDS  NC_009512  103972  105189  1218  tryptophan synthase subunit beta  YP_001265457  normal  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0099  CDS  NC_009512  105300  106196  897  LysR family transcriptional regulator  YP_001265458  normal  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0100  CDS  NC_009512  106193  106516  324  protein of unknown function DUF883, ElaB  YP_001265459  normal  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 55    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>