4490 genes were found for organism Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 45    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Gura_0001  CDS  NC_009483  46  1395  1350  chromosomal replication initiation protein  YP_001228792  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0002  CDS  NC_009483  1611  2729  1119  DNA polymerase III, beta subunit  YP_001228793  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0003  CDS  NC_009483  2810  3904  1095  recombination protein F  YP_001228794  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0004  CDS  NC_009483  3913  6297  2385  DNA gyrase, B subunit  YP_001228795  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0005  CDS  NC_009483  6355  8853  2499  DNA gyrase, A subunit  YP_001228796  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0006  CDS  NC_009483  8937  10517  1581  hypothetical protein  YP_001228797  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0007  CDS  NC_009483  10587  11600  1014  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  YP_001228798  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0008  CDS  NC_009483  11698  13974  2277  multi-sensor signal transduction histidine kinase  YP_001228799  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0009  CDS  NC_009483  13961  15487  1527  multi-sensor signal transduction histidine kinase  YP_001228800  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0010  CDS  NC_009483  15519  17333  1815  multi-sensor signal transduction histidine kinase  YP_001228801  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0011  CDS  NC_009483  17330  19510  2181  multi-sensor signal transduction histidine kinase  YP_001228802  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0012  CDS  NC_009483  19507  20433  927  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  YP_001228803  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0013  CDS  NC_009483  20508  21263  756  ABC-2 type transporter  YP_001228804  normal  0.728607  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0014  CDS  NC_009483  21393  22466  1074  radical SAM domain-containing protein  YP_001228805  normal  0.0107505  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0015  CDS  NC_009483  22609  23628  1020  uroporphyrinogen decarboxylase  YP_001228806  decreased coverage  0.00367491  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0016  CDS  NC_009483  23781  24599  819  hypothetical protein  YP_001228807  normal  0.0652616  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0017  CDS  NC_009483  24612  26720  2109  hypothetical protein  YP_001228808  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0018  CDS  NC_009483  26740  27750  1011  alcohol dehydrogenase  YP_001228809  normal  0.760899  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0019  CDS  NC_009483  27963  28475  513  membrane protein-like protein  YP_001228810  normal  0.0178254  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0020  CDS  NC_009483  28392  29837  1446  heat shock protein DnaJ domain-containing protein  YP_001228811  hitchhiker  1.20001e-06  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0021  CDS  NC_009483  29988  30263  276  hypothetical protein  YP_001228812  hitchhiker  5.06367e-10  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0022  CDS  NC_009483  30334  31056  723  Hsp33 protein  YP_001228813  unclonable  2.15576e-10  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0023  CDS  NC_009483  31207  31740  534  hypothetical protein  YP_001228814  hitchhiker  2.49293e-09  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0024  CDS  NC_009483  31893  34271  2379  peptidase U32  YP_001228815  hitchhiker  0.000675639  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0025  CDS  NC_009483  34313  34756  444  histidine kinase  YP_001228816  hitchhiker  0.000104347  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0026  CDS  NC_009483  34799  35287  489  hypothetical protein  YP_001228817  hitchhiker  4.89311e-05  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0027  CDS  NC_009483  35537  36556  1020  3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase  YP_001228818  hitchhiker  8.00043e-06  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0028  CDS  NC_009483  37020  37580  561  hypothetical protein  YP_001228819  hitchhiker  2.27212e-05  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0029  CDS  NC_009483  37784  38554  771  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  YP_001228820  hitchhiker  0.00147901  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0030  CDS  NC_009483  38797  39258  462  membrane protein-like protein  YP_001228821  normal  0.0561299  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0031  CDS  NC_009483  39277  40569  1293  peptidase M16 domain-containing protein  YP_001228822  normal  0.652057  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0032  CDS  NC_009483  40640  41023  384  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  YP_001228823  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0033  CDS  NC_009483  41023  41664  642  precorrin-8X methylmutase CbiC/CobH  YP_001228824  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0034  CDS  NC_009483  41685  42794  1110  cobalamin biosynthesis protein CbiD  YP_001228825  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0035  CDS  NC_009483  42881  44098  1218  precorrin-6y C5,15-methyltransferase (decarboxylating), CbiE subunit  YP_001228826  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0036  CDS  NC_009483  44215  44949  735  precorrin-2 C20-methyltransferase  YP_001228827  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0037  CDS  NC_009483  45042  45308  267  prevent-host-death family protein  YP_001228828  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0038  CDS  NC_009483  45296  45736  441  PilT domain-containing protein  YP_001228829  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0039  CDS  NC_009483  45854  46630  777  precorrin-4 C11-methyltransferase  YP_001228830  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0040  CDS  NC_009483  46804  47865  1062  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiG protein  YP_001228831  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0041  CDS  NC_009483  47902  50265  2364  cobyric acid synthase CobQ  YP_001228832  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0042  CDS  NC_009483  50335  51321  987  cobalamin biosynthesis protein CobD  YP_001228833  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0043  CDS  NC_009483  51562  52635  1074  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  YP_001228834  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0044  CDS  NC_009483  52662  53492  831  type IV pilus assembly PilZ  YP_001228835  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0045  CDS  NC_009483  54023  54451  429  ferric uptake regulator family protein  YP_001228836  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0046  CDS  NC_009483  54448  55398  951  periplasmic solute binding protein  YP_001228837  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0047  CDS  NC_009483  55389  56141  753  ABC transporter related  YP_001228838  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0048  CDS  NC_009483  56242  57060  819  ABC-3 protein  YP_001228839  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0049  CDS  NC_009483  57308  57751  444  response regulator receiver protein  YP_001228840  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0050  CDS  NC_009483  57841  59163  1323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  YP_001228841  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0051  CDS  NC_009483  59228  61183  1956  multi-sensor signal transduction histidine kinase  YP_001228842  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0052  CDS  NC_009483  61234  62064  831  extracellular solute-binding protein  YP_001228843  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0053  CDS  NC_009483  62244  63578  1335  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_001228844  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0054  CDS  NC_009483  63613  65016  1404  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  YP_001228845  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0055  CDS  NC_009483  65073  65603  531  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  YP_001228846  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0056  CDS  NC_009483  66502  71754  5253  hypothetical protein  YP_001228847  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0057  CDS  NC_009483  71880  72314  435  hypothetical protein  YP_001228848  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0058  CDS  NC_009483  72314  73312  999  integrase catalytic subunit  YP_001228849  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0059  CDS  NC_009483  73425  74018  594  hypothetical protein  YP_001228850  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0060  CDS  NC_009483  74015  74977  963  hypothetical protein  YP_001228851  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0061  CDS  NC_009483  75182  75952  771  hypothetical protein  YP_001228852  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0062  CDS  NC_009483  76021  76662  642  hypothetical protein  YP_001228853  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0063  CDS  NC_009483  76777  77028  252  hypothetical protein  YP_001228854  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0064  CDS  NC_009483  77043  77855  813  IstB ATP binding domain-containing protein  YP_001228855  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0065  CDS  NC_009483  77845  79293  1449  integrase catalytic subunit  YP_001228856  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0066    NC_009483  79463  80044  582      normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0067    NC_009483  80041  80202  162      normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0068  CDS  NC_009483  80297  85384  5088  fibronectin, type III domain-containing protein  YP_001228857  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0069  CDS  NC_009483  85416  86372  957  hypothetical protein  YP_001228858  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0070  CDS  NC_009483  86378  92233  5856  APHP domain-containing protein  YP_001228859  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0071  CDS  NC_009483  92423  93313  891  2-methylisocitrate lyase  YP_001228860  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0072  CDS  NC_009483  93310  94428  1119  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  YP_001228861  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0073  CDS  NC_009483  94436  95881  1446  2-methylcitrate dehydratase  YP_001228862  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0074  CDS  NC_009483  96022  96603  582  ATP:corrinoid adenosyltransferase BtuR/CobO/CobP  YP_001228863  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0075  CDS  NC_009483  97075  103743  6669  cytochrome C family protein  YP_001228864  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0076  CDS  NC_009483  103752  108068  4317  cytochrome C family protein  YP_001228865  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0077  CDS  NC_009483  108130  115629  7500  cytochrome C family protein  YP_001228866  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0078  CDS  NC_009483  115981  116289  309  hypothetical protein  YP_001228867  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0079  CDS  NC_009483  116557  117519  963  metal dependent phosphohydrolase  YP_001228868  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0080  CDS  NC_009483  117731  118162  432  heavy metal transport/detoxification protein  YP_001228869  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0081  CDS  NC_009483  118220  118684  465  membrane protein-like protein  YP_001228870  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0082  CDS  NC_009483  118684  119844  1161  hypothetical protein  YP_001228871  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0083  CDS  NC_009483  119949  120635  687  ABC transporter related  YP_001228872  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0084  CDS  NC_009483  120705  121823  1119  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_001228873  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0085  CDS  NC_009483  121820  123178  1359  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  YP_001228874  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0086  CDS  NC_009483  123752  124279  528  hypothetical protein  YP_001228875  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0087  CDS  NC_009483  124889  126163  1275  outer membrane efflux protein  YP_001228876  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0088  CDS  NC_009483  126274  127680  1407  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_001228877  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0089  CDS  NC_009483  127924  131070  3147  CzcA family heavy metal efflux protein  YP_001228878  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0090  CDS  NC_009483  131158  131634  477  hypothetical protein  YP_001228879  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0091  CDS  NC_009483  131727  132635  909  hypothetical protein  YP_001228880  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0092  CDS  NC_009483  132648  133082  435  hypothetical protein  YP_001228881  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0093  CDS  NC_009483  133160  133672  513  hypothetical protein  YP_001228882  normal  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0094  CDS  NC_009483  134192  134974  783  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  YP_001228883  normal  0.0745635  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0095  CDS  NC_009483  135043  135960  918  alpha/beta hydrolase fold  YP_001228884  hitchhiker  1.19942e-06  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0096  CDS  NC_009483  136135  136734  600  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  YP_001228885  unclonable  1.10916e-10  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0097  CDS  NC_009483  136843  137520  678  hypothetical protein  YP_001228886  unclonable  9.43879e-11  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0098  CDS  NC_009483  137542  138237  696  protein-disulfide isomerase-like protein  YP_001228887  hitchhiker  1.92012e-07  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0099  CDS  NC_009483  138711  139319  609  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  YP_001228888  hitchhiker  0.00980912  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Gura_0100  CDS  NC_009483  139319  140434  1116  putative transmembrane anti-sigma factor  YP_001228889  normal  0.314506  n/a    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 45    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>