4494 genes were found for organism Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 45    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
YpsIP31758_0001  CDS  NC_009708  21  461  441  flavodoxin  YP_001399005  hitchhiker  1.45912e-12  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0002  CDS  NC_009708  554  1015  462  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  YP_001399006  hitchhiker  4.70477e-10  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0003  CDS  NC_009708  1185  2177  993  asparagine synthetase AsnA  YP_001399007  hitchhiker  3.47674e-06  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0004  CDS  NC_009708  2276  3742  1467  hypothetical protein  YP_001399008  hitchhiker  0.000586719  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0005  CDS  NC_009708  3746  5284  1539  regulatory ATPase RavA  YP_001399009  normal  0.016355  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0006  CDS  NC_009708  5558  7426  1869  potassium transport protein Kup  YP_001399010  normal  0.0279816  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0007  CDS  NC_009708  7631  8050  420  D-ribose pyranase  YP_001399011  normal  0.0142466  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0008  CDS  NC_009708  8101  9027  927  ribokinase  YP_001399012  normal  0.0252287  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0009  CDS  NC_009708  9247  10671  1425  major facilitator transporter  YP_001399014  hitchhiker  0.000535821  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0010  CDS  NC_009708  9047  9250  204  hypothetical protein  YP_001399013  normal  0.0502458  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0011  CDS  NC_009708  10751  11440  690  GntR family transcriptional regulator  YP_001399015  hitchhiker  3.98907e-06  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0015  CDS  NC_009708  17641  18849  1209  IS285, transposase  YP_001399016  hitchhiker  5.01092e-05  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0016  CDS  NC_009708  18907  19440  534  molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B  YP_001399017  hitchhiker  5.27926e-05  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0017  CDS  NC_009708  19437  20024  588  molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein MobA  YP_001399018  hitchhiker  0.00016847  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0018  CDS  NC_009708  20178  20447  270  hypothetical protein  YP_001399019  hitchhiker  6.02273e-05  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0019  CDS  NC_009708  20538  21524  987  serine/threonine protein kinase  YP_001399020  hitchhiker  8.57443e-05  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0020  CDS  NC_009708  21552  22175  624  periplasmic protein disulfide isomerase I  YP_001399021  hitchhiker  0.000268168  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0021  CDS  NC_009708  22666  25464  2799  DNA polymerase I  YP_001399022  decreased coverage  0.00121039  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0022  CDS  NC_009708  25872  26522  651  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  YP_001399023  hitchhiker  0.00273485  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0023  CDS  NC_009708  27266  27832  567  hypothetical protein  YP_001399024  hitchhiker  0.00725137  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0024  CDS  NC_009708  28015  29388  1374  coproporphyrinogen III oxidase  YP_001399025  normal  0.0201476  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0025  CDS  NC_009708  29442  30854  1413  nitrogen regulation protein NR(I)  YP_001399026  normal  0.151443  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0026  CDS  NC_009708  30862  31911  1050  nitrogen regulation protein NR(II)  YP_001399027  normal  0.968773  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0027  CDS  NC_009708  32164  33573  1410  glutamine synthetase  YP_001399028  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0028  CDS  NC_009708  34135  35958  1824  GTP-binding protein TypA/BipA  YP_001399029  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0029  CDS  NC_009708  36281  36871  591  phosphatase  YP_001399030  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0030  CDS  NC_009708  36968  37852  885  ribonuclease BN  YP_001399031  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0031  CDS  NC_009708  37859  38296  438  D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase  YP_001399032  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0032  CDS  NC_009708  38482  39405  924  acetyltransferase domain-containing protein  YP_001399033  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0033  CDS  NC_009708  39540  41249  1710  asmA family protein  YP_001399034  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0034  CDS  NC_009708  41396  42781  1386  xanthine permease  YP_001399035  normal  0.830973  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0035  CDS  NC_009708  42780  42899  120  hypothetical protein  YP_001399036  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0036  CDS  NC_009708  43019  44233  1215  sodium/glutamate symporter  YP_001399037  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0037  CDS  NC_009708  44599  46680  2082  ATP-dependent DNA helicase RecG  YP_001399038  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0038  CDS  NC_009708  46681  47373  693  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  YP_001399039  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0039  CDS  NC_009708  47379  49487  2109  bifunctional (p)ppGpp synthetase II/ guanosine-3',5'-bis pyrophosphate 3'-pyrophosphohydrolase  YP_001399040  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0040  CDS  NC_009708  49507  49782  276  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  YP_001399041  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0041  CDS  NC_009708  49837  50460  624  guanylate kinase  YP_001399042  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0042  CDS  NC_009708  50861  52564  1704  NAD-dependent DNA ligase LigB  YP_001399043  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0043  CDS  NC_009708  52584  53201  618  hypothetical protein  YP_001399044  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0044  CDS  NC_009708  53942  54313  372  hypothetical protein  YP_001399045  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0045  CDS  NC_009708  54330  54542  213  hypothetical protein  YP_001399046  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0046  CDS  NC_009708  54572  55174  603  putative phage terminase, small subunit  YP_001399047  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0047  CDS  NC_009708  55921  56997  1077  hypothetical protein  YP_001399048  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0048  CDS  NC_009708  57544  57666  123  hypothetical protein  YP_001399049  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0049  CDS  NC_009708  57623  58774  1152  hypothetical protein  YP_001399050  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0050  CDS  NC_009708  58771  59781  1011  hypothetical protein  YP_001399051  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0051  CDS  NC_009708  59796  60215  420  hypothetical protein  YP_001399052  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0052  CDS  NC_009708  60215  60433  219  AlpA family protein  YP_001399053  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0053  CDS  NC_009708  60547  61440  894  hypothetical protein  YP_001399054  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0054  CDS  NC_009708  61537  62805  1269  phage integrase family site specific recombinase  YP_001399055  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0055  CDS  NC_009708  62995  63858  864  hypothetical protein  YP_001399056  normal  0.926553  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0056  CDS  NC_009708  63985  64701  717  ribonuclease PH  YP_001399057  normal  0.187742  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0057  CDS  NC_009708  64868  65515  648  orotate phosphoribosyltransferase  YP_001399058  normal  0.0177997  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0058  CDS  NC_009708  65650  66246  597  nucleoid occlusion protein  YP_001399059  hitchhiker  0.00579463  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0059  CDS  NC_009708  66368  66823  456  deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase  YP_001399060  hitchhiker  0.000312037  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0060  CDS  NC_009708  66804  68018  1215  bifunctional phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate synthase  YP_001399061  hitchhiker  6.96235e-06  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0061  CDS  NC_009708  68215  68883  669  DNA repair protein RadC  YP_001399062  decreased coverage  8.03057e-08  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0062  CDS  NC_009708  69146  69382  237  50S ribosomal protein L28  YP_001399063  hitchhiker  1.40905e-08  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0063  CDS  NC_009708  69394  69561  168  50S ribosomal protein L33  YP_001399064  hitchhiker  4.658e-07  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0064  CDS  NC_009708  69644  70453  810  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  YP_001399065  hitchhiker  1.68259e-06  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0065  CDS  NC_009708  70459  70938  480  phosphopantetheine adenylyltransferase  YP_001399066  hitchhiker  1.49443e-06  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0066  CDS  NC_009708  70935  71717  783  glycosyl transferase, group 2 family protein  YP_001399067  hitchhiker  3.10001e-05  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0067  CDS  NC_009708  71718  72995  1278  3-deoxy-D-manno-octulosonic-acid transferase  YP_001399068  hitchhiker  0.00847091  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0068  CDS  NC_009708  73415  74380  966  ADP-heptose:LPS heptosyl transferase I  YP_001399069  normal  0.0575052  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0069  CDS  NC_009708  74380  75444  1065  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  YP_001399070  normal  0.270694  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0070  CDS  NC_009708  75475  76407  933  ADP-L-glycero-D-mannoheptose-6-epimerase  YP_001399071  normal  0.495588  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0071  CDS  NC_009708  76653  77864  1212  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  YP_001399072  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0072  CDS  NC_009708  77874  78899  1026  L-threonine 3-dehydrogenase  YP_001399073  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0073  CDS  NC_009708  79037  80047  1011  divergent polysaccharide deacetylase  YP_001399074  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0074  CDS  NC_009708  80071  81441  1371  hypothetical protein  YP_001399075  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0075  CDS  NC_009708  81451  82998  1548  phosphoglyceromutase  YP_001399076  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0076  CDS  NC_009708  83395  83829  435  rhodanese domain-containing protein  YP_001399077  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0077  CDS  NC_009708  83948  84196  249  glutaredoxin 3  YP_001399078  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0078  CDS  NC_009708  84284  84760  477  preprotein translocase subunit SecB  YP_001399079  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0079  CDS  NC_009708  84760  85779  1020  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  YP_001399080  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0080  CDS  NC_009708  86045  86866  822  serine acetyltransferase  YP_001399081  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0081  CDS  NC_009708  86989  87477  489  RNA methyltransferase  YP_001399082  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0082  CDS  NC_009708  87666  88730  1065  ada regulatory protein  YP_001399083  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0083  CDS  NC_009708  88798  90174  1377  two-component sensor protein  YP_001399084  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0084  CDS  NC_009708  90171  90869  699  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  YP_001399085  normal  0.601085  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0085  CDS  NC_009708  91043  91531  489  periplasmic stress adaptor protein CpxP  YP_001399086  normal  0.359879  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0086  CDS  NC_009708  92209  93168  960  putative transposase  YP_001399087  normal  0.864811  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0087    NC_009708  93236  93608  373      normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0088  CDS  NC_009708  93730  94632  903  ferrous iron efflux protein F  YP_001399088  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0089  CDS  NC_009708  94850  95833  984  6-phosphofructokinase  YP_001399089  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0090  CDS  NC_009708  96054  97043  990  sulfate transporter subunit  YP_001399090  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0091  CDS  NC_009708  97293  98069  777  hypothetical protein  YP_001399091  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0092  CDS  NC_009708  98187  99614  1428  divalent anion:Na+ symporter (DASS) family protein  YP_001399092  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0093  CDS  NC_009708  99680  100393  714  hypothetical protein  YP_001399093  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0094  CDS  NC_009708  100390  101127  738  GlcNAc-PI de-N-acetylase family  YP_001399094  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0095  CDS  NC_009708  101264  102499  1236  LysR family substrate binding transcriptional regulator  YP_001399095  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0096  CDS  NC_009708  102729  103496  768  triosephosphate isomerase  YP_001399096  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0097  CDS  NC_009708  103625  104239  615  hypothetical protein  YP_001399097  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0098  CDS  NC_009708  104381  104842  462  hypothetical protein  YP_001399098  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0099  CDS  NC_009708  105238  105984  747  ferredoxin-NADP reductase  YP_001399099  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0100  CDS  NC_009708  106139  107149  1011  fructose 1,6-bisphosphatase II  YP_001399100  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0101  CDS  NC_009708  107418  108941  1524  glycerol kinase  YP_001399101  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0102  CDS  NC_009708  109118  109966  849  glycerol uptake facilitator protein  YP_001399102  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0103  CDS  NC_009708  110674  110913  240  hypothetical protein  YP_001399103  normal  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 45    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>