3423 genes were found for organism Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 35    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Dred_0001  CDS  NC_009253  365  1690  1326  chromosomal replication initiation protein  YP_001111378  decreased coverage  0.000247534  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0002  CDS  NC_009253  1923  3020  1098  DNA polymerase III, beta subunit  YP_001111379  normal  0.610199  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0003  CDS  NC_009253  3033  3245  213  RNA-binding S4 domain-containing protein  YP_001111380  normal  0.212549  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0004  CDS  NC_009253  3256  4371  1116  recombination protein F  YP_001111381  normal  0.106759  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0005  CDS  NC_009253  4371  4634  264  hypothetical protein  YP_001111382  hitchhiker  0.00704789  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0006  CDS  NC_009253  4808  6724  1917  DNA gyrase, B subunit  YP_001111383  normal  0.014329  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0007  CDS  NC_009253  6995  9451  2457  DNA gyrase, A subunit  YP_001111384  unclonable  3.9295e-05  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0008  CDS  NC_009253  13433  13786  354  hypothetical protein  YP_001111385  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0009  CDS  NC_009253  16219  17436  1218  metal dependent phosphohydrolase  YP_001111386  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0010  CDS  NC_009253  17807  18691  885  pyridoxal biosynthesis lyase PdxS  YP_001111387  normal  0.483005  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0011  CDS  NC_009253  18699  19265  567  glutamine amidotransferase subunit PdxT  YP_001111388  normal  0.0273171  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0012  CDS  NC_009253  19566  19859  294  hypothetical protein  YP_001111389  hitchhiker  0.00242931  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0013  CDS  NC_009253  20292  21449  1158  aminotransferase, class V  YP_001111390  hitchhiker  0.00141675  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0014  CDS  NC_009253  21449  23029  1581  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  YP_001111391  decreased coverage  0.00744014  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0015  CDS  NC_009253  23222  24496  1275  seryl-tRNA synthetase  YP_001111392  hitchhiker  0.00255283  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0016  CDS  NC_009253  24816  25547  732  hypothetical protein  YP_001111393  normal  0.150819  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0017  CDS  NC_009253  26061  26516  456  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  YP_001111394  normal  0.484063  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0018  CDS  NC_009253  26734  27900  1167  phage integrase family protein  YP_001111395  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0019  CDS  NC_009253  27993  28400  408  hypothetical protein  YP_001111396  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0020  CDS  NC_009253  28384  28809  426  XRE family transcriptional regulator  YP_001111397  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0021    NC_009253  28943  29466  524      normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0022  CDS  NC_009253  29603  29788  186  ISChy6, transposase  YP_001111398  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0023    NC_009253  30026  30846  821      normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0024  CDS  NC_009253  30849  31649  801  AAA ATPase  YP_001111399  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0025  CDS  NC_009253  32154  34043  1890  ATPase  YP_001111400  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0026  CDS  NC_009253  34228  35232  1005  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  YP_001111401  normal  0.579056  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0027  CDS  NC_009253  35374  36351  978  hypothetical protein  YP_001111402  normal  0.242555  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0028  CDS  NC_009253  36336  37112  777  hypothetical protein  YP_001111403  hitchhiker  0.00355534  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0029  CDS  NC_009253  38097  38462  366  hypothetical protein  YP_001111404  decreased coverage  4.35584e-06  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0030  CDS  NC_009253  38510  39514  1005  hypothetical protein  YP_001111405  hitchhiker  3.62636e-05  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0031  CDS  NC_009253  39595  39834  240  hypothetical protein  YP_001111406  hitchhiker  0.00174326  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0032  CDS  NC_009253  39909  40127  219  heterodisulfide reductase, subunit A, selenocysteine-containing  YP_001111407  normal  0.0197074  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0033  CDS  NC_009253  40682  41290  609  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  YP_001111408  normal  0.358134  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0034  CDS  NC_009253  41281  41964  684  transposase, IS111A/IS1328/IS1533  YP_001111409  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0035  CDS  NC_009253  42344  43342  999  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_001111410  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0036  CDS  NC_009253  43470  43670  201  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  YP_001111411  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0037  CDS  NC_009253  43752  45134  1383  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  YP_001111412  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0038  CDS  NC_009253  45181  45870  690  pyruvate formate-lyase activating enzyme  YP_001111413  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0039  CDS  NC_009253  45889  48120  2232  formate acetyltransferase  YP_001111414  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0040  CDS  NC_009253  48513  49604  1092  putative transmembrane anti-sigma factor  YP_001111415  normal  0.411333  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0041  CDS  NC_009253  50452  52116  1665  phosphoribulokinase/uridine kinase  YP_001111416  normal  0.448598  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0042  CDS  NC_009253  52517  54139  1623  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  YP_001111417  decreased coverage  0.000215305  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0043  CDS  NC_009253  54179  54496  318  hypothetical protein  YP_001111418  hitchhiker  0.00471711  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0044  CDS  NC_009253  54738  55340  603  recombination protein RecR  YP_001111419  normal  0.0424851  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0045  CDS  NC_009253  55506  55844  339  hypothetical protein  YP_001111420  normal  0.123677  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0046  CDS  NC_009253  56188  56880  693  hypothetical protein  YP_001111421  normal  0.350099  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0047  CDS  NC_009253  56958  58043  1086  pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase domain-containing protein  YP_001111422  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0048  CDS  NC_009253  58074  58847  774  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  YP_001111423  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0049  CDS  NC_009253  58840  59403  564  pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase  YP_001111424  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0050  CDS  NC_009253  59415  59660  246  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_001111425  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0051  CDS  NC_009253  59762  60841  1080  spore germination protein  YP_001111426  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0052  CDS  NC_009253  60955  61200  246  hypothetical protein  YP_001111427  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0053  CDS  NC_009253  61213  62421  1209  spore germination B3 GerAC family protein  YP_001111428  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0054  CDS  NC_009253  62436  64070  1635  GerA spore germination protein  YP_001111429  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0055  CDS  NC_009253  64073  65182  1110  spore germination protein  YP_001111430  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0056  CDS  NC_009253  65437  65658  222  hypothetical protein  YP_001111431  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0057  CDS  NC_009253  65613  65882  270  hypothetical protein  YP_001111432  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0058  CDS  NC_009253  66116  67564  1449  Orn/Lys/Arg decarboxylase, major region  YP_001111433  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0059  CDS  NC_009253  67601  68224  624  dTMP kinase  YP_001111434  normal  0.804352  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0060  CDS  NC_009253  68217  69224  1008  DNA polymerase III, delta prime subunit  YP_001111435  normal  0.0492451  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0061  CDS  NC_009253  69214  70062  849  PSP1 domain-containing protein  YP_001111436  hitchhiker  0.00221406  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0062  CDS  NC_009253  70037  70351  315  hypothetical protein  YP_001111437  hitchhiker  3.1994e-05  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0063  CDS  NC_009253  70341  71201  861  uroporphyrin-III C/tetrapyrrole methyltransferase  YP_001111438  hitchhiker  6.61848e-06  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0064  CDS  NC_009253  71256  71516  261  AbrB family transcriptional regulator  YP_001111439  decreased coverage  4.48918e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0065  CDS  NC_009253  71984  73540  1557  methionyl-tRNA synthetase  YP_001111440  hitchhiker  8.85531e-06  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0066  CDS  NC_009253  73666  74439  774  TatD family hydrolase  YP_001111441  normal  0.0305827  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0067  CDS  NC_009253  74472  75002  531  cob(I)alamin adenosyltransferase  YP_001111442  normal  0.83064  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0068  CDS  NC_009253  75252  76298  1047  hypothetical protein  YP_001111443  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0069  CDS  NC_009253  76530  77357  828  3D domain-containing protein  YP_001111444  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0070  CDS  NC_009253  77541  78470  930  3D domain-containing protein  YP_001111445  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0071  CDS  NC_009253  78802  79605  804  phosphomethylpyrimidine kinase  YP_001111446  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0072  CDS  NC_009253  79629  79865  237  thiamine biosynthesis protein ThiS  YP_001111447  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0073  CDS  NC_009253  79870  80643  774  thiazole biosynthesis family protein  YP_001111448  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0074  CDS  NC_009253  80653  81759  1107  thiazole biosynthesis protein ThiH  YP_001111449  normal  0.799799  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0075  CDS  NC_009253  81767  82375  609  thiamine biosynthesis protein ThiF  YP_001111450  normal  0.173177  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0076  CDS  NC_009253  82393  83040  648  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  YP_001111451  hitchhiker  0.0077197  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0077  CDS  NC_009253  83197  84078  882  dimethyladenosine transferase  YP_001111452  decreased coverage  3.77526e-06  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0078  CDS  NC_009253  84109  84579  471  hypothetical protein  YP_001111453  hitchhiker  0.00140037  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0079  CDS  NC_009253  84823  85734  912  peptidase U57, YabG  YP_001111454  normal  0.183475  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0080  CDS  NC_009253  85802  86812  1011  hypothetical protein  YP_001111455  normal  0.723937  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0081  CDS  NC_009253  87136  88101  966  Allergen V5/Tpx-1 family protein  YP_001111456  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0082  CDS  NC_009253  88299  90002  1704  peptidoglycan-binding LysM  YP_001111457  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0083  CDS  NC_009253  90038  91162  1125  hypothetical protein  YP_001111458  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0084  CDS  NC_009253  91299  92030  732  hypothetical protein  YP_001111459  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0085  CDS  NC_009253  92046  92348  303  hypothetical protein  YP_001111460  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0086  CDS  NC_009253  92362  92661  300  hypothetical protein  YP_001111461  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0087  CDS  NC_009253  92834  94069  1236  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  YP_001111462  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0088  CDS  NC_009253  95453  95992  540  hypothetical protein  YP_001111463  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0089  CDS  NC_009253  96023  97129  1107  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  YP_001111464  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0090  CDS  NC_009253  97257  97499  243  hypothetical protein  YP_001111465  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0091  CDS  NC_009253  97675  98121  447  hypothetical protein  YP_001111466  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0092  CDS  NC_009253  98298  99665  1368  amino acid carrier protein  YP_001111467  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0093  CDS  NC_009253  99932  100510  579  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  YP_001111468  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0094  CDS  NC_009253  100737  101585  849  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase  YP_001111469  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0095  CDS  NC_009253  101669  102361  693  GntR family transcriptional regulator  YP_001111470  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0096  CDS  NC_009253  102354  103136  783  hypothetical protein  YP_001111471  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0097  CDS  NC_009253  103178  104395  1218  threonine dehydratase  YP_001111472  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0098  CDS  NC_009253  104513  104767  255  SpoVG family protein  YP_001111473  normal  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0099  CDS  NC_009253  104946  106316  1371  bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase  YP_001111474  normal  0.749054  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0100  CDS  NC_009253  106339  107289  951  ribose-phosphate pyrophosphokinase  YP_001111475  normal  0.100447  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 35    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>