1100 genes were found for organism Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 11    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
RSPH17029_0a  tRNA  NC_009050  396978  397050  73  tRNA-OTHER    normal  0.158501  normal  0.0385896  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_2993  CDS  NC_009050  444  941  498  bacterioferritin  YP_001044866  normal  normal  0.720861  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_2994  CDS  NC_009050  1624  2730  1107  glycosyl transferase, group 1  YP_001044867  normal  normal  0.767293  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_2995  CDS  NC_009050  2737  4209  1473  diguanylate cyclase  YP_001044868  normal  0.894435  normal  0.267254  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_2996  CDS  NC_009050  4526  5770  1245  hypothetical protein  YP_001044869  normal  normal  0.229433  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_2997  CDS  NC_009050  5780  8506  2727  methionine synthase  YP_001044870  normal  normal  0.199846  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_2998  CDS  NC_009050  8503  9582  1080  methionine synthase  YP_001044871  normal  0.639431  normal  0.326453  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_2999  CDS  NC_009050  9857  10735  879  hypothetical protein  YP_001044872  normal  normal  0.476211  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3000  CDS  NC_009050  10732  11775  1044  lipocalin-related protein  YP_001044873  normal  0.717794  normal  0.683161  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3001  CDS  NC_009050  12127  12360  234  hypothetical protein  YP_001044874  normal  normal  0.898986  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3002    NC_009050  12682  12753  72      normal  normal  0.88061  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3003  CDS  NC_009050  12750  13724  975  phage late control D family protein  YP_001044875  normal  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3004  CDS  NC_009050  13784  14749  966  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  YP_001044876  normal  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3005  CDS  NC_009050  15035  16090  1056  hypothetical protein  YP_001044877  normal  0.826636  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3006  CDS  NC_009050  16135  16467  333  hypothetical protein  YP_001044878  normal  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3007  CDS  NC_009050  16464  17030  567  hypothetical protein  YP_001044879  normal  0.477978  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3008  CDS  NC_009050  17433  17936  504  hypothetical protein  YP_001044880  normal  0.719619  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3009  CDS  NC_009050  17964  18785  822  pyrroline-5-carboxylate reductase  YP_001044881  normal  0.575876  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3010  CDS  NC_009050  18782  19114  333  export-related chaperone CsaA  YP_001044882  normal  0.556391  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3011  CDS  NC_009050  19111  20058  948  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  YP_001044883  normal  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3012  CDS  NC_009050  20267  20932  666  hypothetical protein  YP_001044884  normal  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3013  CDS  NC_009050  21233  22552  1320  diguanylate cyclase  YP_001044885  normal  0.655634  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3014  CDS  NC_009050  22684  22839  156  hypothetical protein  YP_001044886  normal  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3015  CDS  NC_009050  22836  24194  1359  amidase  YP_001044887  normal  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3016  CDS  NC_009050  24181  25602  1422  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  YP_001044888  normal  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3017  CDS  NC_009050  25784  26356  573  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  YP_001044889  normal  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3018  CDS  NC_009050  26408  27547  1140  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  YP_001044890  normal  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3019  CDS  NC_009050  27725  28930  1206  hypothetical protein  YP_001044891  normal  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3020  CDS  NC_009050  28932  29633  702  ABC transporter related  YP_001044892  normal  0.0897255  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3021  CDS  NC_009050  29630  30886  1257  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_001044893  normal  0.0354964  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3022  CDS  NC_009050  30974  31417  444  3-dehydroquinate dehydratase  YP_001044894  decreased coverage  0.00285164  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3023  CDS  NC_009050  31597  32481  885  glutathione S-transferase family protein  YP_001044895  normal  0.0554434  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3024  CDS  NC_009050  32545  33156  612  hypothetical protein  YP_001044896  normal  0.342595  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3025  CDS  NC_009050  33156  33806  651  hypothetical protein  YP_001044897  normal  0.484732  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3026  CDS  NC_009050  34042  34707  666  hypothetical protein  YP_001044898  normal  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3027  CDS  NC_009050  34788  35762  975  alcohol dehydrogenase  YP_001044899  normal  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3028  CDS  NC_009050  35759  36115  357  alkylhydroperoxidase  YP_001044900  normal  0.970861  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3029  CDS  NC_009050  36202  37020  819  cyclase family protein  YP_001044901  normal  0.297763  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3030  CDS  NC_009050  37191  38354  1164  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  YP_001044902  normal  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3031  CDS  NC_009050  38432  39379  948  LysR family transcriptional regulator  YP_001044903  normal  0.230321  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3032  CDS  NC_009050  39640  40596  957  hypothetical protein  YP_001044904  normal  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3033  CDS  NC_009050  40606  42582  1977  hypothetical protein  YP_001044905  normal  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3034  CDS  NC_009050  42597  43679  1083  tartrate dehydrogenase  YP_001044906  normal  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3035  CDS  NC_009050  43690  44763  1074  tartrate dehydrogenase  YP_001044907  normal  normal  0.931781  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3036  CDS  NC_009050  44936  45718  783  ABC transporter related  YP_001044908  normal  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3037  CDS  NC_009050  45715  46749  1035  transport system permease protein  YP_001044909  normal  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3038  CDS  NC_009050  46746  47750  1005  periplasmic binding protein  YP_001044910  normal  normal  0.847272  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3039  CDS  NC_009050  48221  49015  795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001044911  normal  0.645477  normal  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3040  CDS  NC_009050  49026  49898  873  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001044912  normal  0.662155  normal  0.855546  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3041  CDS  NC_009050  49895  51013  1119  ABC transporter related  YP_001044913  normal  0.383047  normal  0.901224  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3042  CDS  NC_009050  51015  52058  1044  extracellular solute-binding protein  YP_001044914  normal  0.0963971  normal  0.874753  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3043  CDS  NC_009050  52132  52785  654  dimethylmenaquinone methyltransferase  YP_001044915  normal  0.0609983  normal  0.81356  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3044  CDS  NC_009050  52795  53598  804  Nitrilase/cyanide hydratase and apolipoprotein N-acyltransferase  YP_001044916  normal  0.0781405  normal  0.583419  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3045  CDS  NC_009050  53688  54578  891  LysR family transcriptional regulator  YP_001044917  normal  0.458337  normal  0.369645  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3046  CDS  NC_009050  54802  56490  1689  diguanylate cyclase  YP_001044918  normal  0.641394  normal  0.406701  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3047  CDS  NC_009050  56506  59142  2637  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  YP_001044919  normal  0.0864607  normal  0.185142  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3048  CDS  NC_009050  59149  59991  843  hypothetical protein  YP_001044920  normal  0.09156  normal  0.289832  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3049  CDS  NC_009050  60243  61340  1098  hypothetical protein  YP_001044921  normal  normal  0.0679578  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3050  CDS  NC_009050  61373  62092  720  GntR domain-containing protein  YP_001044922  normal  normal  0.0593714  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3051  CDS  NC_009050  62137  63123  987  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  YP_001044923  normal  0.848678  normal  0.0620794  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3052  CDS  NC_009050  63149  64099  951  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  YP_001044924  normal  0.745991  normal  0.0645142  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3053  CDS  NC_009050  64096  64980  885  dihydrodipicolinate synthetase  YP_001044925  normal  0.466068  normal  0.0327331  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3054  CDS  NC_009050  64984  66480  1497  hypothetical protein  YP_001044926  normal  0.0529038  normal  0.0190341  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3055  CDS  NC_009050  66541  67494  954  hypothetical protein  YP_001044927  normal  0.150263  normal  0.0186232  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3056  CDS  NC_009050  67530  67994  465  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  YP_001044928  normal  0.416622  normal  0.0329264  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3057  CDS  NC_009050  68255  69376  1122  iron-containing alcohol dehydrogenase  YP_001044929  normal  normal  0.0713063  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3058  CDS  NC_009050  69424  70224  801  ABC transporter related  YP_001044930  normal  normal  0.0667056  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3059  CDS  NC_009050  70221  71261  1041  transport system permease protein  YP_001044931  normal  normal  0.128595  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3060  CDS  NC_009050  71258  72436  1179  transport system permease protein  YP_001044932  normal  normal  0.209365  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3061  CDS  NC_009050  72433  73410  978  periplasmic binding protein  YP_001044933  normal  0.260153  normal  0.218558  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3062  CDS  NC_009050  73737  75884  2148  TonB-dependent siderophore receptor  YP_001044934  normal  normal  0.173013  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3063  CDS  NC_009050  75998  76918  921  helix-turn-helix domain-containing protein  YP_001044935  normal  normal  0.13528  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3064  CDS  NC_009050  77717  78295  579  uncharacterized peroxidase-related enzyme  YP_001044936  normal  normal  0.319513  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3065  CDS  NC_009050  78516  80090  1575  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_001044937  normal  normal  0.60396  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3066  CDS  NC_009050  80087  80662  576  hypothetical protein  YP_001044938  normal  normal  0.499189  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3067  CDS  NC_009050  80674  81252  579  hypothetical protein  YP_001044939  normal  normal  0.506325  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3068  CDS  NC_009050  81431  82198  768  exodeoxyribonuclease III Xth  YP_001044940  normal  normal  0.504533  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3069  CDS  NC_009050  82380  83033  654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_001044941  normal  normal  0.325387  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3070  CDS  NC_009050  83146  83724  579  hypothetical protein  YP_001044942  normal  normal  0.340113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3071  CDS  NC_009050  83721  84923  1203  glutathionylspermidine synthase  YP_001044943  normal  0.742359  normal  0.268432  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3072  CDS  NC_009050  85376  87100  1725  heme peroxidase  YP_001044944  normal  0.0304079  normal  0.293212  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3073  CDS  NC_009050  87151  89109  1959  hypothetical protein  YP_001044945  normal  0.0178105  normal  0.449437  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3074  CDS  NC_009050  89081  90919  1839  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  YP_001044946  normal  0.0393435  normal  0.650719  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3075  CDS  NC_009050  91007  91669  663  two component transcriptional regulator  YP_001044947  normal  0.0867071  normal  0.535547  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3076  CDS  NC_009050  91666  93018  1353  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_001044948  normal  0.483241  normal  0.593918  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3077  CDS  NC_009050  93196  94755  1560  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_001044949  normal  0.268982  normal  0.422774  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3078  CDS  NC_009050  94820  95293  474  CopG family transcriptional regulator  YP_001044950  normal  0.274753  normal  0.368123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3079  CDS  NC_009050  95584  95952  369  hypothetical protein  YP_001044951  normal  0.0905413  normal  0.355345  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3080  CDS  NC_009050  96053  96385  333  putative DNA-binding protein  YP_001044952  normal  0.100633  normal  0.744122  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3081  CDS  NC_009050  96472  97353  882  LysR family transcriptional regulator  YP_001044953  normal  0.294093  normal  0.575157  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3082  CDS  NC_009050  97473  98693  1221  aspartate aminotransferase  YP_001044954  normal  0.180666  normal  0.410031  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3083  CDS  NC_009050  98690  99115  426  endoribonuclease L-PSP  YP_001044955  normal  0.214935  normal  0.51996  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3084  CDS  NC_009050  99164  100372  1209  aminotransferase, class I and II  YP_001044956  normal  0.373251  normal  0.60396  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3085  CDS  NC_009050  100438  101223  786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_001044957  normal  0.696622  normal  0.57076  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3086  CDS  NC_009050  101239  101961  723  hypothetical protein  YP_001044958  normal  normal  0.565993  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3087  CDS  NC_009050  102056  102997  942  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  YP_001044959  normal  0.98563  normal  0.559507  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3088  CDS  NC_009050  103225  104190  966  acetamidase/formamidase  YP_001044960  normal  0.953735  normal  0.583419  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3089  CDS  NC_009050  104202  105386  1185  creatinase  YP_001044961  normal  0.430642  normal  0.871573  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3090  CDS  NC_009050  105391  106026  636  GntR family transcriptional regulator  YP_001044962  normal  0.268358  normal  0.787214  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17029_3091  CDS  NC_009050  106023  107303  1281  allantoate amidohydrolase  YP_001044963  normal  0.60133  normal  0.601215  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 11    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>