5336 genes were found for organism Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 54    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
SbBS512_0002  CDS  NC_010657  139  726  588  hypothetical protein  YP_001878770  normal  0.0461907  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0003  CDS  NC_010657  738  2891  2154  DNA topoisomerase 3  YP_001878771  hitchhiker  9.70275e-05  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0004  CDS  NC_010657  2888  3094  207  hypothetical protein  YP_001878772  hitchhiker  6.06592e-08  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0005  CDS  NC_010657  3112  3576  465  DNA-binding protein H-NS family  YP_001878773  hitchhiker  9.22105e-08  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0006  CDS  NC_010657  3683  4336  654  putative lipoprotein  YP_001878774  hitchhiker  2.10005e-09  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0007  CDS  NC_010657  4817  5716  900  resolvase  YP_001878775  decreased coverage  4.44731e-09  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0008  CDS  NC_010657  5821  6480  660  plasmid partition protein A, putative  YP_001878776  hitchhiker  7.45248e-08  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0009  CDS  NC_010657  6574  6876  303  hypothetical protein  YP_001878777  hitchhiker  6.21611e-06  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0010  CDS  NC_010657  6912  7163  252  hypothetical protein  YP_001878778  hitchhiker  1.62106e-05  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0011  CDS  NC_010657  7225  7440  216  putative integral membrane protein  YP_001878779  hitchhiker  0.000160829  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0012  CDS  NC_010657  7747  8274  528  hypothetical protein  YP_001878780  hitchhiker  0.000463171  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0013  CDS  NC_010657  8236  8358  123  hypothetical protein  YP_001878781  hitchhiker  0.000771266  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0014  CDS  NC_010657  8409  8813  405  hypothetical protein  YP_001878782  hitchhiker  0.00120555  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0015  CDS  NC_010657  8826  9698  873  replication initation protein Pi  YP_001878783  normal  0.0264408  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0016  CDS  NC_010657  10947  11282  336  probable addiction module killer protein  YP_001878784  normal  0.299758  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0017  CDS  NC_010657  11279  11629  351  hypothetical protein  YP_001878785  normal  0.447593  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0018  CDS  NC_010657  11906  12784  879  DnaJ domain protein  YP_001878786  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0019  CDS  NC_010657  12757  12873  117  hypothetical protein  YP_001878787  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0020  CDS  NC_010657  12889  13431  543  hypothetical protein  YP_001878788  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0021  CDS  NC_010657  13428  13679  252  hypothetical protein  YP_001878789  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0022  CDS  NC_010657  13666  13893  228  YajA protein  YP_001878790  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0023  CDS  NC_010657  13986  14345  360  hypothetical protein  YP_001878791  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0024  CDS  NC_010657  14347  14646  300  hypothetical protein  YP_001878792  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0025  CDS  NC_010657  14656  15072  417  putative tail-associated lysozyme  YP_001878793  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0026  CDS  NC_010657  15069  15380  312  hypothetical protein  YP_001878794  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0027  CDS  NC_010657  15463  15600  138  hypothetical protein  YP_001878795  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0028  CDS  NC_010657  15685  15816  132  HicB family  YP_001878796  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0029  CDS  NC_010657  15829  15954  126  hypothetical protein  YP_001878797  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0030  CDS  NC_010657  16177  16680  504  hypothetical protein  YP_001878798  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0031  CDS  NC_010657  16684  17913  1230  nickase  YP_001878799  normal  0.743382  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0032  CDS  NC_010657  18097  18222  126  hypothetical protein  YP_001878800  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0033  CDS  NC_010657  18280  18495  216  Eex protein  YP_001878801  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0034  CDS  NC_010657  18673  18849  177  hypothetical protein  YP_001878802  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0035  CDS  NC_010657  18852  19472  621  pilx1 protein  YP_001878803  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0036  CDS  NC_010657  19486  19812  327  type IV secretory pathway VirB2 component  YP_001878804  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0037  CDS  NC_010657  19831  22578  2748  triC protein  YP_001878805  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0038  CDS  NC_010657  22590  23306  717  type IV secretion system VirB5 component  YP_001878806  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0039  CDS  NC_010657  23318  24412  1095  TriE protein  YP_001878807  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0040  CDS  NC_010657  24418  24588  171  hypothetical protein  YP_001878808  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0041  CDS  NC_010657  24590  24793  204  hypothetical protein  YP_001878809  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0042  CDS  NC_010657  24806  24934  129  hypothetical protein  YP_001878810  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0043  CDS  NC_010657  24927  25613  687  TriG protein  YP_001878811  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0044  CDS  NC_010657  25613  26518  906  P-type conjugative transfer protein VirB9  YP_001878812  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0045  CDS  NC_010657  26511  27620  1110  bacterial conjugation TrbI-like protein  YP_001878813  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0046  CDS  NC_010657  27622  28650  1029  P-type DNA transfer ATPase VirB11  YP_001878814  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0047  CDS  NC_010657  28637  30499  1863  TraG/TraD family protein  YP_001878815  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0048  CDS  NC_010657  30511  30930  420  putative lipoprotein  YP_001878816  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0049  CDS  NC_010657  30932  31219  288  killer protein  YP_001878817  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0050  CDS  NC_010657  31274  31513  240  hypothetical protein  YP_001878818  normal  0.657272  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0051  CDS  NC_010657  31631  31924  294  hypothetical protein  YP_001878819  normal  0.248305  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0052  CDS  NC_010657  31921  32415  495  protein ParB  YP_001878820  normal  0.0810303  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_0053  CDS  NC_010657  32431  32835  405  hypothetical protein  YP_001878821  normal  0.124559  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0002  CDS  NC_010660  191  1096  906  IS2 transposase orfB  YP_001883072  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0003    NC_010660  1054  1239  186      normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0004  CDS  NC_010660  1533  1667  135  putative resolvase  YP_001883073  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0005  CDS  NC_010660  1894  2760  867  OspB  YP_001883074  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0006  CDS  NC_010660  3089  3829  741  putative acid phosphatase  YP_001883075  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0007  CDS  NC_010660  3902  4024  123  hypothetical protein  YP_001883076  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0008    NC_010660  4189  4350  162      normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0009  CDS  NC_010660  4368  4871  504  IS1 transposase orfB  YP_001883077  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0010  CDS  NC_010660  4882  5094  213  IS1 transposase orfA  YP_001883078  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0011  CDS  NC_010660  5157  6062  906  IS2 transposase orfB  YP_001883079  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0012    NC_010660  6020  6205  186      normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0013    NC_010660  6613  6738  126      normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0014    NC_010660  6900  7277  378      normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0015  CDS  NC_010660  7379  7930  552  transposase and inactivated derivatives  YP_001883080  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0016    NC_010660  7923  8282  360      normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0017  CDS  NC_010660  8437  9975  1539  IS66 family element, transposase  YP_001883081  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0018  CDS  NC_010660  10024  10371  348  ISEc8 transposase  YP_001883082  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0019  CDS  NC_010660  10368  10769  402  hypothetical protein  YP_001883083  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0020  CDS  NC_010660  10824  11069  246  transposase family  YP_001883084  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0021  CDS  NC_010660  11360  11677  318  hypothetical protein  YP_001883085  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0022  CDS  NC_010660  11759  13468  1710  OspD2  YP_001883086  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0023  CDS  NC_010660  13657  13770  114  hypothetical protein  YP_001883087  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0024  CDS  NC_010660  13900  14619  720  mouse killing factor  YP_001883088  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0025  CDS  NC_010660  14744  15328  585  ISL3 family transposase  YP_001883089  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0026  CDS  NC_010660  15658  16236  579  hypothetical protein  YP_001883090  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0027    NC_010660  16285  16404  120      normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0028    NC_010660  16460  16579  120      normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0029  CDS  NC_010660  16999  17115  117  hypothetical protein  YP_001883091  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0030    NC_010660  17202  17603  402      normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0031  CDS  NC_010660  17558  17743  186  IS91 orf  YP_001883092  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0032  CDS  NC_010660  17906  18190  285  Aec51  YP_001883093  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0033  CDS  NC_010660  18201  19547  1347  IS4 transposase  YP_001883094  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0034  CDS  NC_010660  19656  19991  336  transposase  YP_001883095  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0035  CDS  NC_010660  19991  20338  348  IS66 family element, Orf2 protein  YP_001883096  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0036  CDS  NC_010660  20358  21590  1233  transposase family  YP_001883097  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0037    NC_010660  22359  22565  207      normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0038  CDS  NC_010660  22641  22781  141  description: insertion element; ORF5 protein  YP_001883098  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0039  CDS  NC_010660  23152  23829  678  OspD1  YP_001883099  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0040    NC_010660  24329  24535  207      normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0041  CDS  NC_010660  24937  25503  567  IpgB2  YP_001883100  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0042  CDS  NC_010660  26000  26584  585  ISEc17, transposase orfB  YP_001883101  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0043  CDS  NC_010660  26719  26832  114  hypothetical protein  YP_001883102  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0044  CDS  NC_010660  27052  27174  123  hypothetical protein  YP_001883103  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0045    NC_010660  27176  27553  378      normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0046    NC_010660  27715  27840  126      normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0047  CDS  NC_010660  27902  28090  189  hypothetical protein  YP_001883104  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0048  CDS  NC_010660  28147  29169  1023  IS100 transposase orfA  YP_001883105  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_A0049  CDS  NC_010660  29166  29948  783  transposase/IS protein  YP_001883106  normal  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 54    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>