1021 genes were found for organism Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 11    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Bamb_5574  CDS  NC_008392  82  906  -  825  IclR family transcriptional regulator  YP_777455  normal  0.154654  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5575  CDS  NC_008392  1061  1825  +  765  extracellular solute-binding protein  YP_777456  normal  0.141446  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5576  CDS  NC_008392  1855  2511  +  657  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  YP_777457  normal  0.088801  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5577  CDS  NC_008392  2508  3254  +  747  ABC transporter related  YP_777458  normal  0.101018  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5578  CDS  NC_008392  3263  4561  +  1299  FAD dependent oxidoreductase  YP_777459  normal  0.0311057  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5579  CDS  NC_008392  5095  6573  +  1479  benzaldehyde dehydrogenase (NAD(+))  YP_777460  normal  0.623419  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5580  CDS  NC_008392  6588  7715  +  1128  alcohol dehydrogenase  YP_777461  normal  0.606478  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5581  CDS  NC_008392  7884  9053  +  1170  helix-turn-helix, Fis-type  YP_777462  normal  1  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5582  CDS  NC_008392  9358  10590  -  1233  sugar efflux transporter  YP_777463  normal  1  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5583  CDS  NC_008392  10736  11410  +  675  HAD family hydrolase  YP_777464  normal  1  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5584  CDS  NC_008392  11531  11773  -  243  hypothetical protein  YP_777465  normal  1  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5585  CDS  NC_008392  11974  12669  +  696  MgtC/SapB transporter  YP_777466  normal  0.424007  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5586  CDS  NC_008392  12666  13004  +  339  hypothetical protein  YP_777467  normal  0.858973  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5587  CDS  NC_008392  13001  15220  +  2220  phospholipase D/transphosphatidylase  YP_777468  normal  0.752263  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5588  CDS  NC_008392  15211  16020  +  810  endonuclease/exonuclease/phosphatase  YP_777469  normal  0.15644  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5589  CDS  NC_008392  16033  16521  +  489  hypothetical protein  YP_777470  normal  0.304835  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5590  CDS  NC_008392  16822  20232  +  3411  alpha amylase, catalytic region  YP_777471  normal  1  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5591  CDS  NC_008392  20229  23642  +  3414  trehalose synthase  YP_777472  decreased coverage  0.00664495  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5592  CDS  NC_008392  23639  25840  +  2202  glycogen branching enzyme  YP_777473  normal  1  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5593  CDS  NC_008392  25875  27989  +  2115  glycogen debranching enzyme GlgX  YP_777474  normal  1  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5594  CDS  NC_008392  27999  29870  +  1872  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  YP_777475  normal  0.774422  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5595  CDS  NC_008392  29867  32098  +  2232  4-alpha-glucanotransferase  YP_777476  normal  0.670849  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5596  CDS  NC_008392  32095  34869  +  2775  malto-oligosyltrehalose synthase  YP_777477  normal  0.49211  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5597  CDS  NC_008392  34938  35366  -  429  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_777478  normal  0.136824  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5598  CDS  NC_008392  35405  36127  -  723  NADPH-dependent FMN reductase  YP_777479  normal  0.219969  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5599  CDS  NC_008392  36148  37254  -  1107  bile acid:sodium symporter  YP_777480  normal  0.19467  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5600  CDS  NC_008392  37285  37779  -  495  protein tyrosine phosphatase  YP_777481  normal  0.123028  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5601  CDS  NC_008392  37802  38137  -  336  ArsR family transcriptional regulator  YP_777482  normal  0.19891  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5602  CDS  NC_008392  38631  39878  +  1248  phosphatidylserine decarboxylase-related  YP_777483  normal  1  normal  0.549592  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5603  CDS  NC_008392  39940  40149  -  210  hypothetical protein  YP_777484  normal  0.887809  normal  0.69254  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5604  CDS  NC_008392  40420  40761  -  342  hypothetical protein  YP_777485  normal  1  normal  0.732434  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5605  CDS  NC_008392  40765  41313  -  549  PfpI family intracellular peptidase  YP_777486  normal  1  normal  0.77662  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5606  CDS  NC_008392  41555  41920  -  366  hypothetical protein  YP_777487  normal  1  normal  0.752943  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5607  CDS  NC_008392  42012  42551  -  540  hypothetical protein  YP_777488  normal  1  normal  0.729342  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5608  CDS  NC_008392  42576  42932  +  357  hypothetical protein  YP_777489  normal  1  normal  0.740879  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5609  CDS  NC_008392  42975  44300  +  1326  sodium/hydrogen exchanger  YP_777490  normal  1  normal  0.872686  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5610  CDS  NC_008392  44306  47104  -  2799  ATP dependent DNA ligase  YP_777491  normal  1  normal  0.706105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5611  CDS  NC_008392  47129  48136  -  1008  Ku domain-containing protein  YP_777492  normal  1  normal  0.542393  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5612  CDS  NC_008392  48194  50302  -  2109  hydroperoxidase II  YP_777493  normal  1  normal  0.249149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5613  CDS  NC_008392  50463  50849  -  387  hypothetical protein  YP_777494  normal  1  normal  0.17702  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5614  CDS  NC_008392  50846  51007  -  162  hypothetical protein  YP_777495  normal  1  normal  0.166726  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5615  CDS  NC_008392  51062  51244  -  183  hypothetical protein  YP_777496  normal  0.918305  normal  0.164206  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5616  CDS  NC_008392  51314  52753  -  1440  RNA polymerase factor sigma-54  YP_777497  normal  0.502286  normal  0.202881  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5617  CDS  NC_008392  53175  53483  -  309  hypothetical protein  YP_777498  normal  1  normal  0.286417  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5618  CDS  NC_008392  53533  53844  -  312  hypothetical protein  YP_777499  normal  1  normal  0.291541  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5619  CDS  NC_008392  54567  54872  -  306  hypothetical protein  YP_777500  normal  1  normal  0.17702  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5620  CDS  NC_008392  55018  55269  +  252  hypothetical protein  YP_777501  normal  1  normal  0.0953084  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5621  CDS  NC_008392  55364  55795  +  432  CBS domain-containing protein  YP_777502  normal  1  normal  0.0984367  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5622  CDS  NC_008392  55886  56368  +  483  PRC-barrel domain-containing protein  YP_777503  normal  1  normal  0.100635  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5623  CDS  NC_008392  56623  57918  +  1296  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  YP_777504  normal  1  normal  0.119091  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5624  CDS  NC_008392  57925  58764  +  840  extracellular solute-binding protein  YP_777505  normal  1  normal  0.0979228  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5625  CDS  NC_008392  58790  60112  -  1323  sodium:dicarboxylate symporter  YP_777506  normal  1  normal  0.0953084  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5626  CDS  NC_008392  60165  61115  -  951  LysR family transcriptional regulator  YP_777507  normal  1  normal  0.0807108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5627  CDS  NC_008392  61170  62063  -  894  LysR family transcriptional regulator  YP_777508  normal  1  normal  0.0387967  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5628  CDS  NC_008392  62286  62549  +  264  hypothetical protein  YP_777509  normal  1  normal  0.0337539  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5629  CDS  NC_008392  62597  63811  +  1215  major facilitator transporter  YP_777510  normal  0.208414  normal  0.0407096  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5630  CDS  NC_008392  63897  64373  -  477  response regulator receiver protein  YP_777511  normal  0.045392  normal  0.0327485  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5631  CDS  NC_008392  64607  65260  +  654  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  YP_777512  normal  0.0609757  normal  0.0369434  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5632  CDS  NC_008392  65668  66807  +  1140  natural resistance-associated macrophage protein  YP_777513  normal  0.0218907  normal  0.0416816  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5633  CDS  NC_008392  66958  67569  -  612  hypothetical protein  YP_777514  hitchhiker  0.00862014  normal  0.0392655  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5634  CDS  NC_008392  67629  68240  -  612  hypothetical protein  YP_777515  decreased coverage  0.00782523  normal  0.0387967  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5635  CDS  NC_008392  68269  69126  -  858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_777516  normal  0.0246755  normal  0.0427159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5636  CDS  NC_008392  69257  69829  -  573  hypothetical protein  YP_777517  normal  0.0741922  normal  0.0367271  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5637  CDS  NC_008392  69918  70217  -  300  hypothetical protein  YP_777518  normal  0.364961  normal  0.0737283  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5638  CDS  NC_008392  70257  71285  -  1029  short chain dehydrogenase  YP_777519  normal  0.731163  normal  0.168256  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5639  CDS  NC_008392  71313  71717  -  405  transport-associated  YP_777520  normal  1  normal  0.149696  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5640  CDS  NC_008392  71960  73276  +  1317  glycosyl transferase, group 1  YP_777521  normal  1  normal  0.172665  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5641  CDS  NC_008392  73273  74322  +  1050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  YP_777522  normal  1  normal  0.161777  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5642  CDS  NC_008392  74350  76656  -  2307  multi-sensor hybrid histidine kinase  YP_777523  normal  1  normal  0.203801  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5643  CDS  NC_008392  76797  77504  +  708  hypothetical protein  YP_777524  normal  0.184267  normal  0.153331  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5644  CDS  NC_008392  77483  78406  +  924  glycosyl transferase family protein  YP_777525  normal  0.223754  normal  0.273017  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5645  CDS  NC_008392  78424  79791  -  1368  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  YP_777526  normal  0.668018  normal  0.173621  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5646  CDS  NC_008392  80141  81211  +  1071  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  YP_777527  normal  0.0704244  normal  0.153331  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5647  CDS  NC_008392  81261  82211  -  951  glycosyl transferase, group 1  YP_777528  decreased coverage  0.00735071  normal  0.258712  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5648  CDS  NC_008392  82201  83277  -  1077  glycosyl transferase family protein  YP_777529  normal  0.0186064  normal  0.149696  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5649  CDS  NC_008392  83274  84275  -  1002  glycosyl transferase family protein  YP_777530  normal  0.0900976  normal  0.264223  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5650  CDS  NC_008392  84272  86017  -  1746  carbamoyltransferase  YP_777531  normal  0.278651  normal  0.277577  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5651  CDS  NC_008392  86021  87223  -  1203  glycosyl transferase family protein  YP_777532  normal  1  normal  0.252333  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5652  CDS  NC_008392  87220  87831  -  612  histidinol-phosphate phosphatase family protein  YP_777533  normal  1  normal  0.377439  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5653  CDS  NC_008392  87822  88577  -  756  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_777534  normal  1  normal  0.383425  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5654  CDS  NC_008392  88759  89172  -  414  hypothetical protein  YP_777535  normal  1  normal  0.568701  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5655  CDS  NC_008392  89228  92035  -  2808  response regulator receiver protein  YP_777536  normal  1  normal  0.552051  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5656  CDS  NC_008392  92083  92949  -  867  transport-associated  YP_777537  normal  0.22123  normal  0.630318  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5657  CDS  NC_008392  93224  93589  -  366  hypothetical protein  YP_777538  normal  0.916756  normal  0.846643  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5658  CDS  NC_008392  93883  95469  +  1587  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  YP_777539  normal  0.568926  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5659  CDS  NC_008392  95545  95877  -  333  hypothetical protein  YP_777540  normal  1  normal  0.879701  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5660  CDS  NC_008392  95906  97111  -  1206  alcohol dehydrogenase  YP_777541  normal  1  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5661  CDS  NC_008392  97297  98835  -  1539  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_777542  normal  1  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5662  CDS  NC_008392  99129  100553  -  1425  GntR family transcriptional regulator  YP_777543  normal  0.468514  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5663  CDS  NC_008392  101139  101594  -  456  membrane protein  YP_777544  normal  0.88502  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5664  CDS  NC_008392  101758  102210  -  453  phosphate-starvation-inducible E  YP_777545  normal  1  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5665  CDS  NC_008392  102731  103801  +  1071  Dyp-type peroxidase family protein  YP_777546  normal  1  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5666  CDS  NC_008392  103794  104609  +  816  Linocin_M18 bacteriocin protein  YP_777547  normal  0.448725  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5667  CDS  NC_008392  104710  104979  +  270  hypothetical protein  YP_777548  normal  0.246407  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5668  CDS  NC_008392  105470  108331  +  2862  ATPase  YP_777549  normal  0.2575  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5669  CDS  NC_008392  108429  110708  +  2280  oxidoreductase alpha (molybdopterin) subunit  YP_777550  normal  1  normal  0.97456  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5670  CDS  NC_008392  110845  112266  -  1422  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  YP_777551  normal  1  normal  0.522659  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5671  CDS  NC_008392  112614  113543  +  930  LysR family transcriptional regulator  YP_777552  normal  0.840206  normal  0.520429  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5672  CDS  NC_008392  113602  114765  -  1164  acetylornithine deacetylase  YP_777553  normal  0.16138  normal  0.344042  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5673  CDS  NC_008392  114758  115435  -  678  hypothetical protein  YP_777554  normal  0.396491  normal  0.198047  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 11    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>