3785 genes were found for organism Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 38    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Sama_0001  CDS  NC_008700  70  510  441  flavodoxin  YP_925883  normal  0.337726  hitchhiker  0.000580002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0002  CDS  NC_008700  657  1571  915  hypothetical protein  YP_925884  normal  hitchhiker  0.000632911  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0003  CDS  NC_008700  1522  2367  846  carboxylesterase  YP_925885  normal  hitchhiker  0.000616557  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0004  CDS  NC_008700  2377  3510  1134  alcohol dehydrogenase, zinc-binding  YP_925886  normal  hitchhiker  0.000696036  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0005  CDS  NC_008700  3686  4558  873  LysR, substrate-binding  YP_925887  normal  hitchhiker  0.000616557  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0006  CDS  NC_008700  4686  5186  501  hypothetical protein  YP_925888  normal  hitchhiker  0.000616557  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0007  CDS  NC_008700  5295  6401  1107  oxidoreductase, FAD/FMN-binding  YP_925889  normal  hitchhiker  0.000696036  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0008  CDS  NC_008700  6502  7863  1362  tRNA modification GTPase TrmE  YP_925890  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0009  CDS  NC_008700  7951  9576  1626  inner membrane protein, 60 kDa  YP_925891  hitchhiker  9.42032e-06  hitchhiker  0.000799802  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0010  CDS  NC_008700  9581  9835  255  hypothetical protein  YP_925892  unclonable  3.52572e-10  hitchhiker  0.000527838  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0011  CDS  NC_008700  9802  10158  357  ribonuclease P  YP_925893  unclonable  6.76804e-10  hitchhiker  0.000546181  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0012  CDS  NC_008700  10175  10312  138  50S ribosomal protein L34  YP_925894  unclonable  2.02932e-10  hitchhiker  0.000509962  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0013  CDS  NC_008700  10775  12148  1374  chromosomal replication initiation protein  YP_925895  unclonable  2.24276e-07  hitchhiker  0.000759559  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0014  CDS  NC_008700  12168  13268  1101  DNA-directed DNA polymerase  YP_925896  hitchhiker  7.33559e-07  hitchhiker  0.000643873  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0015  CDS  NC_008700  13296  14378  1083  recombination protein F  YP_925897  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0016  CDS  NC_008700  14471  16888  2418  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  YP_925898  normal  0.976365  hitchhiker  0.00112252  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0017  CDS  NC_008700  16992  17393  402  MutT/nudix family protein  YP_925899  normal  hitchhiker  0.0025421  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0018  CDS  NC_008700  17393  18046  654  pyroglutamyl-peptidase I  YP_925900  normal  hitchhiker  0.00266687  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0019  CDS  NC_008700  18058  19041  984  putative transmembrane protein  YP_925901  normal  hitchhiker  0.00317207  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0020  CDS  NC_008700  19038  19778  741  hypothetical protein  YP_925902  normal  hitchhiker  0.00300122  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0021  CDS  NC_008700  19768  20493  726  hypothetical protein  YP_925903  normal  hitchhiker  0.00312119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0022  CDS  NC_008700  20486  21418  933  Urea carboxylase  YP_925904  normal  hitchhiker  0.00319916  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0023  CDS  NC_008700  21420  22082  663  hypothetical protein  YP_925905  normal  hitchhiker  0.00309648  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0024  CDS  NC_008700  22337  23392  1056  putative signal transduction protein  YP_925906  normal  hitchhiker  0.00341076  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0025  CDS  NC_008700  23457  25526  2070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_925907  normal  normal  0.0144037  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0026  CDS  NC_008700  25552  26457  906  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_925908  normal  normal  0.0127788  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0027  CDS  NC_008700  26565  27134  570  DNA-3-methyladenine glycosylase I  YP_925909  normal  normal  0.0112451  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0028  CDS  NC_008700  27239  30427  3189  amidohydrolase  YP_925910  normal  0.847177  hitchhiker  0.00656795  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0029  CDS  NC_008700  30571  30870  300  redox protein regulator of disulfide bond formation  YP_925911  normal  0.0748983  normal  0.0110056  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0030  CDS  NC_008700  31147  33129  1983  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_925912  normal  0.136855  normal  0.0162002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0031  CDS  NC_008700  33194  34357  1164  3-ketoacyl-CoA thiolase  YP_925913  normal  0.871061  normal  0.0355813  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0032  CDS  NC_008700  34377  36527  2151  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  YP_925914  normal  0.58594  normal  0.0455208  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0033  CDS  NC_008700  36808  38127  1320  proline dipeptidase  YP_925915  normal  0.12189  normal  0.0842725  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0034  CDS  NC_008700  38130  38750  621  hypothetical protein  YP_925916  decreased coverage  0.0046667  normal  0.0751652  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0035  CDS  NC_008700  38875  40332  1458  TrkH family potassium uptake protein  YP_925917  normal  0.161257  normal  0.16596  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0036  CDS  NC_008700  40332  40865  534  protoporphyrinogen oxidase  YP_925918  normal  normal  0.144256  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0037  CDS  NC_008700  40878  41186  309  ArsR family transcriptional regulator  YP_925919  normal  normal  0.139091  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0038  CDS  NC_008700  41376  41927  552  protoporphyrinogen oxidase  YP_925920  normal  normal  0.142009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0039  CDS  NC_008700  41933  43375  1443  potassium uptake protein TrkH  YP_925921  normal  normal  0.169188  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0040  CDS  NC_008700  43378  44787  1410  potassium transporter peripheral membrane component  YP_925922  normal  normal  0.165147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0041  CDS  NC_008700  44805  46088  1284  sun protein  YP_925923  normal  normal  0.15586  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0042  CDS  NC_008700  46088  47050  963  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_925924  normal  0.601603  normal  0.144256  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0043  CDS  NC_008700  47066  47569  504  peptide deformylase  YP_925925  normal  0.598782  normal  0.134681  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0044  CDS  NC_008700  47757  48797  1041  LysM domain-containing protein  YP_925926  normal  0.764087  normal  0.149636  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0045  CDS  NC_008700  48882  49898  1017  DNA processing protein DprA, putative  YP_925927  normal  0.064372  normal  0.147365  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0046  CDS  NC_008700  49901  50380  480  hypothetical protein  YP_925928  normal  0.249681  normal  0.251569  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0047  CDS  NC_008700  50462  50728  267  hypothetical protein  YP_925929  normal  0.686583  normal  0.243767  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0048  CDS  NC_008700  51290  51853  564  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  YP_925930  normal  normal  0.256643  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0049  CDS  NC_008700  51951  52523  573  SUA5/YciO/YrdC-like protein  YP_925931  normal  normal  0.251569  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0050  CDS  NC_008700  52537  53451  915  coproporphyrinogen III oxidase  YP_925932  normal  0.646189  normal  0.257858  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0051  CDS  NC_008700  53477  53908  432  globin  YP_925933  normal  0.294967  normal  0.0701367  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0052  CDS  NC_008700  54060  54896  837  shikimate dehydrogenase  YP_925934  normal  0.0642399  normal  0.0742475  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0053  CDS  NC_008700  54899  55156  258  hypothetical protein  YP_925935  hitchhiker  0.00250701  normal  0.132523  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0054  CDS  NC_008700  55153  55701  549  carbonic anhydrase  YP_925936  decreased coverage  3.73213e-06  normal  0.14059  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0055  CDS  NC_008700  61309  61560  252  hypothetical protein  YP_925937  normal  0.0585048  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0056  CDS  NC_008700  61576  62031  456  Rrf2 family protein  YP_925938  normal  0.0941015  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0057  CDS  NC_008700  62006  62758  753  protein of unknown function DUF610, YibQ  YP_925939  normal  0.313836  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0058  CDS  NC_008700  62780  63976  1197  C-terminal processing peptidase  YP_925940  normal  0.871061  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0059  CDS  NC_008700  64007  65143  1137  M24/M37 family peptidase  YP_925941  normal  0.88686  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0060  CDS  NC_008700  65149  66690  1542  phosphoglyceromutase  YP_925942  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0061  CDS  NC_008700  66964  67356  393  rhodanese-like protein  YP_925943  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0062  CDS  NC_008700  67576  68055  480  preprotein translocase subunit SecB  YP_925944  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0063  CDS  NC_008700  68062  69081  1020  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  YP_925945  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0064  CDS  NC_008700  69152  70345  1194  hypothetical protein  YP_925946  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0065  CDS  NC_008700  70912  71829  918  response regulator receiver protein  YP_925947  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0066  CDS  NC_008700  71844  72794  951  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system protein  YP_925948  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0067  CDS  NC_008700  72794  75859  3066  signal transduction histidine kinase-like protein protein  YP_925949  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0068  CDS  NC_008700  75976  76506  531  molybdenum cofactor biosynthesis protein MogA  YP_925950  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0069  CDS  NC_008700  76553  76999  447  NLP/P60 family lipoprotein  YP_925951  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0070  CDS  NC_008700  77043  77630  588  hypothetical protein  YP_925952  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0071  CDS  NC_008700  77654  77893  240  hypothetical protein  YP_925953  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0072  CDS  NC_008700  77895  78806  912  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  YP_925954  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0073  CDS  NC_008700  78895  79329  435  4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase  YP_925955  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0074  CDS  NC_008700  79435  80115  681  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 1 family protein  YP_925956  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0075  CDS  NC_008700  80333  81535  1203  hypothetical protein  YP_925957  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0076  CDS  NC_008700  81833  82699  867  transcription activator, effector binding  YP_925958  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0077  CDS  NC_008700  82839  84014  1176  MerR family transcriptional regulator  YP_925959  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0078  CDS  NC_008700  84659  86656  1998  prolyl oligopeptidase family protein  YP_925960  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0079  CDS  NC_008700  86728  87702  975  putative esterase  YP_925961  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0080  CDS  NC_008700  87909  89147  1239  imidazolonepropionase  YP_925962  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0081  CDS  NC_008700  89362  90066  705  histidine utilization repressor  YP_925963  normal  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0082  CDS  NC_008700  90316  92769  2454  GGDEF domain-containing protein  YP_925964  normal  normal  0.586975  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0083  CDS  NC_008700  92823  93776  954  alpha/beta hydrolase fold  YP_925965  normal  0.902685  normal  0.481524  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0084  CDS  NC_008700  93820  95679  1860  hypothetical protein  YP_925966  normal  normal  0.332216  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0085  CDS  NC_008700  95910  96908  999  adenosine deaminase  YP_925967  normal  normal  0.18641  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0086  CDS  NC_008700  96995  98335  1341  coproporphyrinogen III oxidase  YP_925968  normal  0.652683  normal  0.197179  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0087  CDS  NC_008700  98474  99745  1272  amidohydrolase  YP_925969  normal  0.0161193  normal  0.19517  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0088  CDS  NC_008700  99802  100269  468  hypothetical protein  YP_925970  hitchhiker  0.000738017  normal  0.173427  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0089  CDS  NC_008700  100286  100822  537  hypothetical protein  YP_925971  hitchhiker  0.00261813  normal  0.179607  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0090  CDS  NC_008700  100859  101539  681  hypothetical protein  YP_925972  hitchhiker  8.69669e-05  normal  0.185327  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0091  CDS  NC_008700  102313  102933  621  cytochrome c, class I  YP_925973  unclonable  1.45105e-09  normal  0.1806  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0092  CDS  NC_008700  103103  103756  654  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  YP_925974  decreased coverage  6.91838e-08  normal  0.100278  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0093  CDS  NC_008700  104678  107449  2772  DNA-directed DNA polymerase  YP_925975  hitchhiker  0.00183207  normal  0.0262318  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0094  CDS  NC_008700  107836  108489  654  isoprenoid biosynthesis protein with amidotransferase-like domain  YP_925976  hitchhiker  1.08389e-06  normal  0.0160818  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0095  CDS  NC_008700  108523  109353  831  glpG protein  YP_925977  hitchhiker  0.000920194  normal  0.0164253  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0096  CDS  NC_008700  109353  109664  312  glpE protein  YP_925978  hitchhiker  0.00139877  normal  0.0140048  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0097  CDS  NC_008700  109791  110816  1026  L-threonine 3-dehydrogenase  YP_925979  normal  0.0317813  hitchhiker  0.00132916  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0098  CDS  NC_008700  110838  112031  1194  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  YP_925980  normal  0.189992  hitchhiker  0.000233483  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0099  CDS  NC_008700  112290  112925  636  TetR family transcriptional regulator  YP_925981  normal  0.0469573  hitchhiker  0.000212753  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0100  CDS  NC_008700  113051  114313  1263  3-deoxy-D-manno-octulosonic-acid (KDO) transferase  YP_925982  normal  0.014553  unclonable  2.01805e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 38    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>