2979 genes were found for organism Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 30    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Ppha_0001  CDS  NC_011060  1464  1464  chromosomal replication initiation protein  YP_002016977  hitchhiker  0.00605191  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0002  CDS  NC_011060  1746  2870  1125  DNA polymerase III, beta subunit  YP_002016978  normal  0.12879  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0003  CDS  NC_011060  2883  3992  1110  DNA replication and repair protein RecF  YP_002016979  normal  0.0749386  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0004  CDS  NC_011060  3995  4288  294  hypothetical protein  YP_002016980  normal  0.52078  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0005  CDS  NC_011060  4331  5554  1224  beta-lactamase domain protein  YP_002016981  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0006  CDS  NC_011060  5681  8116  2436  DNA polymerase B region  YP_002016982  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0007  CDS  NC_011060  8136  10001  1866  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  YP_002016983  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0008  CDS  NC_011060  10049  10165  117  hypothetical protein  YP_002016984  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0009  CDS  NC_011060  10466  10903  438  thiosulfate-binding protein SoxY  YP_002016985  normal  0.616931  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0010  CDS  NC_011060  10928  11236  309  Sulphur oxidation protein SoxZ  YP_002016986  normal  0.363799  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0011  CDS  NC_011060  11297  11671  375  cytochrome c class I  YP_002016987  normal  0.159983  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0012  CDS  NC_011060  11686  12978  1293  Flavocytochrome c sulphide dehydrogenase flavin-binding  YP_002016988  normal  0.0849269  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0013  CDS  NC_011060  13137  15011  1875  preprotein translocase subunit SecD  YP_002016989  normal  0.295061  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0014  CDS  NC_011060  15033  15968  936  preprotein translocase subunit SecF  YP_002016990  decreased coverage  0.00246116  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0015  CDS  NC_011060  16068  17384  1317  SurA domain  YP_002016991  hitchhiker  0.00201021  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0016  CDS  NC_011060  17373  19322  1950  DNA gyrase, B subunit  YP_002016992  hitchhiker  0.00028541  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0017  CDS  NC_011060  19407  19793  387  hypothetical protein  YP_002016993  hitchhiker  4.57371e-07  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0018  CDS  NC_011060  19790  20410  621  ribonuclease HII  YP_002016994  unclonable  6.92909e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0019  CDS  NC_011060  20484  21158  675  hypothetical protein  YP_002016995  hitchhiker  0.000499969  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0020  CDS  NC_011060  21238  21555  318  HicB family protein  YP_002016996  hitchhiker  0.000476189  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0021  CDS  NC_011060  21542  21808  267  HicA protein  YP_002016997  hitchhiker  0.00405452  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0022    NC_011060  22019  22111  93      hitchhiker  0.00530054  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0023    NC_011060  22096  22194  99      hitchhiker  0.005436  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0024  CDS  NC_011060  22188  22418  231  hypothetical protein  YP_002016998  hitchhiker  0.00760156  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0025  CDS  NC_011060  22598  24286  1689  ribonuclease, Rne/Rng family  YP_002016999  normal  0.0274691  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0026  CDS  NC_011060  24313  25176  864  2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-carboxylate N-succinyltransferase  YP_002017000  unclonable  2.76826e-07  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0027  CDS  NC_011060  25181  26938  1758  carboxyl-terminal protease  YP_002017001  normal  0.0975231  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0028  CDS  NC_011060  26929  27615  687  hypothetical protein  YP_002017002  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0029  CDS  NC_011060  27616  28758  1143  geranylgeranyl reductase  YP_002017003  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0030  CDS  NC_011060  28762  30237  1476  glycyl-tRNA synthetase  YP_002017004  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0031  CDS  NC_011060  30497  30862  366  DsrE family protein  YP_002017005  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0032  CDS  NC_011060  30963  31736  774  protein of unknown function UPF0153  YP_002017006  normal  0.107691  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0033  CDS  NC_011060  31720  31908  189  hypothetical protein  YP_002017007  normal  0.0132678  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0034  CDS  NC_011060  31945  32229  285  hypothetical protein  YP_002017008  normal  0.0167447  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0035  CDS  NC_011060  32299  33480  1182  heterodisulfide reductase, putative  YP_002017009  decreased coverage  0.000417872  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0036  CDS  NC_011060  33575  35827  2253  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  YP_002017010  decreased coverage  0.00274533  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0037  CDS  NC_011060  35831  37072  1242  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  YP_002017011  normal  0.0158995  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0038  CDS  NC_011060  37145  37237  93  hypothetical protein  YP_002017012  normal  0.137862  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0039  CDS  NC_011060  37237  39213  1977  adenylylsulfate reductase subunit alpha  YP_002017013  normal  0.0540157  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0040  CDS  NC_011060  39242  39664  423  adenylylsulfate reductase, beta subunit  YP_002017014  normal  0.333831  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0041  CDS  NC_011060  39791  41002  1212  sulfate adenylyltransferase  YP_002017015  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0042  CDS  NC_011060  41661  42779  1119  hypothetical protein  YP_002017016  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0043  CDS  NC_011060  42838  43029  192  hypothetical protein  YP_002017017  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0044  CDS  NC_011060  43098  43583  486  hypothetical protein  YP_002017018  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0045  CDS  NC_011060  43608  43925  318  ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS  YP_002017019  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0046  CDS  NC_011060  43991  44959  969  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  YP_002017020  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0047  CDS  NC_011060  45005  45271  267  H+transporting two-sector ATPase delta/epsilon subunit  YP_002017021  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0048  CDS  NC_011060  45287  46675  1389  F0F1 ATP synthase subunit beta  YP_002017022  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0049  CDS  NC_011060  47024  47566  543  Redoxin domain protein  YP_002017023  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0050  CDS  NC_011060  47709  49562  1854  phosphoenolpyruvate carboxykinase  YP_002017024  normal  0.465134  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0051  CDS  NC_011060  49631  49843  213  protein of unknown function DUF1458  YP_002017025  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0052  CDS  NC_011060  49930  50814  885  zinc finger SWIM domain protein  YP_002017026  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0053  CDS  NC_011060  50820  53843  3024  Non-specific serine/threonine protein kinase  YP_002017027  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0054  CDS  NC_011060  53944  54087  144  hypothetical protein  YP_002017028  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0055  CDS  NC_011060  54217  54762  546  hypothetical protein  YP_002017029  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0056  CDS  NC_011060  55025  56326  1302  major facilitator superfamily MFS_1  YP_002017030  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0057  CDS  NC_011060  56330  57310  981  transcriptional regulator, XRE family  YP_002017031  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0058  CDS  NC_011060  57264  57695  432  hypothetical protein  YP_002017032  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0059    NC_011060  58168  58326  159      normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0060  CDS  NC_011060  58431  59144  714  yecA family protein  YP_002017033  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0061  CDS  NC_011060  59264  59488  225  addiction module component, TIGR02574 family  YP_002017034  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0062  CDS  NC_011060  60144  61208  1065  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  YP_002017035  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0063  CDS  NC_011060  61859  63478  1620  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  YP_002017036  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0064  CDS  NC_011060  63500  64540  1041  secretion protein HlyD family protein  YP_002017037  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0065  CDS  NC_011060  64527  64958  432  UspA domain protein  YP_002017038  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0066  CDS  NC_011060  64960  66291  1332  outer membrane efflux protein  YP_002017039  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0067  CDS  NC_011060  66499  68598  2100  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  YP_002017040  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0068  CDS  NC_011060  68635  69828  1194  putative transcriptional regulator, GntR family  YP_002017041  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0069  CDS  NC_011060  69838  70266  429  amino acid-binding ACT domain protein  YP_002017042  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0070  CDS  NC_011060  70760  72106  1347  peptidase M12A astacin  YP_002017043  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0071  CDS  NC_011060  72179  73465  1287  Radical SAM domain protein  YP_002017044  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0072  CDS  NC_011060  73517  73879  363  hypothetical protein  YP_002017045  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0073  CDS  NC_011060  73894  75195  1302  Phenylacetate--CoA ligase  YP_002017046  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0074  CDS  NC_011060  75192  75782  591  indolepyruvate oxidoreductase subunit beta  YP_002017047  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0075  CDS  NC_011060  75790  77400  1611  Indolepyruvate ferredoxin oxidoreductase  YP_002017048  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0076  CDS  NC_011060  77748  79775  2028  multi-sensor signal transduction histidine kinase  YP_002017049  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0077  CDS  NC_011060  79809  80420  612  hypothetical protein  YP_002017050  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0078  CDS  NC_011060  80550  81623  1074  peptide chain release factor 1  YP_002017051  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0079  CDS  NC_011060  81642  83003  1362  membrane-associated zinc metalloprotease  YP_002017052  normal  0.736118  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0080  CDS  NC_011060  83094  84242  1149  1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase  YP_002017053  normal  0.389263  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0081  CDS  NC_011060  84553  86646  2094  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_002017054  normal  0.849156  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0082  CDS  NC_011060  86903  87727  825  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  YP_002017055  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0083  CDS  NC_011060  87830  89677  1848  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  YP_002017056  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0084  CDS  NC_011060  89794  90735  942  domain of unknown function DUF1731  YP_002017057  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0085  CDS  NC_011060  90771  91268  498  Ferritin Dps family protein  YP_002017058  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0086  CDS  NC_011060  91467  92801  1335  ammonium transporter  YP_002017059  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0087  CDS  NC_011060  92811  93152  342  nitrogen regulatory protein P-II  YP_002017060  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0088  CDS  NC_011060  93212  93769  558  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  YP_002017061  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0089  CDS  NC_011060  94003  95277  1275  hypothetical protein  YP_002017062  normal  0.200818  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0090  CDS  NC_011060  95287  95724  438  protein of unknown function UPF0079  YP_002017063  normal  0.184225  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0091  CDS  NC_011060  95724  96395  672  peptidase M22 glycoprotease  YP_002017064  normal  0.0427385  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0092  CDS  NC_011060  96522  97412  891  hypothetical protein  YP_002017065  hitchhiker  0.00283679  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0093  CDS  NC_011060  97887  98126  240  hypothetical protein  YP_002017066  hitchhiker  0.000313383  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0094  CDS  NC_011060  98123  98530  408  hypothetical protein  YP_002017067  hitchhiker  0.000167961  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0095  CDS  NC_011060  98858  99253  396  iojap-like protein  YP_002017068  unclonable  2.7247e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0096  CDS  NC_011060  99376  101859  2484  DNA gyrase, A subunit  YP_002017069  hitchhiker  0.00180112  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0097  CDS  NC_011060  101966  103663  1698  CTP synthetase  YP_002017070  unclonable  8.52269e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0098  CDS  NC_011060  109304  109570  267  hypothetical protein  YP_002017071  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0099  CDS  NC_011060  109679  110380  702  PHP domain protein  YP_002017072  normal  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0100  CDS  NC_011060  110428  112626  2199  catalase/peroxidase HPI  YP_002017073  normal  0.568909  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 30    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>