3993 genes were found for organism Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 40    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Shew_0001  CDS  NC_009092  111  1490  1380  chromosomal replication initiation protein  YP_001092133  decreased coverage  7.81636e-06  unclonable  3.44978e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0002  CDS  NC_009092  1511  2611  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_001092134  unclonable  1.58001e-07  unclonable  3.41195e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0003  CDS  NC_009092  2684  3766  1083  recombination protein F  YP_001092135  normal  0.0188151  hitchhiker  5.23089e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0004  CDS  NC_009092  3783  6200  2418  DNA gyrase, B subunit  YP_001092136  normal  0.279894  hitchhiker  7.31139e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0005  CDS  NC_009092  6322  7041  720  hypothetical protein  YP_001092137  normal  hitchhiker  0.000288418  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0006  CDS  NC_009092  7075  7803  729  LamB/YcsF family protein  YP_001092138  normal  hitchhiker  0.00154728  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0007  CDS  NC_009092  7793  8725  933  urea amidolyase related protein  YP_001092139  normal  hitchhiker  0.00148703  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0008  CDS  NC_009092  8722  9408  687  allophanate hydrolase subunit 1  YP_001092140  normal  hitchhiker  0.00137026  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0009  CDS  NC_009092  9507  11576  2070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_001092141  normal  hitchhiker  0.00736647  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0010  CDS  NC_009092  11589  12494  906  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_001092142  normal  hitchhiker  0.00552655  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0011  CDS  NC_009092  12604  13173  570  DNA-3-methyladenine glycosylase I  YP_001092143  normal  hitchhiker  0.00532682  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0012  CDS  NC_009092  13179  13859  681  hypothetical protein  YP_001092144  normal  normal  0.0157701  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0013  CDS  NC_009092  14072  17275  3204  amidohydrolase  YP_001092145  normal  normal  0.137513  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0014  CDS  NC_009092  17578  18018  441  hypothetical protein  YP_001092146  normal  0.0124057  normal  0.43799  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0015  CDS  NC_009092  18184  18429  246  sulfur transfer protein SirA  YP_001092147  normal  0.0331062  normal  0.432402  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0016  CDS  NC_009092  18563  19027  465  ybaK/ebsC protein  YP_001092148  normal  0.0587946  normal  0.636311  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0017  CDS  NC_009092  19011  19499  489  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_001092149  normal  0.0633142  normal  0.61095  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0018  CDS  NC_009092  19854  21017  1164  3-ketoacyl-CoA thiolase  YP_001092150  normal  0.56685  normal  0.969653  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0019  CDS  NC_009092  21039  23189  2151  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  YP_001092151  hitchhiker  0.00182619  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0020  CDS  NC_009092  23495  24817  1323  proline dipeptidase  YP_001092152  hitchhiker  0.00930691  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0021  CDS  NC_009092  24832  25446  615  hypothetical protein  YP_001092153  normal  0.0775164  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0022  CDS  NC_009092  25599  27056  1458  TrkH family potassium uptake protein  YP_001092154  hitchhiker  0.00747974  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0023  CDS  NC_009092  27056  27583  528  protoporphyrinogen oxidase  YP_001092155  decreased coverage  2.62535e-07  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0024  CDS  NC_009092  27605  27910  306  ArsR family transcriptional regulator  YP_001092156  unclonable  5.55304e-09  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0025  CDS  NC_009092  28183  28716  534  protoporphyrinogen oxidase  YP_001092157  hitchhiker  0.00109828  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0026  CDS  NC_009092  28832  29368  537  hypothetical protein  YP_001092158  hitchhiker  0.00253798  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0027  CDS  NC_009092  29381  30028  648  glutathione S-transferase domain-containing protein  YP_001092159  normal  0.0450096  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0028  CDS  NC_009092  30110  31009  900  LysR family transcriptional regulator  YP_001092160  normal  0.391462  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0029  CDS  NC_009092  31239  31928  690  3-methyladenine DNA glycosylase  YP_001092161  normal  0.176771  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0030  CDS  NC_009092  32076  32831  756  hypothetical protein  YP_001092162  hitchhiker  0.00621032  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0031  CDS  NC_009092  33256  34416  1161  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_001092163  decreased coverage  3.18769e-05  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0032  CDS  NC_009092  34426  37575  3150  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  YP_001092164  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0033  CDS  NC_009092  37798  39639  1842  peptidase M14, carboxypeptidase A  YP_001092165  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0034  CDS  NC_009092  39701  40504  804  methyltransferase type 12  YP_001092166  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0035  CDS  NC_009092  40708  41478  771  putative lipoprotein  YP_001092167  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0036  CDS  NC_009092  41568  42389  822  phosphoesterase, PA-phosphatase related  YP_001092168  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0037  CDS  NC_009092  42482  43300  819  phosphoesterase, PA-phosphatase related  YP_001092169  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0038  CDS  NC_009092  43463  43756  294  excinuclease ABC subunit C  YP_001092170  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0039  CDS  NC_009092  43758  45818  2061  oligopeptidase B  YP_001092171  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0040  CDS  NC_009092  46327  46980  654  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  YP_001092172  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0041  CDS  NC_009092  47293  50577  3285  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  YP_001092173  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0042  CDS  NC_009092  50756  51280  525  Ferritin, Dps family protein  YP_001092174  normal  0.97905  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0043  CDS  NC_009092  51408  51596  189  hypothetical protein  YP_001092175  normal  0.606143  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0044  CDS  NC_009092  51810  54920  3111  acriflavin resistance protein  YP_001092176  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0045  CDS  NC_009092  54917  55987  1071  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_001092177  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0046  CDS  NC_009092  56169  57416  1248  molybdenum cofactor synthesis domain-containing protein  YP_001092178  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0047  CDS  NC_009092  57427  58194  768  molybdopterin biosynthesis protein MoeB  YP_001092179  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0048  CDS  NC_009092  58313  59020  708  short chain dehydrogenase  YP_001092180  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0049  CDS  NC_009092  59401  60972  1572  choline/carnitine/betaine transporter  YP_001092181  normal  0.335489  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0050  CDS  NC_009092  61076  61795  720  DNA polymerase III subunit epsilon  YP_001092182  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0051  CDS  NC_009092  61803  63692  1890  cyclic nucleotide-binding protein  YP_001092183  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0052  CDS  NC_009092  63788  64693  906  DNA binding domain-containing protein  YP_001092184  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0053  CDS  NC_009092  64717  65562  846  formate dehydrogenase, subunit FdhD  YP_001092185  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0054  CDS  NC_009092  65858  66328  471  hypothetical protein  YP_001092186  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0055  CDS  NC_009092  66328  66918  591  hypothetical protein  YP_001092187  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0056  CDS  NC_009092  67100  68776  1677  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_001092188  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0057  CDS  NC_009092  68787  69452  666  cytoplasmic chaperone TorD family protein  YP_001092189  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0058  CDS  NC_009092  69620  69820  201  twin-arginine translocation pathway signal  YP_001092190  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0059  CDS  NC_009092  69872  72721  2850  molybdopterin oxidoreductase  YP_001092191  normal  0.65892  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0060  CDS  NC_009092  72749  73339  591  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_001092192  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0061  CDS  NC_009092  73390  74397  1008  formate dehydrogenase, gamma subunit  YP_001092193  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0062  CDS  NC_009092  74889  75086  198  hypothetical protein  YP_001092194  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0063  CDS  NC_009092  75104  77959  2856  molybdopterin oxidoreductase  YP_001092195  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0064  CDS  NC_009092  77980  78549  570  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_001092196  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0065  CDS  NC_009092  78618  79610  993  formate dehydrogenase, gamma subunit  YP_001092197  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0066  CDS  NC_009092  79885  80250  366  hypothetical protein  YP_001092198  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0067  CDS  NC_009092  80252  80761  510  hypothetical protein  YP_001092199  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0068  CDS  NC_009092  80976  82355  1380  fumarate lyase  YP_001092200  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0069  CDS  NC_009092  82400  83503  1104  hypothetical protein  YP_001092201  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0070  CDS  NC_009092  83682  84845  1164  iron-containing alcohol dehydrogenase  YP_001092202  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0071  CDS  NC_009092  85050  85916  867  AraC family transcriptional regulator  YP_001092203  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0072  CDS  NC_009092  85924  86445  522  hypothetical protein  YP_001092204  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0073  CDS  NC_009092  86819  88162  1344  coproporphyrinogen III oxidase  YP_001092205  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0074    NC_009092  88262  88885  624      normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0075  CDS  NC_009092  88882  89097  216  hypothetical protein  YP_001092206  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0076  CDS  NC_009092  89390  89677  288  antibiotic biosynthesis monooxygenase  YP_001092207  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0077  CDS  NC_009092  89699  90652  954  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_001092208  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0078  CDS  NC_009092  90789  91649  861  ribokinase-like domain-containing protein  YP_001092209  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0079  CDS  NC_009092  91853  93310  1458  TAP domain-containing protein  YP_001092210  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0080  CDS  NC_009092  93574  94866  1293  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_001092211  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0081  CDS  NC_009092  94873  95607  735  two component transcriptional regulator  YP_001092212  normal  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0082  CDS  NC_009092  95660  96109  450  hypothetical protein  YP_001092213  normal  0.0448556  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0083  CDS  NC_009092  96244  96936  693  MOSC domain-containing protein  YP_001092214  normal  0.0145195  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0084  CDS  NC_009092  97018  97338  321  hypothetical protein  YP_001092215  hitchhiker  0.00233464  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0085  CDS  NC_009092  97414  99330  1917  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_001092216  normal  0.0647334  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0086  CDS  NC_009092  99591  101240  1650  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  YP_001092217  normal  0.0288135  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0087  CDS  NC_009092  101556  102569  1014  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  YP_001092218  normal  0.0823878  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0088  CDS  NC_009092  102681  103211  531  molybdenum cofactor biosynthesis protein B  YP_001092219  normal  0.151206  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0089  CDS  NC_009092  103204  103680  477  molybdenum cofactor biosynthesis protein MoaC  YP_001092220  normal  0.443843  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0090  CDS  NC_009092  103730  103981  252  molybdopterin converting factor, subunit 1  YP_001092221  normal  0.320274  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0091  CDS  NC_009092  103983  104450  468  molybdopterin biosynthesis MoaE  YP_001092222  normal  0.313658  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0092  CDS  NC_009092  104484  105308  825  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  YP_001092223  normal  0.380842  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0093  CDS  NC_009092  105308  105988  681  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  YP_001092224  normal  0.30684  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0094  CDS  NC_009092  105969  107078  1110  ABC transporter-related protein  YP_001092225  normal  0.0404805  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0095  CDS  NC_009092  107182  107541  360  hypothetical protein  YP_001092226  hitchhiker  0.00107366  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0096  CDS  NC_009092  107692  108228  537  hypothetical protein  YP_001092227  decreased coverage  1.29427e-05  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0097  CDS  NC_009092  108232  108909  678  two component transcriptional regulator  YP_001092228  hitchhiker  0.00144432  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0098  CDS  NC_009092  108959  110218  1260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_001092229  decreased coverage  0.00301262  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0099  CDS  NC_009092  110231  110905  675  pseudouridine synthase Rlu family protein  YP_001092230  hitchhiker  0.000500513  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0100  CDS  NC_009092  110927  111094  168  hypothetical protein  YP_001092231  hitchhiker  0.00236491  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 40    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>