620 genes were found for organism Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 7    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Pden_4515  CDS  NC_008688  65  511  -  447  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  YP_918275  normal  0.148195  normal  0.867816  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4516  CDS  NC_008688  536  931  -  396  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  YP_918276  normal  0.128238  normal  0.845167  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4517  CDS  NC_008688  988  1506  +  519  MarR family transcriptional regulator  YP_918277  normal  0.045561  normal  0.882671  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4518  CDS  NC_008688  1528  1887  -  360  regulatory protein, ArsR  YP_918278  normal  0.0897151  normal  0.876093  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4519  CDS  NC_008688  1936  2382  +  447  activator of Hsp90 ATPase 1 family protein  YP_918279  normal  0.331212  normal  0.879524  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4520  CDS  NC_008688  2524  2937  +  414  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  YP_918280  normal  0.636133  normal  0.83803  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4521  CDS  NC_008688  3076  4578  +  1503  hypothetical protein  YP_918281  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4522  CDS  NC_008688  4693  5118  -  426  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  YP_918282  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4523  CDS  NC_008688  5412  5861  -  450  MerR family transcriptional regulator  YP_918283  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4524  CDS  NC_008688  5936  6553  +  618  hypothetical protein  YP_918284  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4525  CDS  NC_008688  6621  7568  +  948  MarR family transcriptional regulator  YP_918285  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4526  CDS  NC_008688  7718  8479  -  762  methyltransferase type 11  YP_918286  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4527  CDS  NC_008688  8469  8966  -  498  MarR family transcriptional regulator  YP_918287  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4528  CDS  NC_008688  9105  10142  -  1038  helix-turn-helix domain-containing protein  YP_918288  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4529  CDS  NC_008688  10534  12111  +  1578  Na+/solute symporter  YP_918289  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4530  CDS  NC_008688  12108  13175  +  1068  2-dehydropantoate 2-reductase  YP_918290  normal  1  normal  0.247613  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4531  CDS  NC_008688  13168  14097  +  930  hypothetical protein  YP_918291  normal  1  normal  0.244191  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4532  CDS  NC_008688  14111  14359  +  249  hypothetical protein  YP_918292  normal  1  normal  0.352416  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4533  CDS  NC_008688  14488  15000  +  513  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  YP_918293  normal  1  normal  0.36335  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4534  CDS  NC_008688  15000  15950  +  951  putative FecR  YP_918294  normal  1  normal  0.375141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4535  CDS  NC_008688  16049  18385  +  2337  TonB-dependent siderophore receptor  YP_918295  normal  1  normal  0.453333  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4536    NC_008688  18475  18714  +  240      normal  0.680897  normal  0.826897  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4537  CDS  NC_008688  18797  19075  +  279  hypothetical protein  YP_918296  normal  0.669426  normal  0.857124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4538  CDS  NC_008688  19142  19492  -  351  hypothetical protein  YP_918297  normal  1  normal  0.857124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4539  CDS  NC_008688  19602  20843  +  1242  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  YP_918298  normal  0.605782  normal  0.634482  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4540  CDS  NC_008688  20858  21871  +  1014  transposase IS66  YP_918299  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4541  CDS  NC_008688  21921  22283  -  363  hypothetical protein  YP_918300  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4542  CDS  NC_008688  22329  23213  -  885  RpiR family transcriptional regulator  YP_918301  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4543  CDS  NC_008688  23335  24075  +  741  N-formylglutamate amidohydrolase  YP_918302  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4544  CDS  NC_008688  24075  24611  +  537  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  YP_918303  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4545  CDS  NC_008688  24608  25933  +  1326  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  YP_918304  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4546  CDS  NC_008688  25957  26997  +  1041  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  YP_918305  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4547  CDS  NC_008688  27051  28412  +  1362  glutamate--ammonia ligase  YP_918306  normal  0.294027  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4548  CDS  NC_008688  28450  29838  +  1389  aldehyde dehydrogenase  YP_918307  normal  0.676442  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4549  CDS  NC_008688  29835  30980  +  1146  iron-containing alcohol dehydrogenase  YP_918308  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4550  CDS  NC_008688  31432  33387  +  1956  acetate--CoA ligase  YP_918309  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4551  CDS  NC_008688  33496  33753  +  258  hypothetical protein  YP_918310  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4552  CDS  NC_008688  33764  35575  +  1812  Na+/solute symporter  YP_918311  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4553  CDS  NC_008688  35633  37444  +  1812  cyclic nucleotide-binding protein  YP_918312  normal  0.984926  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4554  CDS  NC_008688  37452  37949  +  498  hypothetical protein  YP_918313  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4555  CDS  NC_008688  37949  38320  +  372  response regulator receiver protein  YP_918314  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4556  CDS  NC_008688  38314  40293  +  1980  DNA polymerase III, epsilon subunit  YP_918315  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4557  CDS  NC_008688  40436  41701  -  1266  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  YP_918316  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4558  CDS  NC_008688  41802  42293  +  492  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  YP_918317  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4559  CDS  NC_008688  42290  43018  +  729  hypothetical protein  YP_918318  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4560  CDS  NC_008688  43068  44735  +  1668  sodium/sulphate symporter  YP_918319  normal  0.760965  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4561  CDS  NC_008688  44868  46031  +  1164  glycerate kinase  YP_918320  normal  1  normal  0.532738  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4562  CDS  NC_008688  46125  46862  +  738  hemolysin-type calcium-binding region  YP_918321  normal  1  normal  0.478129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4563  CDS  NC_008688  47053  47964  -  912  LysR family transcriptional regulator  YP_918322  normal  1  normal  0.500086  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4564  CDS  NC_008688  48060  48686  +  627  TrpR binding protein WrbA  YP_918323  normal  1  normal  0.500086  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4565  CDS  NC_008688  48686  49864  +  1179  major facilitator transporter  YP_918324  normal  0.926259  normal  0.817996  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4566  CDS  NC_008688  49852  51039  -  1188  hypothetical protein  YP_918325  normal  0.912559  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4567  CDS  NC_008688  51125  53917  -  2793  bifunctional aconitate hydratase 2/2-methylisocitrate dehydratase  YP_918326  normal  0.232836  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4568  CDS  NC_008688  54000  54425  +  426  hypothetical protein  YP_918327  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4569  CDS  NC_008688  54428  54691  +  264  hypothetical protein  YP_918328  normal  1  normal  0.785787  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4570  CDS  NC_008688  54785  55594  -  810  hypothetical protein  YP_918329  normal  1  normal  0.844299  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4571  CDS  NC_008688  55723  56352  -  630  NAD-dependent epimerase/dehydratase  YP_918330  normal  1  normal  0.520797  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4572  CDS  NC_008688  56439  57800  -  1362  major facilitator transporter  YP_918331  normal  1  normal  0.359582  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4573  CDS  NC_008688  57816  58733  +  918  hypothetical protein  YP_918332  normal  1  normal  0.202635  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4574  CDS  NC_008688  58879  59838  +  960  aldo/keto reductase  YP_918333  normal  1  normal  0.330115  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4575  CDS  NC_008688  59908  60876  -  969  LysR family transcriptional regulator  YP_918334  normal  1  normal  0.80821  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4576  CDS  NC_008688  60909  61229  +  321  hypothetical protein  YP_918335  normal  1  normal  0.748225  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4577  CDS  NC_008688  61229  62008  +  780  short chain dehydrogenase  YP_918336  normal  1  normal  0.795837  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4578  CDS  NC_008688  62405  62806  -  402  cupin 2 domain-containing protein  YP_918337  normal  1  normal  0.753369  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4579  CDS  NC_008688  62781  63167  -  387  HxlR family transcriptional regulator  YP_918338  normal  1  normal  0.741474  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4580  CDS  NC_008688  63261  64172  +  912  NADPH-dependent FMN reductase  YP_918339  normal  1  normal  0.542139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4581  CDS  NC_008688  64195  65091  -  897  LysR family transcriptional regulator  YP_918340  normal  1  normal  0.325536  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4582  CDS  NC_008688  65190  65714  +  525  hypothetical protein  YP_918341  normal  1  normal  0.165656  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4583  CDS  NC_008688  66007  66354  +  348  hypothetical protein  YP_918342  normal  1  normal  0.165656  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4584  CDS  NC_008688  66478  67236  +  759  short chain dehydrogenase  YP_918343  normal  1  normal  0.170316  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4585  CDS  NC_008688  67559  69196  -  1638  chaperonin GroEL  YP_918344  normal  1  normal  0.3483  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4586  CDS  NC_008688  69237  69524  -  288  co-chaperonin GroES  YP_918345  normal  1  normal  0.480478  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4587  CDS  NC_008688  69832  70299  +  468  hypothetical protein  YP_918346  normal  1  normal  0.513387  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4588  CDS  NC_008688  70413  70760  +  348  Hsp20 family heat-shock protein  YP_918347  normal  1  normal  0.791882  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4589  CDS  NC_008688  70744  70947  +  204  hypothetical protein  YP_918348  normal  1  normal  0.780725  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4590  CDS  NC_008688  71280  72935  -  1656  acyl-CoA synthetase  YP_918349  normal  1  normal  0.907923  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4591  CDS  NC_008688  72975  73367  -  393  rhodanese domain-containing protein  YP_918350  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4592  CDS  NC_008688  73370  73948  -  579  uncharacterized peroxidase-related enzyme  YP_918351  normal  0.991129  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4593  CDS  NC_008688  73945  76260  -  2316  molybdopterin guanine dinucleotide-containing S/N-oxide reductases  YP_918352  normal  0.0871534  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4594  CDS  NC_008688  76273  77817  -  1545  hypothetical protein  YP_918353  normal  0.456101  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4595  CDS  NC_008688  77814  79304  -  1491  carbohydrate kinase, FGGY  YP_918354  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4596  CDS  NC_008688  79304  79981  -  678  Fis family transcriptional regulator  YP_918355  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4597  CDS  NC_008688  79990  81036  -  1047  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  YP_918356  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4598  CDS  NC_008688  81033  82232  -  1200  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  YP_918357  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4599  CDS  NC_008688  82229  82996  -  768  putative CoA transferase, subunit B  YP_918358  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4600  CDS  NC_008688  82993  83802  -  810  putative glutaconate CoA-transferase, subunit A  YP_918359  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4601  CDS  NC_008688  84009  85157  +  1149  ABC transporter related  YP_918360  normal  0.531787  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4602  CDS  NC_008688  85154  86929  +  1776  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_918361  normal  0.621124  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4603  CDS  NC_008688  86961  88037  +  1077  putative ABC transporter binding protein component  YP_918362  normal  0.0921345  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4604  CDS  NC_008688  88135  88890  +  756  regulatory proteins, IclR  YP_918363  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4605  CDS  NC_008688  89102  89422  +  321  hypothetical protein  YP_918364  normal  0.942989  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4606  CDS  NC_008688  89556  90788  +  1233  radical SAM domain-containing protein  YP_918365  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4607  CDS  NC_008688  90785  92224  +  1440  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  YP_918366  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4608  CDS  NC_008688  92297  92779  +  483  putative general stress protein 26  YP_918367  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4609  CDS  NC_008688  93059  94534  +  1476  phospholipase D/transphosphatidylase  YP_918368  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4610  CDS  NC_008688  94555  95784  -  1230  FAD dependent oxidoreductase  YP_918369  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4611  CDS  NC_008688  95816  97948  -  2133  catalase  YP_918370  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4612  CDS  NC_008688  98287  99021  +  735  peptidoglycan binding domain-containing protein  YP_918371  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4613  CDS  NC_008688  99235  99792  +  558  hypothetical protein  YP_918372  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_4614  CDS  NC_008688  99830  100234  +  405  hypothetical protein  YP_918373  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 7    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7    next >  last >>