4199 genes were found for organism Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 42    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Sfri_0001  CDS  NC_008345  23  1408  1386  chromosomal replication initiation protein  YP_748702  unclonable  2.63579e-08  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0002  CDS  NC_008345  1428  2528  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_748703  unclonable  5.44098e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0003  CDS  NC_008345  2617  3699  1083  recombination protein F  YP_748704  hitchhiker  3.66734e-05  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0004  CDS  NC_008345  3715  6132  2418  DNA gyrase, B subunit  YP_748705  normal  0.0166192  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0005  CDS  NC_008345  6233  7285  1053  metal dependent phosphohydrolase  YP_748706  normal  0.387927  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0006  CDS  NC_008345  7422  9506  2085  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_748707  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0007  CDS  NC_008345  9516  10421  906  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_748708  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0008  CDS  NC_008345  10534  11097  564  DNA-3-methyladenine glycosylase I  YP_748709  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0009  CDS  NC_008345  11162  14344  3183  amidohydrolase  YP_748710  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0010  CDS  NC_008345  14637  15080  444  hypothetical protein  YP_748711  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0011  CDS  NC_008345  15084  15329  246  sulfur transfer protein SirA  YP_748712  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0012  CDS  NC_008345  15577  16740  1164  3-ketoacyl-CoA thiolase  YP_748713  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0013  CDS  NC_008345  16763  18913  2151  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  YP_748714  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0014  CDS  NC_008345  19149  20468  1320  proline dipeptidase  YP_748715  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0015  CDS  NC_008345  20461  21075  615  hypothetical protein  YP_748716  normal  0.536697  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0016  CDS  NC_008345  21149  22606  1458  potassium uptake protein, TrkH family protein  YP_748717  normal  0.339355  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0017  CDS  NC_008345  22606  23136  531  protoporphyrinogen oxidase  YP_748718  normal  0.229911  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0018  CDS  NC_008345  23262  23567  306  transcriptional regulator, ArsR family protein  YP_748719  normal  0.591177  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0019  CDS  NC_008345  23766  24311  546  protoporphyrinogen oxidase  YP_748720  normal  0.827877  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0020  CDS  NC_008345  24403  25845  1443  potassium uptake protein, TrkH family protein  YP_748721  normal  0.76809  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0021  CDS  NC_008345  25852  27261  1410  potassium transporter peripheral membrane component  YP_748722  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0022  CDS  NC_008345  27278  28561  1284  sun protein  YP_748723  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0023  CDS  NC_008345  28563  29519  957  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_748724  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0024  CDS  NC_008345  29528  30094  567  peptide deformylase  YP_748725  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0025  CDS  NC_008345  30167  31273  1107  peptidoglycan-binding LysM  YP_748726  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0026  CDS  NC_008345  31357  32373  1017  DNA protecting protein DprA  YP_748727  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0027  CDS  NC_008345  32376  32849  474  hypothetical protein  YP_748728  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0028  CDS  NC_008345  32909  33472  564  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  YP_748729  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0029  CDS  NC_008345  33508  34074  567  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  YP_748730  normal  0.480067  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0030  CDS  NC_008345  34079  35011  933  coproporphyrinogen III oxidase  YP_748731  normal  0.210418  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0031  CDS  NC_008345  35008  35442  435  globin  YP_748732  hitchhiker  0.0030771  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0032  CDS  NC_008345  35614  36996  1383  amidohydrolase  YP_748733  unclonable  1.14541e-08  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0033  CDS  NC_008345  37008  38264  1257  amidohydrolase  YP_748734  hitchhiker  0.000676749  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0034  CDS  NC_008345  38321  39154  834  shikimate 5-dehydrogenase  YP_748735  hitchhiker  0.0039291  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0035  CDS  NC_008345  39154  39411  258  hypothetical protein  YP_748736  hitchhiker  0.000637046  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0036  CDS  NC_008345  39408  40631  1224  diguanylate cyclase  YP_748737  hitchhiker  0.000170685  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0037  CDS  NC_008345  40917  41462  546  carbonic anhydrase  YP_748738  hitchhiker  5.44891e-07  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0038  CDS  NC_008345  47851  50334  2484  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  YP_748739  normal  0.104511  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0039  CDS  NC_008345  50300  51274  975  alpha/beta hydrolase fold  YP_748740  normal  0.302219  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0040  CDS  NC_008345  51337  53145  1809  hypothetical protein  YP_748741  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0041  CDS  NC_008345  53362  54360  999  adenosine deaminase  YP_748742  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0042  CDS  NC_008345  54434  55774  1341  coproporphyrinogen III oxidase  YP_748743  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0043  CDS  NC_008345  56007  56756  750  hypothetical protein  YP_748744  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0044  CDS  NC_008345  56812  58440  1629  hypothetical protein  YP_748745  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0045  CDS  NC_008345  58656  59312  657  multiple antibiotic resistance (MarC)-related proteins  YP_748746  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0046  CDS  NC_008345  59520  59837  318  hypothetical protein  YP_748747  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0047  CDS  NC_008345  59837  62674  2838  peptidase M6, immune inhibitor A  YP_748748  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0048  CDS  NC_008345  62765  63379  615  chorismate lyase  YP_748749  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0049  CDS  NC_008345  63506  63907  402  flagellar basal body-associated protein FliL-like protein  YP_748750  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0050  CDS  NC_008345  63907  64989  1083  putative SAM-dependent methyltransferase  YP_748751  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0051  CDS  NC_008345  64986  65840  855  formate dehydrogenase, subunit FdhD  YP_748752  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0052  CDS  NC_008345  66187  66654  468  hypothetical protein  YP_748753  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0053  CDS  NC_008345  66651  67307  657  hypothetical protein  YP_748754  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0054  CDS  NC_008345  67463  69142  1680  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_748755  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0055  CDS  NC_008345  69153  69818  666  cytoplasmic chaperone TorD family protein  YP_748756  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0056  CDS  NC_008345  69869  70066  198  twin-arginine translocation pathway signal  YP_748757  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0057  CDS  NC_008345  70083  72932  2850  twin-arginine translocation pathway signal  YP_748758  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0058  CDS  NC_008345  72958  73554  597  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_748759  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0059  CDS  NC_008345  73603  74619  1017  formate dehydrogenase, gamma subunit  YP_748760  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0060  CDS  NC_008345  74879  75268  390  rare lipoprotein A  YP_748761  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0061  CDS  NC_008345  75399  76208  810  hypothetical protein  YP_748762  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0062  CDS  NC_008345  76457  77254  798  hypothetical protein  YP_748763  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0063  CDS  NC_008345  77363  78286  924  hypothetical protein  YP_748764  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0064  CDS  NC_008345  78381  79373  993  alpha/beta hydrolase fold  YP_748765  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0065  CDS  NC_008345  79500  80216  717  ZIP zinc transporter family protein  YP_748766  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0066  CDS  NC_008345  80276  80662  387  hypothetical protein  YP_748767  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0067  CDS  NC_008345  80778  81221  444  acetyltransferase, GNAT family protein  YP_748768  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0068  CDS  NC_008345  81492  82361  870  hypothetical protein  YP_748769  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0069  CDS  NC_008345  82458  83498  1041  hypothetical protein  YP_748770  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0070  CDS  NC_008345  83717  84376  660  hypothetical protein  YP_748771  normal  0.979731  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0071  CDS  NC_008345  84393  86246  1854  TPR repeat-containing protein  YP_748772  normal  0.0689126  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0072  CDS  NC_008345  86474  86806  333  small multidrug resistance protein  YP_748773  normal  0.271794  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0073  CDS  NC_008345  87004  88191  1188  iron-containing alcohol dehydrogenase  YP_748774  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0074  CDS  NC_008345  88420  89289  870  transcriptional regulator, AraC family protein  YP_748775  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0075  CDS  NC_008345  89357  89686  330  hypothetical protein  YP_748776  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0076  CDS  NC_008345  90025  91362  1338  coproporphyrinogen III oxidase  YP_748777  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0077  CDS  NC_008345  91451  92296  846  ribokinase-like domain-containing protein  YP_748778  normal  0.775198  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0078  CDS  NC_008345  92590  93282  693  MOSC domain-containing protein  YP_748779  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0079  CDS  NC_008345  93339  93698  360  hypothetical protein  YP_748780  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0080  CDS  NC_008345  93795  95705  1911  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_748781  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0081  CDS  NC_008345  95924  97573  1650  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  YP_748782  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0082  CDS  NC_008345  97897  98910  1014  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  YP_748783  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0083  CDS  NC_008345  98997  99473  477  molybdenum cofactor biosynthesis protein MoaC  YP_748784  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0084  CDS  NC_008345  99538  99786  249  molybdopterin converting factor, subunit 1  YP_748785  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0085  CDS  NC_008345  99788  100258  471  molybdopterin biosynthesis MoaE  YP_748786  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0086  CDS  NC_008345  100290  101141  852  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  YP_748787  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0087  CDS  NC_008345  101141  101821  681  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  YP_748788  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0088  CDS  NC_008345  101802  102923  1122  ABC transporter related  YP_748789  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0089  CDS  NC_008345  103294  103815  522  hypothetical protein  YP_748790  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0090  CDS  NC_008345  103823  104506  684  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  YP_748791  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0091  CDS  NC_008345  104574  105815  1242  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  YP_748792  normal  0.70693  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0092  CDS  NC_008345  105856  106533  678  pseudouridine synthase Rlu family protein  YP_748793  normal  0.752208  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0093  CDS  NC_008345  106610  107890  1281  diguanylate cyclase  YP_748794  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0094  CDS  NC_008345  107995  108162  168  hypothetical protein  YP_748795  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0095  CDS  NC_008345  108277  108483  207  hypothetical protein  YP_748796  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0096  CDS  NC_008345  108516  109286  771  molybdopterin biosynthesis protein MoeB  YP_748797  normal  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0097  CDS  NC_008345  109294  110547  1254  molybdenum cofactor synthesis domain-containing protein  YP_748798  normal  0.912543  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0098  CDS  NC_008345  110654  110977  324  excinuclease ABC subunit C  YP_748799  normal  0.807182  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0099  CDS  NC_008345  111080  111973  894  hypothetical protein  YP_748800  normal  0.238666  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0100  CDS  NC_008345  112015  113874  1860  peptidase M14, carboxypeptidase A  YP_748801  normal  0.719782  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 42    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>