3905 genes were found for organism Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 40    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Sden_0001  CDS  NC_007954  10  1398  1389  chromosomal replication initiation protein  YP_561021  unclonable  2.11976e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
 
Sden_0002  CDS  NC_007954  1418  2518  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_561022  unclonable  2.00886e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0003  CDS  NC_007954  2617  3699  1083  recombination protein F  YP_561023  normal  0.0384357  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0004  CDS  NC_007954  3715  6132  2418  DNA gyrase, B subunit  YP_561024  normal  0.236407  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0005  CDS  NC_007954  6236  7441  1206  di-haem cytochrome c peroxidase  YP_561025  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0006  CDS  NC_007954  7441  8154  714  hypothetical protein  YP_561026  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0007  CDS  NC_007954  8431  11172  2742  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  YP_561027  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0008  CDS  NC_007954  11263  13347  2085  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_561028  normal  0.829353  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0009  CDS  NC_007954  13357  14262  906  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_561029  normal  0.0111842  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0010  CDS  NC_007954  14373  14936  564  DNA-3-methyladenine glycosylase I  YP_561030  hitchhiker  0.00154604  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0011  CDS  NC_007954  15084  18281  3198  amidohydrolase  YP_561031  unclonable  1.14616e-05  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0012  CDS  NC_007954  18524  18973  450  MOSC domain-containing protein  YP_561032  hitchhiker  7.70125e-06  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0013  CDS  NC_007954  18976  19221  246  sulfur transfer protein SirA  YP_561033  hitchhiker  3.21499e-06  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0014  CDS  NC_007954  19738  20901  1164  3-ketoacyl-CoA thiolase  YP_561034  hitchhiker  0.0013127  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0015  CDS  NC_007954  20924  23074  2151  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  YP_561035  hitchhiker  0.000759827  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0016  CDS  NC_007954  23301  24623  1323  proline dipeptidase  YP_561036  normal  0.98827  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0017  CDS  NC_007954  24620  25246  627  hypothetical protein  YP_561037  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0018  CDS  NC_007954  25312  26769  1458  K+ transporter Trk  YP_561038  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0019  CDS  NC_007954  26769  27296  528  protoporphyrinogen oxidase  YP_561039  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0020  CDS  NC_007954  27301  27606  306  regulatory protein, ArsR  YP_561040  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0021  CDS  NC_007954  27622  29031  1410  potassium transporter peripheral membrane component  YP_561041  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0022  CDS  NC_007954  29050  30336  1287  sun protein  YP_561042  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0023  CDS  NC_007954  30333  31292  960  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_561043  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0024  CDS  NC_007954  31299  31811  513  peptide deformylase  YP_561044  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0025  CDS  NC_007954  31937  33046  1110  peptidoglycan-binding LysM  YP_561045  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0026  CDS  NC_007954  33058  34146  1089  DNA processing protein DprA, putative  YP_561046  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0027  CDS  NC_007954  34149  34622  474  hypothetical protein  YP_561047  normal  0.29568  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0028  CDS  NC_007954  34705  35268  564  DNA topoisomerase I  YP_561048  normal  0.0369311  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0029  CDS  NC_007954  35377  35943  567  SUA5/yciO/yrdC-like protein  YP_561049  hitchhiker  0.00284591  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0030  CDS  NC_007954  35954  36871  918  coproporphyrinogen III oxidase  YP_561050  hitchhiker  0.000103554  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0031  CDS  NC_007954  36879  37349  471  globin  YP_561051  hitchhiker  5.8274e-09  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0032  CDS  NC_007954  37525  38919  1395  amidohydrolase  YP_561052  unclonable  3.61378e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0033  CDS  NC_007954  38937  40229  1293  amidohydrolase  YP_561053  hitchhiker  2.0802e-06  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0034  CDS  NC_007954  40277  41098  822  shikimate 5-dehydrogenase  YP_561054  hitchhiker  3.84966e-09  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0035  CDS  NC_007954  41134  41400  267  hypothetical protein  YP_561055  hitchhiker  2.21106e-09  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0036  CDS  NC_007954  41465  42019  555  carbonic anhydrase  YP_561056  hitchhiker  9.06421e-09  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0037  CDS  NC_007954  48640  49581  942  integrase catalytic subunit  YP_561057  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0038  CDS  NC_007954  50191  51132  942  integrase catalytic subunit  YP_561058  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0039  CDS  NC_007954  51134  53167  2034  hypothetical protein  YP_561059  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0040  CDS  NC_007954  53406  54374  969  hypothetical protein  YP_561060  normal  0.984487  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0041  CDS  NC_007954  54704  54952  249  export protein FliQ  YP_561061  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0042  CDS  NC_007954  54915  55700  786  type III secretion system inner membrane R protein  YP_561062  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0043  CDS  NC_007954  55703  56761  1059  type III secretion exporter  YP_561063  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0044  CDS  NC_007954  56758  58800  2043  type III secretion FHIPEP  YP_561064  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0045  CDS  NC_007954  58803  59450  648  flagellar basal body rod protein-like protein  YP_561065  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0046  CDS  NC_007954  59453  60214  762  protein of unknown function DUF1078-like protein  YP_561066  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0047  CDS  NC_007954  60215  61072  858  flageller protein FlgA  YP_561067  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0048  CDS  NC_007954  61062  61625  564  flagellar L-ring protein  YP_561068  normal  0.508164  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0049  CDS  NC_007954  61625  62740  1116  flagellar basal body P-ring protein  YP_561069  normal  0.0829396  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0050  CDS  NC_007954  62751  63086  336  hypothetical protein  YP_561070  normal  0.113741  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0051  CDS  NC_007954  63086  63469  384  putative flagellar basal body rod protein FlgC  YP_561071  normal  0.172064  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0052  CDS  NC_007954  63472  63762  291  flagellar hook-basal body complex protein (FliE)  YP_561072  normal  0.280987  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0053  CDS  NC_007954  63778  65097  1320  secretory protein YscJ/FliF  YP_561073  normal  0.259806  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0054  CDS  NC_007954  65090  65404  315  hypothetical protein  YP_561074  normal  0.445685  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0055  CDS  NC_007954  65404  66117  714  hypothetical protein  YP_561075  normal  0.395459  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0056  CDS  NC_007954  66110  67420  1311  ATPase FliI/YscN  YP_561076  normal  0.1679  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0057  CDS  NC_007954  67427  67855  429  hypothetical protein  YP_561077  normal  0.648999  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0058  CDS  NC_007954  67848  68642  795  hypothetical protein  YP_561078  normal  0.786463  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0059  CDS  NC_007954  68643  69050  408  flagellar hook capping protein  YP_561079  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0060  CDS  NC_007954  69065  70243  1179  protein of unknown function DUF1078-like protein  YP_561080  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0061  CDS  NC_007954  70243  70905  663  hypothetical protein  YP_561081  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0062  CDS  NC_007954  70914  71225  312  surface presentation of antigens (SPOA) protein  YP_561082  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0063  CDS  NC_007954  71500  72189  690  flagellar biosynthesis protein FliP  YP_561083  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0064  CDS  NC_007954  72203  72757  555  hypothetical protein  YP_561084  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0065  CDS  NC_007954  72832  73098  267  hypothetical protein  YP_561085  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0066  CDS  NC_007954  73136  74272  1137  transport protein, putative  YP_561086  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0067  CDS  NC_007954  74272  75006  735  ABC transporter related  YP_561087  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0068  CDS  NC_007954  75009  76574  1566  peptidase S33, prolyl aminopeptidase  YP_561088  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0069  CDS  NC_007954  76662  77051  390  regulatory protein GntR, HTH  YP_561089  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0070  CDS  NC_007954  77058  77900  843  ABC transporter related  YP_561090  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0071  CDS  NC_007954  77897  79213  1317  hypothetical protein  YP_561091  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0072  CDS  NC_007954  79325  81118  1794  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_561092  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0073  CDS  NC_007954  81233  81640  408  thioesterase superfamily protein  YP_561093  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0074  CDS  NC_007954  81743  82168  426  thioesterase superfamily protein  YP_561094  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0075  CDS  NC_007954  82387  83451  1065  hypothetical protein  YP_561095  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0076  CDS  NC_007954  83458  86283  2826  GGDEF domain-containing protein  YP_561096  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0077  CDS  NC_007954  86552  87229  678  2,3-diketo-5-methylthio-1-phosphopentane phosphatase  YP_561097  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0078  CDS  NC_007954  87451  87894  444  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  YP_561098  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0079  CDS  NC_007954  87961  88437  477  hypothetical protein  YP_561099  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0080  CDS  NC_007954  88680  89165  486  hypothetical protein  YP_561100  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0081  CDS  NC_007954  89268  90512  1245  imidazolonepropionase  YP_561101  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0082  CDS  NC_007954  90669  91376  708  histidine utilization repressor  YP_561102  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0083  CDS  NC_007954  91505  93199  1695  urocanate hydratase  YP_561103  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0084  CDS  NC_007954  93202  94734  1533  histidine ammonia-lyase  YP_561104  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0085  CDS  NC_007954  94806  95330  525  hypothetical protein  YP_561105  normal  0.352391  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0086  CDS  NC_007954  95589  96869  1281  MscS mechanosensitive ion channel  YP_561106  normal  0.845728  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0087  CDS  NC_007954  97393  97764  372  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  YP_561107  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0088  CDS  NC_007954  99618  100172  555  phospholipid/glycerol acyltransferase  YP_561108  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0089  CDS  NC_007954  100347  100769  423  hypothetical protein  YP_561109  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0090  CDS  NC_007954  100744  101520  777  hypothetical protein  YP_561110  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0091  CDS  NC_007954  101563  103224  1662  hypothetical protein  YP_561111  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0092  CDS  NC_007954  103529  104122  594  multiple antibiotic resistance (MarC)-related proteins  YP_561112  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0093  CDS  NC_007954  104304  104666  363  hypothetical protein  YP_561113  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0094  CDS  NC_007954  104720  107317  2598  peptidase M6, immune inhibitor A  YP_561114  normal  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0095  CDS  NC_007954  107359  107928  570  chorismate lyase  YP_561115  normal  0.179441  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0096  CDS  NC_007954  108069  108470  402  flagellar basal body-associated protein FliL-like protein  YP_561116  normal  0.018352  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0097  CDS  NC_007954  108476  109558  1083  putative SAM-dependent methyltransferase  YP_561117  hitchhiker  0.00919321  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0098  CDS  NC_007954  109632  110480  849  PfkB  YP_561118  hitchhiker  0.00218841  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0099  CDS  NC_007954  110599  112518  1920  chemotaxis sensory transducer  YP_561119  unclonable  1.52719e-08  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0100  CDS  NC_007954  112745  114391  1647  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  YP_561120  hitchhiker  0.000799115  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 40    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>