4146 genes were found for organism Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 42    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
MADE_00001  CDS  NC_011138  552  689  138  hypothetical protein  YP_002124315  unclonable  2.37124e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00002  CDS  NC_011138  759  2360  1602  Chromosomal replication initiator protein dnaA  YP_002124316  unclonable  9.17685e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00003  CDS  NC_011138  2393  3493  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_002124317  unclonable  1.12219e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00004  CDS  NC_011138  3509  3622  114  hypothetical protein  YP_002124318  unclonable  1.66614e-07  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00005  CDS  NC_011138  3691  4707  1017  Recombinational DNA repair ATPase  YP_002124319  unclonable  5.71812e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00006  CDS  NC_011138  4716  7136  2421  DNA gyrase subunit B  YP_002124320  unclonable  0.00261354  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00007  CDS  NC_011138  7346  7816  471  hypothetical protein  YP_002124321  normal  0.0142933  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00008  CDS  NC_011138  7872  9950  2079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_002124322  normal  0.0555063  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00009  CDS  NC_011138  9953  10858  906  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_002124323  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00010  CDS  NC_011138  11004  11612  609  constitutive 3-methyl-adenine DNA glycosylase I  YP_002124324  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00011  CDS  NC_011138  11699  12166  468  hypothetical protein  YP_002124325  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00012  CDS  NC_011138  12185  12688  504  hypothetical protein  YP_002124326  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00013  CDS  NC_011138  12816  13517  702  methyltransferase-related protein  YP_002124327  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00014  CDS  NC_011138  13812  14435  624  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  YP_002124328  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00015  CDS  NC_011138  14610  15248  639  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  YP_002124329  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00016  CDS  NC_011138  15632  18424  2793  DNA polymerase I  YP_002124330  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00017  CDS  NC_011138  18846  19499  654  isoprenoid biosynthesis protein with amidotransferase-like domain  YP_002124331  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00018  CDS  NC_011138  19688  21139  1452  Trk system potassium uptake protein TrkH  YP_002124332  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00019  CDS  NC_011138  21285  22664  1380  potassium transporter peripheral membrane component  YP_002124333  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00020  CDS  NC_011138  22730  24049  1320  16S rRNA m(5)C 967 methyltransferase  YP_002124334  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00021  CDS  NC_011138  24052  24990  939  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_002124335  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00022  CDS  NC_011138  25011  25520  510  peptide deformylase  YP_002124336  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00023  CDS  NC_011138  25707  26810  1104  Peptidoglycan-binding LysM  YP_002124337  normal  0.574097  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00024  CDS  NC_011138  26850  27959  1110  DNA protecting protein DprA  YP_002124338  normal  0.525554  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00025  CDS  NC_011138  27961  28437  477  smg protein  YP_002124339  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00026  CDS  NC_011138  28532  29074  543  putative DNA topoisomerase; C4 zinc finger domain protein  YP_002124340  normal  0.979769  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00027  CDS  NC_011138  29097  29702  606  putative double-stranded RNA-binding protein with unique protein fold, with YrdC/RibB domain  YP_002124341  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00028  CDS  NC_011138  29699  30631  933  coproporphyrinogen III oxidase  YP_002124342  normal  0.14394  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00029  CDS  NC_011138  30867  31541  675  outer membrane protein OmpW  YP_002124343  normal  0.25785  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00030  CDS  NC_011138  31657  32088  432  putative hemoglobin-like oxygen-binding protein  YP_002124344  normal  0.0488861  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00031  CDS  NC_011138  32087  32926  840  shikimate 5-dehydrogenase  YP_002124345  normal  0.0702833  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00032  CDS  NC_011138  32923  33465  543  putative carbonic anhydrase/acetyltransferase  YP_002124346  hitchhiker  0.00477036  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00033  CDS  NC_011138  33757  34653  897  CDP-glycerol:poly(glycerophosphate) glycerophosphotransferase  YP_002124347  hitchhiker  0.00158752  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00034  CDS  NC_011138  36845  36961  117  hypothetical protein  YP_002124348  hitchhiker  0.000192225  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00035  CDS  NC_011138  40595  41125  531  hypothetical protein  YP_002124349  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00036  CDS  NC_011138  41262  42041  780  hypothetical protein  YP_002124350  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00037  CDS  NC_011138  42073  42864  792  hypothetical protein  YP_002124351  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00038  CDS  NC_011138  43004  45964  2961  putative DNA polymerase III alpha chain  YP_002124352  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00039  CDS  NC_011138  46122  47576  1455  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  YP_002124353  decreased coverage  0.000511104  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00040  CDS  NC_011138  47579  48283  705  RecA/RadA recombinase  YP_002124354  normal  0.140421  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00041  CDS  NC_011138  48282  48404  123  hypothetical protein  YP_002124355  normal  0.227891  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00042  CDS  NC_011138  48533  49045  513  hypothetical protein  YP_002124356  normal  0.679863  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00043  CDS  NC_011138  49048  50799  1752  hypothetical protein  YP_002124357  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00044  CDS  NC_011138  50839  51174  336  hypothetical protein  YP_002124358  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00045  CDS  NC_011138  51363  53000  1638  probable aminopeptidase  YP_002124359  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00046  CDS  NC_011138  53290  54057  768  putative lipopolysaccharide biosynthesis glycosyltransferase  YP_002124360  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00047  CDS  NC_011138  54169  54756  588  nucleoid occlusion protein  YP_002124361  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00048  CDS  NC_011138  54878  56101  1224  DNA/pantothenate metabolism flavoprotein  YP_002124362  normal  0.621823  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00049  CDS  NC_011138  56307  56984  678  DNA repair protein RadC  YP_002124363  hitchhiker  0.00103184  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00050  CDS  NC_011138  57077  57436  360  hypothetycal protein  YP_002124364  decreased coverage  1.29088e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00051  CDS  NC_011138  57530  58219  690  putative lipoprotein  YP_002124365  normal  0.0750623  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00052  CDS  NC_011138  58219  58764  546  hypothetical protein  YP_002124366  normal  0.0522077  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00053  CDS  NC_011138  58788  58970  183  WbfC protein Wbf genes involved in EPS (not LPS)  YP_002124367  normal  0.0203788  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00054  CDS  NC_011138  58967  61069  2103  Fusion of WbfC- and WbfB-like uncharacterized  YP_002124368  normal  0.312192  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00055  CDS  NC_011138  61397  61633  237  ribosomal protein L28  YP_002124369  hitchhiker  2.88614e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00056  CDS  NC_011138  61645  61800  156  50S ribosomal protein L33  YP_002124370  hitchhiker  0.000125174  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00057  CDS  NC_011138  62066  62530  465  hypothetical protein  YP_002124371  hitchhiker  0.00133062  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00058  CDS  NC_011138  62531  63340  810  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  YP_002124372  normal  0.170745  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00059  CDS  NC_011138  63367  63855  489  phosphopantetheine adenylyltransferase  YP_002124373  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00060  CDS  NC_011138  63961  64605  645  3-deoxy-D-manno-octulosonic-acid kinase  YP_002124374  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00061  CDS  NC_011138  64664  64780  117  hypothetical protein  YP_002124375  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00062  CDS  NC_011138  64780  65784  1005  putative ADP-heptose:LPS heptosyltransferase  YP_002124376  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00063  CDS  NC_011138  65874  66347  474  hypothetical protein  YP_002124377  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00064  CDS  NC_011138  66344  67519  1176  hypothetical protein  YP_002124378  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00065  CDS  NC_011138  67529  69973  2445  GGDEF/EAL domain protein  YP_002124379  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00066  CDS  NC_011138  70132  71328  1197  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  YP_002124380  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00067  CDS  NC_011138  71325  72350  1026  L-threonine 3-dehydrogenase  YP_002124381  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00068  CDS  NC_011138  72350  72661  312  glpE protein  YP_002124382  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00069  CDS  NC_011138  72834  73697  864  putative glpG protein  YP_002124383  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00070  CDS  NC_011138  73818  74231  414  flagellar basal body-associated protein FliL-like protein  YP_002124384  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00071  CDS  NC_011138  74380  74949  570  hypothetical chorismate pyruvate lyase  YP_002124385  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00072  CDS  NC_011138  74946  75806  861  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  YP_002124386  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00073  CDS  NC_011138  76025  76375  351  hypothetical protein  YP_002124387  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00074  CDS  NC_011138  76377  76682  306  DNA-binding protein  YP_002124388  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00075  CDS  NC_011138  76793  77044  252  hypothetical protein  YP_002124389  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00076  CDS  NC_011138  77156  79171  2016  ATP-dependent DNA helicase Rep  YP_002124390  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00077  CDS  NC_011138  79215  81815  2601  Intracellular signaling protein (GAF,GGDEF,EAL domains)  YP_002124391  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00078  CDS  NC_011138  81919  82326  408  cytochrome c5  YP_002124392  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00079  CDS  NC_011138  82701  83693  993  Amidophosphoribosyl transferase  YP_002124393  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00080  CDS  NC_011138  83884  84108  225  hypothetical protein  YP_002124394  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00081  CDS  NC_011138  84100  84213  114  hypothetical protein  YP_002124395  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00082  CDS  NC_011138  84477  85874  1398  Na+/H+ antiporter NhaC  YP_002124396  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00083  CDS  NC_011138  85980  86399  420  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  YP_002124397  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00084  CDS  NC_011138  86420  86848  429  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  YP_002124398  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00085  CDS  NC_011138  86938  87390  453  YhdE (NsrR)  YP_002124399  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00086  CDS  NC_011138  87520  88320  801  hypothetical protein  YP_002124400  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00087  CDS  NC_011138  88331  89185  855  metallo-beta-lactamase family protein  YP_002124401  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00088  CDS  NC_011138  89197  90870  1674  uncharacterized NAD(FAD)-dependent dehydrogenase  YP_002124402  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00089  CDS  NC_011138  91240  91503  264  putative outer membrane receptor protein  YP_002124403  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00090  CDS  NC_011138  91567  92046  480  predicted membrane protein  YP_002124404  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00091  CDS  NC_011138  92123  92608  486  hypothetical protein  YP_002124405  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00092  CDS  NC_011138  92705  94369  1665  cysteine transport (export) protein  YP_002124406  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00093  CDS  NC_011138  94377  96068  1692  MdlB protein  YP_002124407  normal  0.302399  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00094  CDS  NC_011138  96071  97072  1002  ubiquinol oxidase subunit II, cyanide insensitive  YP_002124408  normal  0.582622  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00095  CDS  NC_011138  97075  98400  1326  putative transmembrane cytochrome bd-ii oxidase (subunit i) oxidoreductase protein  YP_002124409  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00096  CDS  NC_011138  98714  99112  399  Rhodanese-related sulfurtransferase  YP_002124410  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00097  CDS  NC_011138  99118  99981  864  Zn-dependent hydrolase, glyoxylase family protein  YP_002124411  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00098  CDS  NC_011138  100044  100694  651  alkyl hydroperoxide reductase  YP_002124412  normal  0.35496  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00099  CDS  NC_011138  100829  101275  447  hypothetical protein  YP_002124413  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00100  CDS  NC_011138  101320  102153  834  putative thiol:disulfide interchange protein  YP_002124414  normal  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 42    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>