3956 genes were found for organism Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 40    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
TM1040_0001  CDS  NC_008044  45  1457  1413  chromosomal replication initiation protein  YP_611996  normal  0.0703594  normal  0.628106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0002  CDS  NC_008044  1739  2860  1122  DNA polymerase III subunit beta  YP_611997  normal  0.0966551  normal  0.572668  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0003  CDS  NC_008044  2950  4023  1074  recombination protein F  YP_611998  normal  0.0791811  normal  0.40226  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0004  CDS  NC_008044  4020  4640  621  lysine exporter protein LysE/YggA  YP_611999  normal  0.309415  normal  0.377015  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0005  CDS  NC_008044  4633  5220  588  TetR family transcriptional regulator  YP_612000  normal  0.0931339  normal  0.381518  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0006  CDS  NC_008044  5336  5929  594  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  YP_612001  normal  0.0938548  normal  0.382985  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0007  CDS  NC_008044  6015  8432  2418  DNA gyrase subunit B  YP_612002  normal  0.197226  normal  0.376081  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0008  CDS  NC_008044  8429  9205  777  DNA repair protein RadC  YP_612003  normal  0.0728991  normal  0.408285  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0009  CDS  NC_008044  9343  10500  1158  chaperone protein DnaJ  YP_612004  normal  0.111301  normal  0.420698  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0010  CDS  NC_008044  10577  12505  1929  molecular chaperone DnaK  YP_612005  normal  0.0949466  normal  0.47597  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0011  CDS  NC_008044  12713  13315  603  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  YP_612006  normal  0.0179424  normal  0.392162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0012  CDS  NC_008044  13332  14210  879  ABC transporter, permease protein  YP_612007  normal  0.0966551  normal  0.591575  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0013  CDS  NC_008044  14274  15071  798  3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase  YP_612008  normal  0.0129118  normal  0.641907  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0014  CDS  NC_008044  15072  15872  801  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  YP_612009  hitchhiker  0.0032513  normal  0.963586  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0015  CDS  NC_008044  16023  16916  894  UDP-glucose pyrophosphorylase  YP_612010  decreased coverage  6.37346e-05  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0016  CDS  NC_008044  17017  18000  984  UDP-galactose 4-epimerase  YP_612011  hitchhiker  0.00490558  normal  0.701092  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0017  CDS  NC_008044  18017  19078  1062  hypothetical protein  YP_612012  normal  0.129406  normal  0.670386  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0018  CDS  NC_008044  19217  20203  987  hypothetical protein  YP_612013  normal  0.0178486  normal  0.948027  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0019  CDS  NC_008044  20200  21900  1701  glycosyl transferase family protein  YP_612014  hitchhiker  0.00457408  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0020  CDS  NC_008044  21907  23346  1440  hypothetical protein  YP_612015  normal  0.0116808  normal  0.937022  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0021  CDS  NC_008044  23420  23884  465  PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  YP_612016  decreased coverage  0.00251551  normal  0.584916  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0022  CDS  NC_008044  23940  24503  564  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  YP_612017  decreased coverage  0.00266512  normal  0.613644  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0023  CDS  NC_008044  24596  24820  225  hypothetical protein  YP_612018  hitchhiker  0.004666  normal  0.394771  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0024  CDS  NC_008044  24823  25581  759  ABC transporter related  YP_612019  hitchhiker  0.00950535  normal  0.420698  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0025  CDS  NC_008044  25581  26015  435  OstA-like protein  YP_612020  hitchhiker  0.00942039  normal  0.387287  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0026  CDS  NC_008044  26085  26684  600  hypothetical protein  YP_612021  normal  0.0468682  normal  0.252109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0027  CDS  NC_008044  26757  27371  615  3'-5' exonuclease  YP_612022  normal  0.189554  normal  0.37885  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0028  CDS  NC_008044  27635  29086  1452  xylulokinase  YP_612023  normal  0.237536  normal  0.287388  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0029  CDS  NC_008044  29083  30393  1311  xylose isomerase  YP_612024  normal  0.280107  normal  0.273997  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0030  CDS  NC_008044  30394  31401  1008  aldose 1-epimerase  YP_612025  normal  0.413428  normal  0.24254  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0031  CDS  NC_008044  31401  32708  1308  methylamine utilization protein MauG, putative  YP_612026  normal  0.0868971  normal  0.24254  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0032  CDS  NC_008044  32737  34287  1551  phospholipase D/transphosphatidylase  YP_612027  hitchhiker  0.00522964  normal  0.253327  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0033  CDS  NC_008044  34629  35831  1203  sodium/hydrogen exchanger  YP_612028  normal  0.0463776  normal  0.0829508  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0034  CDS  NC_008044  35895  36665  771  ABC transporter related  YP_612029  normal  0.0458238  normal  0.202897  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0035  CDS  NC_008044  36662  37519  858  ABC transporter related  YP_612030  hitchhiker  0.00363386  normal  0.320006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0036  CDS  NC_008044  37516  38433  918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_612031  normal  0.0186771  normal  0.317689  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0037  CDS  NC_008044  38430  39488  1059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_612032  normal  0.0522734  normal  0.204601  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0038  CDS  NC_008044  39490  41088  1599  extracellular solute-binding protein  YP_612033  normal  0.216937  normal  0.341252  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0039  CDS  NC_008044  41146  42195  1050  dipeptidase AC  YP_612034  normal  0.508075  normal  0.304593  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0040  CDS  NC_008044  42535  43575  1041  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  YP_612035  normal  0.992723  normal  0.309585  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0041  CDS  NC_008044  43680  44879  1200  HI0933-like protein  YP_612036  normal  normal  0.32138  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0042  CDS  NC_008044  44852  45442  591  glutathione S-transferase-like  YP_612037  normal  normal  0.422861  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0043  CDS  NC_008044  45518  46546  1029  DNA polymerase III, delta subunit  YP_612038  normal  normal  0.302173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0044  CDS  NC_008044  46543  47076  534  putative lipoprotein  YP_612039  normal  normal  0.288317  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0045  CDS  NC_008044  47063  49636  2574  leucyl-tRNA synthetase  YP_612040  normal  normal  0.269909  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0046  CDS  NC_008044  49724  50212  489  hypothetical protein  YP_612041  normal  normal  0.185618  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0047  CDS  NC_008044  50494  51438  945  outer membrane porin  YP_612042  normal  normal  0.310717  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0048  CDS  NC_008044  51557  52213  657  hypothetical protein  YP_612043  normal  normal  0.434055  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0049  CDS  NC_008044  52205  52660  456  hypothetical protein  YP_612044  normal  normal  0.286188  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0050  CDS  NC_008044  52702  53790  1089  GTP cyclohydrolase II  YP_612045  normal  normal  0.331797  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0051  CDS  NC_008044  53960  54646  687  two component transcriptional regulator  YP_612046  normal  normal  0.480932  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0052  CDS  NC_008044  54785  55993  1209  gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase  YP_612047  normal  normal  0.543407  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0053  CDS  NC_008044  56222  57010  789  exodeoxyribonuclease III  YP_612048  normal  normal  0.809091  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0054  CDS  NC_008044  57235  58170  936  thioredoxin domain-containing protein  YP_612049  normal  normal  0.621806  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0055  CDS  NC_008044  58198  58842  645  peptidase S16, lon-like  YP_612050  normal  normal  0.86306  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0056  CDS  NC_008044  58839  59024  186  hypothetical protein  YP_612051  normal  normal  0.825759  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0057  CDS  NC_008044  59044  60270  1227  2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase / 2-octaprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase  YP_612052  normal  0.680846  normal  0.68112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0058  CDS  NC_008044  60494  61825  1332  amidase  YP_612053  normal  0.633251  normal  0.72229  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0059  CDS  NC_008044  61934  63112  1179  aminotransferase  YP_612054  normal  0.419945  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0060  CDS  NC_008044  63232  66279  3048  DNA translocase FtsK  YP_612055  normal  0.513164  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0061  CDS  NC_008044  66347  66943  597  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  YP_612056  normal  0.0207527  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0062  CDS  NC_008044  67002  67589  588  hypothetical protein  YP_612057  normal  0.0191236  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0063  CDS  NC_008044  67820  68146  327  hemimethylated DNA-binding region  YP_612058  normal  0.0304812  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0064  CDS  NC_008044  68184  69761  1578  gamma-glutamyltransferase 2  YP_612059  normal  0.0211818  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0065  CDS  NC_008044  70069  70509  441  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  YP_612060  normal  0.459983  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0066  CDS  NC_008044  70543  70887  345  anti-sigma-factor antagonist  YP_612061  normal  0.517234  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0067  CDS  NC_008044  70985  72157  1173  Acetyl-CoA C-acetyltransferase  YP_612062  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0068  CDS  NC_008044  72257  72724  468  putative GAF sensor protein  YP_612063  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0069  CDS  NC_008044  72740  73369  630  lysine exporter protein LysE/YggA  YP_612064  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0070  CDS  NC_008044  73397  73768  372  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  YP_612065  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0071  CDS  NC_008044  73920  74855  936  rarD protein  YP_612066  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0072  CDS  NC_008044  74929  75582  654  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  YP_612067  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0073  CDS  NC_008044  75566  76279  714  AraC family transcriptional regulator  YP_612068  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0074  CDS  NC_008044  76421  77863  1443  aldehyde dehydrogenase  YP_612069  normal  0.68258  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0075  CDS  NC_008044  78109  78759  651  1-Cys peroxiredoxin  YP_612070  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0076  CDS  NC_008044  78842  79999  1158  lipopolysaccharide biosynthesis protein-like  YP_612071  normal  0.39731  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0077  CDS  NC_008044  80070  80933  864  glycosyl transferase family protein  YP_612072  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0078  CDS  NC_008044  81035  83170  2136  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  YP_612073  normal  0.901584  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0079  CDS  NC_008044  83364  83552  189  hypothetical protein  YP_612074  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0080  CDS  NC_008044  83627  84841  1215  cobalamin synthesis protein, P47K  YP_612075  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0081  CDS  NC_008044  85005  85274  270  30S ribosomal protein S15  YP_612076  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0082  CDS  NC_008044  85539  86606  1068  type I secretion target repeat-containing protein  YP_612077  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0083  CDS  NC_008044  86710  87231  522  hypothetical protein  YP_612078  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0084  CDS  NC_008044  87460  88368  909  tRNA pseudouridine synthase B  YP_612079  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0085  CDS  NC_008044  88426  89199  774  hypothetical protein  YP_612080  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0086  CDS  NC_008044  89204  89599  396  ribosome-binding factor A  YP_612081  normal  0.744834  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0087  CDS  NC_008044  89693  90502  810  dihydrodipicolinate reductase  YP_612082  normal  0.549  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0088  CDS  NC_008044  90697  90891  195  hypothetical protein  YP_612083  normal  0.618149  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0089  CDS  NC_008044  90990  92264  1275  Fmu (Sun)  YP_612084  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0090  CDS  NC_008044  92456  94201  1746  heparinase II/III-like  YP_612085  normal  0.379483  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0091  CDS  NC_008044  94226  95815  1590  bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase  YP_612086  normal  0.587177  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0092  CDS  NC_008044  95835  96317  483  lipoprotein signal peptidase  YP_612087  normal  0.142417  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0093  CDS  NC_008044  96470  96976  507  hypothetical protein  YP_612088  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0094  CDS  NC_008044  97110  98543  1434  peptidase M16-like  YP_612089  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0095  CDS  NC_008044  98540  99913  1374  peptidase M16-like  YP_612090  normal  0.212806  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0096  CDS  NC_008044  100018  102360  2343  aldehyde dehydrogenase  YP_612091  normal  0.493554  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0097  CDS  NC_008044  102371  103426  1056  deoxyribose-phosphate aldolase  YP_612092  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0098  CDS  NC_008044  103637  104599  963  twin-arginine translocation pathway signal  YP_612093  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0099  CDS  NC_008044  104599  105405  807  ABC transporter related  YP_612094  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_0100  CDS  NC_008044  105437  106639  1203  hypothetical protein  YP_612095  normal  normal  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 40    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>