2578 genes were found for organism Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 26    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Clim_0001  CDS  NC_010803  162  1637  1476  chromosomal replication initiation protein  YP_001942088  normal  0.96301  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0002  CDS  NC_010803  1930  3054  1125  DNA polymerase III, beta subunit  YP_001942089  normal  0.22496  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0003  CDS  NC_010803  3071  4162  1092  DNA replication and repair protein RecF  YP_001942090  normal  0.222725  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0004  CDS  NC_010803  4159  4467  309  hypothetical protein  YP_001942091  normal  0.301106  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0005  CDS  NC_010803  4546  5769  1224  beta-lactamase domain protein  YP_001942092  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0006  CDS  NC_010803  6005  8386  2382  cyclic nucleotide-binding protein  YP_001942093  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0007  CDS  NC_010803  8448  10313  1866  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  YP_001942094  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0008  CDS  NC_010803  10832  11302  471  thiosulfate-binding protein SoxY  YP_001942095  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0009  CDS  NC_010803  11339  11635  297  Sulphur oxidation protein SoxZ  YP_001942096  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0010  CDS  NC_010803  11700  12071  372  cytochrome c class I  YP_001942097  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0011  CDS  NC_010803  12087  13379  1293  Flavocytochrome c sulphide dehydrogenase flavin-binding  YP_001942098  normal  0.683974  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0012  CDS  NC_010803  13548  15371  1824  preprotein translocase subunit SecD  YP_001942099  hitchhiker  0.000769208  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0013  CDS  NC_010803  15393  16328  936  preprotein translocase subunit SecF  YP_001942100  decreased coverage  1.158e-08  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0014  CDS  NC_010803  16388  17701  1314  SurA domain  YP_001942101  hitchhiker  1.48066e-06  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0015  CDS  NC_010803  17690  19621  1932  DNA gyrase, B subunit  YP_001942102  hitchhiker  0.00473367  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0016  CDS  NC_010803  19711  20100  390  hypothetical protein  YP_001942103  normal  0.197298  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0017  CDS  NC_010803  20113  21012  900  ribonuclease HII  YP_001942104  normal  0.851734  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0018  CDS  NC_010803  21239  22939  1701  ribonuclease, Rne/Rng family  YP_001942105  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0019  CDS  NC_010803  22958  23821  864  2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-carboxylate N-succinyltransferase  YP_001942106  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0020  CDS  NC_010803  23941  25638  1698  carboxyl-terminal protease  YP_001942107  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0021  CDS  NC_010803  25618  26331  714  hypothetical protein  YP_001942108  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0022  CDS  NC_010803  26395  27537  1143  geranylgeranyl reductase  YP_001942109  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0023  CDS  NC_010803  27581  29050  1470  glycyl-tRNA synthetase  YP_001942110  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0024  CDS  NC_010803  29193  29717  525  hypothetical protein  YP_001942111  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0025  CDS  NC_010803  29775  30212  438  hypothetical protein  YP_001942112  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0026  CDS  NC_010803  30422  30730  309  ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS  YP_001942113  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0027  CDS  NC_010803  30825  31787  963  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  YP_001942114  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0028  CDS  NC_010803  31832  32098  267  H+transporting two-sector ATPase delta/epsilon subunit  YP_001942115  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0029  CDS  NC_010803  32115  33503  1389  F0F1 ATP synthase subunit beta  YP_001942116  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0030  CDS  NC_010803  33880  34419  540  Redoxin domain protein  YP_001942117  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0031  CDS  NC_010803  34568  36433  1866  phosphoenolpyruvate carboxykinase  YP_001942118  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0032  CDS  NC_010803  36820  38220  1401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  YP_001942119  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0033  CDS  NC_010803  38307  38537  231  protein of unknown function DUF1458  YP_001942120  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0034  CDS  NC_010803  39191  40744  1554  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  YP_001942121  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0035  CDS  NC_010803  40764  43625  2862  molydopterin dinucleotide-binding region  YP_001942122  normal  0.813982  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0036  CDS  NC_010803  43734  44690  957  protein of unknown function DUF81  YP_001942123  hitchhiker  1.68122e-06  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0037  CDS  NC_010803  44687  45103  417  hypothetical protein  YP_001942124  hitchhiker  1.27465e-11  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0038  CDS  NC_010803  45263  45499  237  SirA family protein  YP_001942125  unclonable  6.89982e-15  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0039  CDS  NC_010803  45514  46023  510  hypothetical protein  YP_001942126  hitchhiker  9.44942e-13  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0040  CDS  NC_010803  46395  46637  243  hypothetical protein  YP_001942127  hitchhiker  8.85882e-07  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0041  CDS  NC_010803  46674  48521  1848  ATP-dependent DNA helicase RecQ  YP_001942128  hitchhiker  0.00446699  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0042  CDS  NC_010803  48872  49387  516  hypothetical protein  YP_001942129  normal  0.180953  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0043  CDS  NC_010803  49524  50258  735  transcriptional regulator, TetR family  YP_001942130  normal  0.343495  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0044  CDS  NC_010803  50271  50735  465  putative transmembrane protein  YP_001942131  normal  0.340502  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0045  CDS  NC_010803  50732  52027  1296  NADPH-dependent FMN reductase  YP_001942132  normal  0.299294  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0046  CDS  NC_010803  52218  52694  477  hypothetical protein  YP_001942133  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0047  CDS  NC_010803  52813  53358  546  hypothetical protein  YP_001942134  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0048  CDS  NC_010803  53452  54261  810  Methyltransferase type 11  YP_001942135  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0049  CDS  NC_010803  54740  55054  315  hypothetical protein  YP_001942136  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0050  CDS  NC_010803  55088  55687  600  hypothetical protein  YP_001942137  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0051  CDS  NC_010803  55694  56599  906  PASTA domain containing protein  YP_001942138  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0052  CDS  NC_010803  56965  59643  2679  hypothetical protein  YP_001942139  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0053    NC_010803  59795  60105  311      normal  0.255909  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0054  CDS  NC_010803  60329  61579  1251  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  YP_001942140  normal  0.549481  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0055  CDS  NC_010803  61572  62210  639  conserved hypothetical cytosolic protein  YP_001942141  normal  0.153266  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0056  CDS  NC_010803  62224  64206  1983  hypothetical protein  YP_001942142  hitchhiker  0.00640513  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0057  CDS  NC_010803  64216  64596  381  hypothetical protein  YP_001942143  hitchhiker  0.00267246  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0058  CDS  NC_010803  64725  64904  180  hypothetical protein  YP_001942144  hitchhiker  0.00607062  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0059  CDS  NC_010803  64972  65916  945  4'-phosphopantetheinyl transferase  YP_001942145  normal  0.0159865  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0060    NC_010803  66149  66349  201      hitchhiker  0.00367907  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0061  CDS  NC_010803  66458  67396  939  hypothetical protein  YP_001942146  normal  0.0122581  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0062  CDS  NC_010803  67692  69014  1323  major facilitator superfamily MFS_1  YP_001942147  normal  0.175422  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0063  CDS  NC_010803  69168  69746  579  hypothetical protein  YP_001942148  normal  0.190762  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0064  CDS  NC_010803  69809  70216  408  putative hypothetical Gifsy-1 prophage protein  YP_001942149  normal  0.358866  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0065  CDS  NC_010803  70582  71115  534  methionine-R-sulfoxide reductase  YP_001942150  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0066  CDS  NC_010803  71112  71240  129  PilT protein domain protein  YP_001942151  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0067  CDS  NC_010803  71237  71515  279  SpoVT/AbrB domain protein  YP_001942152  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0068  CDS  NC_010803  71573  73159  1587  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  YP_001942153  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0069  CDS  NC_010803  73156  74151  996  secretion protein HlyD family protein  YP_001942154  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0070  CDS  NC_010803  74151  74624  474  UspA domain protein  YP_001942155  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0071  CDS  NC_010803  74626  75951  1326  outer membrane efflux protein  YP_001942156  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0072  CDS  NC_010803  76218  78302  2085  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  YP_001942157  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0073  CDS  NC_010803  78710  79903  1194  putative transcriptional regulator, GntR family  YP_001942158  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0074  CDS  NC_010803  79968  80396  429  amino acid-binding ACT domain protein  YP_001942159  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0075  CDS  NC_010803  80414  81715  1302  Phenylacetate--CoA ligase  YP_001942160  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0076  CDS  NC_010803  81816  82409  594  indolepyruvate oxidoreductase subunit beta  YP_001942161  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0077  CDS  NC_010803  82415  84025  1611  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  YP_001942162  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0078  CDS  NC_010803  84212  85402  1191  arsenite-activated ATPase ArsA  YP_001942163  normal  0.121619  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0079  CDS  NC_010803  85597  86442  846  hypothetical protein  YP_001942164  hitchhiker  0.00271867  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0080  CDS  NC_010803  86483  87373  891  hypothetical protein  YP_001942165  normal  0.0184554  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0081  CDS  NC_010803  87426  87971  546  nitroreductase  YP_001942166  normal  0.0146906  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0082  CDS  NC_010803  87955  88566  612  hypothetical protein  YP_001942167  normal  0.0981186  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0083  CDS  NC_010803  88727  89800  1074  peptide chain release factor 1  YP_001942168  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0084  CDS  NC_010803  89837  91198  1362  membrane-associated zinc metalloprotease  YP_001942169  normal  0.47842  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0085  CDS  NC_010803  91293  92441  1149  1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase  YP_001942170  normal  0.140142  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0086  CDS  NC_010803  92753  93028  276  acylphosphatase  YP_001942171  normal  0.186616  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0087  CDS  NC_010803  93045  95129  2085  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_001942172  normal  0.4836  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0088  CDS  NC_010803  95392  96231  840  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  YP_001942173  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0089  CDS  NC_010803  96341  98185  1845  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  YP_001942174  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0090  CDS  NC_010803  98212  98571  360  hypothetical protein  YP_001942175  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0091  CDS  NC_010803  98703  99644  942  domain of unknown function DUF1731  YP_001942176  normal  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0092  CDS  NC_010803  99749  100243  495  Ferritin Dps family protein  YP_001942177  normal  0.523921  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0093  CDS  NC_010803  100322  100594  273  RNP-1 like RNA-binding protein  YP_001942178  normal  0.249238  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0094  CDS  NC_010803  101052  102383  1332  ammonium transporter  YP_001942179  normal  0.162623  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0095  CDS  NC_010803  102393  102734  342  nitrogen regulatory protein P-II  YP_001942180  normal  0.0163432  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0096  CDS  NC_010803  102824  103399  576  TPR repeat-containing protein  YP_001942181  hitchhiker  0.00110052  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0097  CDS  NC_010803  103717  104442  726  chromosome segregation and condensation protein ScpA  YP_001942182  normal  0.0377485  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0098  CDS  NC_010803  104442  104921  480  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  YP_001942183  normal  0.0128551  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0099  CDS  NC_010803  105082  106356  1275  hypothetical protein  YP_001942184  hitchhiker  0.00564358  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Clim_0100  CDS  NC_010803  106358  106813  456  protein of unknown function UPF0079  YP_001942185  hitchhiker  0.0009157  n/a    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 26    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>