4370 genes were found for organism Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 44    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
RSP_0002  CDS  NC_007493  1704125  1704520  396  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  YP_353072  hitchhiker  0.0049965  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0003  CDS  NC_007493  1704748  1706277  1530  putative site-specific recombinase  YP_353073  normal  0.385186  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0004  CDS  NC_007493  1706240  1706530  291  hypothetical protein  YP_353074  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0005  CDS  NC_007493  1706705  1708261  1557  GMP synthase  YP_353075  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0006  CDS  NC_007493  1708728  1709615  888  DMT family permease  YP_353076  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0007  CDS  NC_007493  1709694  1710818  1125  putative outer membrane protein  YP_353077  normal  0.338152  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0008  CDS  NC_007493  1710871  1711836  966  drug/metabolite exporter (DME) family protein  YP_353078  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0009  CDS  NC_007493  1711869  1712738  870  hypothetical protein  YP_353079  normal  0.0954529  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0010  CDS  NC_007493  1712767  1713684  918  homoserine O-succinyltransferase  YP_353080  normal  0.48395  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0011  CDS  NC_007493  1713674  1714627  954  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase)  YP_353081  normal  0.903743  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0013  CDS  NC_007493  1714668  1715552  885  hypothetical protein  YP_353082  normal  0.501718  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0014  CDS  NC_007493  1715549  1716166  618  TetR family transcriptional regulator  YP_353083  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0015  CDS  NC_007493  1716318  1717415  1098  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  YP_353084  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0016  CDS  NC_007493  1717412  1718218  807  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  YP_353085  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0017  CDS  NC_007493  1718215  1719102  888  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  YP_353086  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0018  CDS  NC_007493  1719530  1720933  1404  GntR family transcriptional regulator  YP_353087  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0019  CDS  NC_007493  1721018  1721245  228  hypothetical protein  YP_353088  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0020  CDS  NC_007493  1721336  1722043  708  hypothetical protein  YP_353089  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0021  CDS  NC_007493  1722384  1722866  483  30S ribosomal protein S9  YP_353090  normal  0.849835  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0022  CDS  NC_007493  1722870  1723334  465  50S ribosomal protein L13  YP_353091  normal  0.550014  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0024  CDS  NC_007493  1724906  1725439  534  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  YP_353093  normal  0.141022  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0025  CDS  NC_007493  1725765  1727114  1350  NAD(P)-dependent oxidoreductase  YP_353094  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0026  CDS  NC_007493  1727111  1728166  1056  epimerase/dehydratase  YP_353095  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0027  CDS  NC_007493  1728364  1729155  792  hypothetical protein  YP_353096  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0028  CDS  NC_007493  1729383  1730381  999  short chain dehydrogenase  YP_353097  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0029  CDS  NC_007493  1730543  1732042  1500  acetyl-CoA hydrolase/transferase family protein  YP_353098  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0030  CDS  NC_007493  1732315  1734816  2502  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  YP_353099  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0032  CDS  NC_007493  1736242  1736961  720  sigma factor FliA (sigma-28 group, flagellar)  YP_353102  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0033  CDS  NC_007493  1736958  1737971  1014  hypothetical protein  YP_353103  normal  0.783922  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0034  CDS  NC_007493  1737975  1740089  2115  flagellar biosynthesis protein, FlhA  YP_353104  normal  0.288255  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0035  CDS  NC_007493  1740409  1740810  402  hypothetical protein  YP_353105  normal  0.418457  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0036  CDS  NC_007493  1741889  1742557  669  flagellar basal-body P-ring formation protein FlgA  YP_353107  normal  0.22865  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0037  CDS  NC_007493  1742579  1742893  315  putative FlgM, negative regulator of flagellin synthesis  YP_353108  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0038  CDS  NC_007493  1745042  1745230  189  hypothetical protein  YP_353113  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0039  CDS  NC_007493  1745558  1745875  318  hypothetical protein  YP_353114  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0040  CDS  NC_007493  1745872  1746252  381  putative flagellar protein FliS  YP_353115  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0041  CDS  NC_007493  1746536  1747117  582  hypothetical protein  YP_353116  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0042  CDS  NC_007493  1747255  1750542  3288  chemotaxis histidine protein kinase, CheA3  YP_353117  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0043  CDS  NC_007493  1750569  1750973  405  chemotaxis response regulator, CheY6  YP_353118  normal  0.0202415  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0044  CDS  NC_007493  1751177  1752880  1704  putative cytoplasmic chemoreceptor, TlpT  YP_353119  normal  0.0134213  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0045  CDS  NC_007493  1752877  1753593  717  Slp  YP_353120  normal  0.014209  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0046  CDS  NC_007493  1753606  1754115  510  CheW protein  YP_353121  hitchhiker  0.00918477  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0047  CDS  NC_007493  1754134  1755231  1098  chemotaxis methylesterase, CheB2  YP_353122  normal  0.207213  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0048  CDS  NC_007493  1755231  1756040  810  MCP methyltransferase, CheR-type  YP_353123  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0049  CDS  NC_007493  1756037  1757236  1200  chemotaxis histidine protein kinase, CheA4  YP_353124  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0051  CDS  NC_007493  1758112  1759248  1137  Torf protein  YP_353126  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0052  CDS  NC_007493  1759262  1759585  324  flagellar protein FliE  YP_353127  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0053  CDS  NC_007493  1759605  1761317  1713  flagellar FliF M-ring protein  YP_353128  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0054  CDS  NC_007493  1761319  1762341  1023  flagellar motor switch protein FliG  YP_353129  normal  0.0822309  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0055  CDS  NC_007493  1762345  1763169  825  flagellar protein FliH  YP_353130  normal  0.369271  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0056  CDS  NC_007493  1763166  1764494  1329  flagellum-specific ATPase FliI  YP_353131  normal  0.155055  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0057  CDS  NC_007493  1764496  1764903  408  flagellar protein FliJ  YP_353132  normal  0.528774  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0058  CDS  NC_007493  1764958  1767057  2100  FliK, flagellar hook-length control protein  YP_353133  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0059  CDS  NC_007493  1767068  1767640  573  flagellar biosynthesis protein, FliL  YP_353134  normal  0.0468806  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0060  CDS  NC_007493  1767644  1768615  972  flagellar switch protein FliM  YP_353135  normal  0.0400125  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0061  CDS  NC_007493  1768772  1769068  297  flagellar motor switch FliN protein  YP_353136  normal  0.517527  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0062  CDS  NC_007493  1769200  1769457  258  flagellar protein FliO  YP_353137  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0063  CDS  NC_007493  1769454  1770359  906  flagellar biosynthesis protein FliP  YP_353138  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0064  CDS  NC_007493  1770359  1770625  267  flagellar protein FliQ  YP_353139  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0065  CDS  NC_007493  1770625  1771434  810  flagellar protein FliR  YP_353140  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0066  CDS  NC_007493  1771421  1772563  1143  flagellar protein FlhB  YP_353141  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0067  CDS  NC_007493  1772617  1773336  720  hypothetical protein  YP_353142  normal  0.191965  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0068  CDS  NC_007493  1774019  1775353  1335  sigma-54 factor (RpoN2)  YP_353144  normal  0.370469  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0069  CDS  NC_007493  1775529  1777010  1482  flagellar filament protein  YP_353145  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0070  CDS  NC_007493  1777249  1778904  1656  flagellar hook-associated protein 2 (filament cap protein)  YP_353146  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0071  CDS  NC_007493  1778935  1780164  1230  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  YP_353147  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0072  CDS  NC_007493  1780189  1780986  798  invasion protein  YP_353148  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0073  CDS  NC_007493  1780993  1782222  1230  flagellar hook-associated protein 3 FlgL  YP_353149  normal  0.550392  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0074  CDS  NC_007493  1782230  1786321  4092  FlgK flagellar hook-associated protein 1  YP_353150  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0076  CDS  NC_007493  1786731  1787846  1116  flagellar basal body P-ring protein  YP_353152  normal  0.322423  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0077  CDS  NC_007493  1787843  1788511  669  flagellar L-ring protein  YP_353153  normal  0.461386  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0078  CDS  NC_007493  1788519  1789307  789  flagellar distal rod protein  YP_353154  normal  0.36216  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0079  CDS  NC_007493  1789361  1790116  756  flagellar proximal rod protein FlgF  YP_353155  normal  0.188859  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0080  CDS  NC_007493  1790125  1791396  1272  flagellar hook protein FlgE  YP_353156  normal  0.505982  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0081  CDS  NC_007493  1791421  1792092  672  flagellar scaffolding protein FlgD  YP_353157  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0082  CDS  NC_007493  1792094  1792510  417  flagellar basal-body rod protein FlgC  YP_353158  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0083  CDS  NC_007493  1792510  1792896  387  flagellar proximal rod protein FlgB  YP_353159  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0084  CDS  NC_007493  1792986  1794152  1167  hypothetical protein  YP_353160  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0085  CDS  NC_007493  1794433  1797099  2667  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  YP_353161  normal  0.408662  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0086  CDS  NC_007493  1797096  1797623  528  hypothetical protein  YP_353162  normal  0.32305  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0087  CDS  NC_007493  1797908  1798540  633  two component transcriptional regulator, LuxR  YP_353163  normal  0.197031  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0088  CDS  NC_007493  1798734  1799234  501  ycfI, putative structural proteins  YP_353164  normal  0.136593  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0089  CDS  NC_007493  1799406  1800092  687  hypothetical protein  YP_353165  normal  0.16166  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0090  CDS  NC_007493  1800089  1801042  954  operon regulator SmoC  YP_353166  normal  0.0568695  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0091  CDS  NC_007493  1801150  1802460  1311  ABC sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein  YP_353167  normal  0.126585  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0092  CDS  NC_007493  1802562  1803434  873  ABC sorbitol/mannitol transporter, inner membrane subunit  YP_353168  normal  0.407118  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0093  CDS  NC_007493  1803436  1804266  831  ABC sorbitol/mannitol transporter, inner membrane subunit  YP_353169  normal  0.121482  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0094  CDS  NC_007493  1804274  1805272  999  ABC sorbitol/mannitol transporter, ATPase subunit  YP_353170  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0095  CDS  NC_007493  1805274  1806044  771  sorbitol dehydrogenase  YP_353171  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0096  CDS  NC_007493  1806098  1807531  1434  mannitol dehydrogenase  YP_353172  normal  0.027752  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0097  CDS  NC_007493  1808034  1809131  1098  TRAP-T family sorbitol/mannitol periplasmic binding protein SmoM  YP_353173  normal  0.410099  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0099  CDS  NC_007493  1811327  1811941  615  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  YP_353175  normal  0.0669056  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0100  CDS  NC_007493  1812328  1812714  387  putative NADH dehydrogenase I chain A  YP_353176  normal  0.0971681  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0101  CDS  NC_007493  1812711  1813328  618  NADH dehydrogenase subunit B  YP_353177  normal  0.0879346  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0102  CDS  NC_007493  1813325  1815067  1743  bifunctional NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit C/D  YP_353178  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0103  CDS  NC_007493  1815064  1815537  474  NADH dehydrogenase subunit E  YP_353179  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0104  CDS  NC_007493  1815534  1816784  1251  respiratory-chain NADH dehydrogenase, 51 kDa subunit  YP_353180  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0105  CDS  NC_007493  1816781  1819363  2583  NADH dehydrogenase subunit G  YP_353181  normal  0.831692  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0106  CDS  NC_007493  1819560  1820516  957  putative NADH dehydrogenase I chain H  YP_353182  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_0107  CDS  NC_007493  1820513  1821007  495  NADH dehydrogenase subunit I  YP_353183  normal  0.807538  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 44    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>