4067 genes were found for organism Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 41    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Sde_0001  CDS  NC_007912  383  1957  1575  chromosomal replication initiation protein  YP_525477  normal  0.0237228  normal  0.131634  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0002  CDS  NC_007912  2145  3248  1104  DNA polymerase III subunit beta  YP_525478  decreased coverage  9.05958e-08  normal  0.127223  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0003  CDS  NC_007912  3297  4400  1104  RecF protein  YP_525479  normal  0.0312936  normal  0.12892  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0004  CDS  NC_007912  4437  6863  2427  DNA gyrase subunit B  YP_525480  hitchhiker  0.00999238  normal  0.275353  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0005  CDS  NC_007912  7034  7507  474  hypothetical protein  YP_525481  normal  0.251807  normal  0.30014  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0006  CDS  NC_007912  7724  9664  1941  acetoacetyl-CoA synthetase  YP_525482  normal  0.497617  normal  0.392863  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0007  CDS  NC_007912  9715  10098  384  hypothetical protein  YP_525483  normal  0.146803  normal  0.457829  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0008  CDS  NC_007912  10175  10690  516  hypothetical protein  YP_525484  normal  0.018988  normal  0.471387  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0009  CDS  NC_007912  10761  12200  1440  PAS  YP_525485  normal  0.304848  normal  0.553923  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0010  CDS  NC_007912  12253  12669  417  hypothetical protein  YP_525486  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0011  CDS  NC_007912  12672  13394  723  Protoheme IX farnesyltransferase  YP_525487  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0012  CDS  NC_007912  13508  15580  2073  glycine--tRNA ligase  YP_525488  normal  0.948293  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0013  CDS  NC_007912  15577  16533  957  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_525489  normal  0.583173  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0014  CDS  NC_007912  16846  17733  888  lipid A biosynthesis lauroyl acyltransferase  YP_525490  hitchhiker  0.00841404  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0015  CDS  NC_007912  17798  18328  531  phenylacetic acid degradation-related protein  YP_525491  hitchhiker  1.50836e-09  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0016  CDS  NC_007912  18822  19310  489  hypothetical protein  YP_525492  hitchhiker  1.52568e-11  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0017  CDS  NC_007912  19328  20776  1449  potassium uptake protein TrkH  YP_525493  hitchhiker  7.33585e-05  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0018  CDS  NC_007912  20815  22248  1434  potassium transporter peripheral membrane component  YP_525494  normal  0.265003  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0019  CDS  NC_007912  22285  23622  1338  Sun protein  YP_525495  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0020  CDS  NC_007912  23650  24618  969  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_525496  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0021  CDS  NC_007912  24696  25214  519  peptide deformylase  YP_525497  normal  0.243681  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0022  CDS  NC_007912  25495  26553  1059  hypothetical protein  YP_525498  normal  0.124597  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0023  CDS  NC_007912  26674  27873  1200  filamentous haemagglutinin-like protein  YP_525499  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0024  CDS  NC_007912  28140  28715  576  translation factor SUA5  YP_525500  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0025  CDS  NC_007912  28757  29668  912  coproporphyrinogen III oxidase  YP_525501  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0026  CDS  NC_007912  29694  30530  837  shikimate dehydrogenase  YP_525502  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0027  CDS  NC_007912  30581  31798  1218  hypothetical protein  YP_525503  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0028  CDS  NC_007912  31895  32539  645  hypothetical protein  YP_525504  normal  0.29937  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0029  CDS  NC_007912  32579  33349  771  regulatory protein, LuxR  YP_525505  normal  0.150113  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0030  CDS  NC_007912  33407  33964  558  anhydrase family 3 protein  YP_525506  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0031  CDS  NC_007912  34108  36165  2058  oligopeptidase A  YP_525507  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0032  CDS  NC_007912  36162  36398  237  hypothetical protein  YP_525508  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0033  CDS  NC_007912  36416  37093  678  hypothetical protein  YP_525509  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0034  CDS  NC_007912  37816  40122  2307  hypothetical protein  YP_525510  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0035  CDS  NC_007912  40360  41910  1551  DNA-damage-inducible protein F  YP_525511  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0036  CDS  NC_007912  42043  43179  1137  cytochrome c oxidase, subunit II  YP_525512  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0037  CDS  NC_007912  43193  44743  1551  cytochrome-c oxidase  YP_525513  normal  normal  0.857978  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0038  CDS  NC_007912  44801  45424  624  cytochrome C oxidase assembly protein  YP_525514  normal  0.379373  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0039  CDS  NC_007912  45455  46369  915  cytochrome c oxidase, subunit III  YP_525515  normal  0.061642  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0040  CDS  NC_007912  46374  46622  249  DNA polymerase A  YP_525516  normal  0.105525  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0041  CDS  NC_007912  46651  47418  768  hypothetical protein  YP_525517  normal  0.0886197  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0042  CDS  NC_007912  47519  48145  627  hypothetical protein  YP_525518  normal  0.0511047  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0043  CDS  NC_007912  48155  49339  1185  putative cytochrome oxidase assembly protein  YP_525519  normal  0.484274  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0044  CDS  NC_007912  49405  50316  912  protoheme IX farnesyltransferase  YP_525520  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0045  CDS  NC_007912  50319  50978  660  GGDEF  YP_525521  normal  normal  0.986314  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0046  CDS  NC_007912  51406  52116  711  hypothetical protein  YP_525522  normal  0.222779  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0047  CDS  NC_007912  52190  52639  450  response regulator receiver domain-containing protein  YP_525523  normal  0.553618  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0048  CDS  NC_007912  52828  53202  375  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_525524  normal  normal  0.979137  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0049  CDS  NC_007912  53230  53724  495  hypothetical protein  YP_525525  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0050  CDS  NC_007912  53749  55335  1587  hypothetical protein  YP_525526  normal  0.606675  normal  0.906839  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0051  CDS  NC_007912  55438  56280  843  periplasmic nitrate reductase, large subunit  YP_525527  normal  normal  0.649739  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0052  CDS  NC_007912  56292  57422  1131  alcohol dehydrogenase class III  YP_525528  normal  normal  0.657136  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0053  CDS  NC_007912  57877  58857  981  phospholipase/lecithinase/hemolysin-like  YP_525529  normal  normal  0.687588  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0054  CDS  NC_007912  59302  60915  1614  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  YP_525530  normal  normal  0.747011  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0055  CDS  NC_007912  60987  62588  1602  hemolysin activation/secretion protein-like  YP_525531  normal  0.193341  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0056  CDS  NC_007912  62662  70701  8040  hypothetical protein  YP_525532  normal  normal  0.602314  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0057  CDS  NC_007912  70739  71527  789  zinc transport system permease protein  YP_525533  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0058  CDS  NC_007912  71520  72305  786  ABC-type Mn/Zn transport systems, ATPase component  YP_525534  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0059  CDS  NC_007912  72305  72793  489  zinc uptake regulation protein, putative  YP_525535  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0060  CDS  NC_007912  72902  73882  981  XRE family transcriptional regulator  YP_525536  normal  0.741905  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0061  CDS  NC_007912  73913  75874  1962  prolyl oligopeptidase family protein  YP_525537  normal  0.101557  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0062  CDS  NC_007912  75944  77053  1110  response regulator receiver domain-containing protein  YP_525538  hitchhiker  0.000342742  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0063  CDS  NC_007912  77167  78501  1335  hypothetical protein  YP_525539  decreased coverage  0.000187215  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0064  CDS  NC_007912  78862  80547  1686  putative secreted beta-mannosidase  YP_525540  hitchhiker  0.000582452  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0065  CDS  NC_007912  80594  81997  1404  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  YP_525541  normal  0.249697  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0066  CDS  NC_007912  82187  82945  759  putative ribonuclease HI  YP_525542  normal  0.0792726  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0067  CDS  NC_007912  83615  84031  417  hypothetical protein  YP_525543  normal  0.610268  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0068  CDS  NC_007912  84125  84706  582  TetR family transcriptional regulator  YP_525544  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0069  CDS  NC_007912  84894  85274  381  hypothetical protein  YP_525545  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0070  CDS  NC_007912  85323  89135  3813  hypothetical protein  YP_525546  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0071  CDS  NC_007912  89135  90976  1842  Outer membrane protein/protective antigen OMA87-like  YP_525547  normal  0.299818  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0072  CDS  NC_007912  91315  91608  294  histidine kinase, HAMP region  YP_525548  hitchhiker  0.000139306  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0073  CDS  NC_007912  92145  94925  2781  DNA polymerase I  YP_525549  normal  0.800167  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0074  CDS  NC_007912  95014  95568  555  hypothetical protein  YP_525550  normal  0.450755  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0075  CDS  NC_007912  96189  96830  642  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  YP_525551  normal  0.611399  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0076  CDS  NC_007912  97133  97816  684  cytochrome c4 precursor  YP_525552  normal  0.699547  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0077  CDS  NC_007912  98054  98935  882  hypothetical protein  YP_525553  normal  0.453985  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0078  CDS  NC_007912  99134  100831  1698  GGDEF domain-containing protein  YP_525554  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0079  CDS  NC_007912  100894  101670  777  cellulose binding, type IV  YP_525555  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0080  CDS  NC_007912  101735  102109  375  response regulator receiver domain-containing protein  YP_525556  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0081  CDS  NC_007912  102146  103780  1635  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_525557  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0082  CDS  NC_007912  103914  104135  222  hypothetical protein  YP_525558  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0083  CDS  NC_007912  104132  104416  285  hypothetical protein  YP_525559  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0084  CDS  NC_007912  104416  106911  2496  nitrate reductase catalytic subunit  YP_525560  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0085  CDS  NC_007912  106915  107433  519  periplasmic nitrate reductase subunit NapB  YP_525561  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0086  CDS  NC_007912  107529  108044  516  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  YP_525562  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0087  CDS  NC_007912  108353  110155  1803  hypothetical protein  YP_525563  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0088  CDS  NC_007912  110214  110867  654  hypothetical protein  YP_525564  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0089  CDS  NC_007912  111021  111425  405  vault protein inter-alpha-trypsin  YP_525565  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0090  CDS  NC_007912  111429  111986  558  peptidase C60, sortase A and B  YP_525566  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0091  CDS  NC_007912  112021  112779  759  putative serine dehydrogenase  YP_525567  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0092  CDS  NC_007912  112839  114137  1299  hypothetical protein  YP_525568  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0093  CDS  NC_007912  114131  114499  369  hypothetical protein  YP_525569  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0094  CDS  NC_007912  114662  115042  381  hypothetical protein  YP_525570  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0095  CDS  NC_007912  115035  115595  561  sigma-24 (FecI-like)  YP_525571  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0096  CDS  NC_007912  115723  117177  1455  ferrochelatase  YP_525572  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0097  CDS  NC_007912  117170  118528  1359  hypothetical protein  YP_525573  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0098  CDS  NC_007912  118528  122172  3645  hypothetical protein  YP_525574  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0099  CDS  NC_007912  122243  123493  1251  hypothetical protein  YP_525575  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0100  CDS  NC_007912  123824  125356  1533  deacylase-like  YP_525576  normal  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 41    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>