5516 genes were found for organism Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 56    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
PP_0001  CDS  NC_002947  147  1019  873  parB-like partition protein  NP_742171  normal  hitchhiker  0.000184934  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0002  CDS  NC_002947  1029  1820  792  ParA family protein  NP_742172  normal  0.442351  hitchhiker  0.000159031  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0003  CDS  NC_002947  1839  2489  651  16S rRNA methyltransferase GidB  NP_742173  normal  0.113806  hitchhiker  0.000164452  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0004  CDS  NC_002947  2486  4381  1896  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  NP_742174  normal  hitchhiker  0.000252257  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0005  CDS  NC_002947  5012  6382  1371  tRNA modification GTPase TrmE  NP_742175  normal  0.273487  hitchhiker  0.00022418  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0006  CDS  NC_002947  6471  8153  1683  putative inner membrane protein translocase component YidC  NP_742176  normal  hitchhiker  3.87778e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0007  CDS  NC_002947  8156  8401  246  hypothetical protein  NP_742177  normal  hitchhiker  2.43975e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0008  CDS  NC_002947  8394  8798  405  ribonuclease P  NP_742178  normal  hitchhiker  2.55186e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0009  CDS  NC_002947  8812  8946  135  50S ribosomal protein L34  NP_742179  normal  hitchhiker  2.417e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0010  CDS  NC_002947  9542  11062  1521  chromosomal replication initiation protein  NP_742180  normal  0.645293  hitchhiker  3.64152e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0011  CDS  NC_002947  11103  12206  1104  DNA polymerase III subunit beta  NP_742181  normal  0.12322  hitchhiker  2.839e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0012  CDS  NC_002947  12222  13325  1104  recombination protein F  NP_742182  normal  hitchhiker  2.50595e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0013  CDS  NC_002947  13330  15750  2421  DNA gyrase subunit B  NP_742183  normal  0.571026  unclonable  3.087e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0014  CDS  NC_002947  17133  19166  2034  transposase, putative  NP_742184  normal  0.285018  unclonable  2.81565e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0015  CDS  NC_002947  19163  20122  960  AAA ATPase  NP_742185  normal  unclonable  2.41771e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0016  CDS  NC_002947  20198  22114  1917  hypothetical protein  NP_742186  normal  0.490672  unclonable  3.81885e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0017  CDS  NC_002947  22171  22530  360  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  NP_742187  normal  0.499101  unclonable  1.89493e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0018  CDS  NC_002947  23176  24018  843  hypothetical protein  NP_742188  normal  unclonable  2.27401e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0019  CDS  NC_002947  24000  24698  699  hypothetical protein  NP_742189  normal  0.61176  unclonable  1.99426e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0020  CDS  NC_002947  24695  25570  876  hypothetical protein  NP_742190  normal  0.0111189  unclonable  2.3208e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0021  CDS  NC_002947  25881  26804  924  hypothetical protein  NP_742191  normal  0.188544  hitchhiker  4.46047e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0022  CDS  NC_002947  26989  27390  402  hypothetical protein  NP_742192  normal  0.616456  hitchhiker  3.08322e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0023  CDS  NC_002947  27599  27727  129  hypothetical protein  NP_742193  normal  0.424069  hitchhiker  3.08322e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0024  CDS  NC_002947  27850  29547  1698  hypothetical protein  NP_742194  normal  0.454428  hitchhiker  5.76677e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0025  CDS  NC_002947  29990  30142  153  hypothetical protein  NP_742195  normal  hitchhiker  2.88161e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0026  CDS  NC_002947  30431  31336  906  CDF family cobalt/cadmium/zinc transporter  NP_742196  normal  hitchhiker  3.90702e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0027  CDS  NC_002947  31404  31844  441  hypothetical protein  NP_742197  normal  hitchhiker  3.45558e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0028  CDS  NC_002947  31877  32203  327  hypothetical protein  NP_742198  normal  hitchhiker  3.05269e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0029  CDS  NC_002947  32893  33567  675  DNA-binding response regulator CzrR  NP_742199  normal  hitchhiker  3.98254e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0030  CDS  NC_002947  33564  34982  1419  sensor histidine kinase  NP_742200  normal  hitchhiker  5.76677e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0031  CDS  NC_002947  35040  35627  588  hypothetical protein  NP_742201  normal  hitchhiker  3.90702e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0032  CDS  NC_002947  35894  36115  222  hypothetical protein  NP_742202  normal  hitchhiker  3.52174e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0033  CDS  NC_002947  36198  37652  1455  sugar transferase, putative  NP_742203  normal  hitchhiker  5.04442e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0034  CDS  NC_002947  37646  38629  984  ribonuclease III  NP_742204  normal  hitchhiker  4.05875e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0035  CDS  NC_002947  38595  39014  420  GtrA family protein  NP_742205  normal  hitchhiker  2.9662e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0036  CDS  NC_002947  39272  40240  969  LysR family transcriptional regulator  NP_742206  normal  hitchhiker  3.69238e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0037  CDS  NC_002947  40469  41758  1290  phosphate-selective porin O and P  NP_742207  normal  hitchhiker  4.46047e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0038  CDS  NC_002947  41778  41912  135  hypothetical protein  NP_742208  normal  hitchhiker  2.9662e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0039  CDS  NC_002947  42057  43082  1026  hypothetical protein  NP_742209  normal  hitchhiker  3.65719e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0040  CDS  NC_002947  43210  43434  225  hypothetical protein  NP_742210  normal  hitchhiker  2.90935e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0041  CDS  NC_002947  43527  45524  1998  heavy metal translocating P-type ATPase  NP_742211  normal  hitchhiker  5.76677e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0042  CDS  NC_002947  45727  45939  213  hypothetical protein  NP_742212  normal  0.384009  hitchhiker  2.9662e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0043  CDS  NC_002947  46213  49374  3162  CzcA family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter permease  NP_742213  normal  0.815586  hitchhiker  9.42954e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0044  CDS  NC_002947  49399  50649  1251  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  NP_742214  normal  0.597635  hitchhiker  4.90268e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0045  CDS  NC_002947  50718  51989  1272  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  NP_742215  normal  hitchhiker  5.29043e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0046  CDS  NC_002947  52394  53737  1344  porin, putative  NP_742216  normal  hitchhiker  5.82651e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0047  CDS  NC_002947  54227  54901  675  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  NP_742217  normal  0.116112  hitchhiker  4.94979e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0048  CDS  NC_002947  55019  55342  324  hypothetical protein  NP_742218  normal  0.585637  hitchhiker  4.81069e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0049  CDS  NC_002947  56161  57627  1467  hypothetical protein  NP_742219  normal  0.770752  hitchhiker  7.66437e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0050  CDS  NC_002947  58777  59184  408  hypothetical protein  NP_742220  normal  hitchhiker  5.82651e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0051  CDS  NC_002947  59316  60608  1293  sigma-54 dependent transcriptional regulator  NP_742221  normal  hitchhiker  6.34616e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0052  CDS  NC_002947  60831  61715  885  beta-lactamase domain protein  NP_742222  normal  hitchhiker  6.16686e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0053  CDS  NC_002947  61756  63024  1269  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  NP_742223  normal  hitchhiker  6.34616e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0054  CDS  NC_002947  62982  63839  858  hypothetical protein  NP_742224  normal  hitchhiker  5.54839e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0055  CDS  NC_002947  63828  64715  888  LysR family transcriptional regulator  NP_742225  normal  hitchhiker  5.54839e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0056  CDS  NC_002947  64943  66595  1653  GMC family oxidoreductase  NP_742226  normal  unclonable  6.20913e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0057  CDS  NC_002947  66693  68312  1620  major facilitator family transporter  NP_742227  normal  0.0623075  unclonable  5.33342e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0058  CDS  NC_002947  68487  69272  786  phospholipid/glycerol acyltransferase  NP_742228  hitchhiker  0.000912039  unclonable  3.85865e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0059  CDS  NC_002947  69319  69846  528  D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase  NP_742229  normal  unclonable  3.31509e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0060  CDS  NC_002947  69850  71904  2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  NP_742230  normal  unclonable  5.38802e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0061  CDS  NC_002947  71901  72848  948  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  NP_742231  normal  unclonable  3.78016e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0062  CDS  NC_002947  72932  73483  552  DNA-3-methyladenine glycosylase I  NP_742232  normal  unclonable  3.18334e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0063  CDS  NC_002947  73525  74412  888  lipid A biosynthesis lauroyl acyltransferase  NP_742233  normal  unclonable  3.74186e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0064  CDS  NC_002947  74510  74824  315  TPR domain-containing protein  NP_742234  normal  unclonable  3.02311e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0065  CDS  NC_002947  74836  76209  1374  potassium transporter peripheral membrane component  NP_742235  normal  0.948816  unclonable  4.48887e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0066  CDS  NC_002947  76233  77543  1311  sun protein  NP_742236  normal  unclonable  5.06957e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0067  CDS  NC_002947  77540  78472  933  methionyl-tRNA formyltransferase  NP_742237  normal  0.196453  unclonable  4.39837e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0068  CDS  NC_002947  78533  79039  507  peptide deformylase  NP_742238  hitchhiker  0.00204301  unclonable  4.0176e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0069  CDS  NC_002947  79246  80343  1098  DNA protecting protein DprA  NP_742239  normal  0.0131518  unclonable  5.61308e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0070  CDS  NC_002947  80386  80943  558  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  NP_742240  normal  0.0492893  hitchhiker  7.66437e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0071  CDS  NC_002947  81562  82023  462  hypothetical protein  NP_742241  normal  0.664883  hitchhiker  5.74078e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0072  CDS  NC_002947  82151  83128  978  quinone oxidoreductase  NP_742242  normal  0.899686  hitchhiker  6.90857e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0073  CDS  NC_002947  83261  84172  912  coproporphyrinogen III oxidase  NP_742243  normal  0.188544  hitchhiker  0.000371882  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0074  CDS  NC_002947  84198  85022  825  shikimate 5-dehydrogenase  NP_742244  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0075  CDS  NC_002947  85152  86717  1566  sulphate transporter  NP_742245  normal  0.103886  hitchhiker  0.00048278  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0076  CDS  NC_002947  86861  87802  942  glycine betaine-binding protein, putative  NP_742246  normal  hitchhiker  0.000390865  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0077  CDS  NC_002947  87799  89316  1518  choline sulfatase  NP_742247  normal  0.604146  hitchhiker  0.000459968  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0078  CDS  NC_002947  89315  89416  102  hypothetical protein  NP_742248  normal  0.83383  hitchhiker  0.00026733  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0079  CDS  NC_002947  89425  90324  900  LysR family transcriptional regulator  NP_742249  normal  hitchhiker  0.000353876  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0080  CDS  NC_002947  90446  91063  618  hypothetical protein  NP_742250  normal  hitchhiker  0.000365782  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0081  CDS  NC_002947  91077  91448  372  hypothetical protein  NP_742251  normal  0.341198  hitchhiker  0.000339661  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0082  CDS  NC_002947  91569  92378  810  tryptophan synthase subunit alpha  NP_742252  normal  0.49464  hitchhiker  0.00038137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0083  CDS  NC_002947  92375  93592  1218  tryptophan synthase subunit beta  NP_742253  normal  hitchhiker  0.0017562  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0084  CDS  NC_002947  93703  94599  897  LysR family transcriptional regulator  NP_742254  normal  hitchhiker  0.00162977  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0085  CDS  NC_002947  94596  95084  489  hypothetical protein  NP_742255  normal  hitchhiker  0.00144499  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0086  CDS  NC_002947  95070  95285  216  hypothetical protein  NP_742256  normal  hitchhiker  0.00140145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0087  CDS  NC_002947  95344  95607  264  hypothetical protein  NP_742257  normal  hitchhiker  0.00133905  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0088  CDS  NC_002947  95679  96683  1005  luciferase family protein  NP_742258  normal  hitchhiker  0.00161707  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0089  CDS  NC_002947  96836  97261  426  OsmC family protein  NP_742259  normal  hitchhiker  0.00457193  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0090  CDS  NC_002947  97274  97570  297  hypothetical protein  NP_742260  normal  hitchhiker  0.00420006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0091  CDS  NC_002947  97606  98019  414  putative lipoprotein  NP_742261  normal  hitchhiker  0.00428998  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0092  CDS  NC_002947  98075  98488  414  putative lipoprotein  NP_742262  normal  hitchhiker  0.00441093  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0093  CDS  NC_002947  98487  99650  1164  hypothetical protein  NP_742263  normal  hitchhiker  0.00544178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0094  CDS  NC_002947  99757  100407  651  HAD superfamily hydrolase  NP_742264  normal  hitchhiker  0.0048007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0095  CDS  NC_002947  100529  101077  549  anhydrase family 3 protein  NP_742265  normal  hitchhiker  0.00425892  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0096  CDS  NC_002947  101180  103231  2052  oligopeptidase A  NP_742266  normal  0.32998  hitchhiker  0.00599775  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0097  CDS  NC_002947  103228  103509  282  hypothetical protein  NP_742267  normal  hitchhiker  0.00377155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0098  CDS  NC_002947  103528  103701  174  hypothetical protein  NP_742268  normal  hitchhiker  0.00363784  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0099  CDS  NC_002947  103841  104899  1059  radical SAM domain protein  NP_742269  normal  normal  0.0290614  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0100  CDS  NC_002947  105206  105925  720  carbonate dehydratase  NP_742270  normal  normal  0.0551844  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 56    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>