4283 genes were found for organism Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 43    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Daro_0001  CDS  NC_007298  151  1548  1398  chromosomal replication initiation protein  YP_283230  hitchhiker  1.0295e-06  decreased coverage  0.002869  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0002  CDS  NC_007298  1758  2864  1107  DNA polymerase III, beta subunit  YP_283231  decreased coverage  8.266e-08  decreased coverage  0.00275233  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0003  CDS  NC_007298  2938  5442  2505  DNA gyrase subunit B  YP_283232  normal  0.0123108  hitchhiker  0.00974324  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0004  CDS  NC_007298  5514  5963  450  histidine triad (HIT) protein  YP_283233  normal  normal  0.0275782  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0005  CDS  NC_007298  5976  6428  453  D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase  YP_283234  normal  normal  0.0274274  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0006  CDS  NC_007298  6432  7247  816  silent information regulator protein Sir2  YP_283235  normal  normal  0.030337  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0007  CDS  NC_007298  7338  8477  1140  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  YP_283236  normal  0.829613  normal  0.0284762  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0008  CDS  NC_007298  8504  12823  4320  PAS  YP_283237  normal  0.130257  normal  0.0574671  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0009  CDS  NC_007298  12950  13990  1041  ApbE-like lipoprotein  YP_283238  normal  0.109653  normal  0.0510654  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0010  CDS  NC_007298  13975  14994  1020  glutathione synthetase  YP_283239  normal  0.163572  normal  0.0543888  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0011  CDS  NC_007298  15001  16287  1287  glutamate--cysteine ligase GshA  YP_283240  normal  normal  0.0602184  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0012  CDS  NC_007298  16355  17488  1134  response regulator receiver  YP_283241  normal  normal  0.0552217  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0013  CDS  NC_007298  17619  19241  1623  ABC transporter related  YP_283242  normal  normal  0.189304  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0014  CDS  NC_007298  19334  19825  492  hypothetical protein  YP_283243  normal  normal  0.152579  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0015  CDS  NC_007298  19904  20374  471  hypothetical protein  YP_283244  normal  normal  0.153918  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0016  CDS  NC_007298  20514  21221  708  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  YP_283245  normal  normal  0.162823  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0017  CDS  NC_007298  21218  22132  915  LysR family transcriptional regulator  YP_283246  normal  normal  0.163482  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0018  CDS  NC_007298  22231  24750  2520  DNA topoisomerase III  YP_283247  normal  normal  0.143927  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0019  CDS  NC_007298  24827  25903  1077  SMF protein  YP_283248  normal  normal  0.108355  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0020  CDS  NC_007298  25900  26931  1032  peptidoglycan-binding LysM  YP_283249  normal  0.732804  normal  0.419154  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0021  CDS  NC_007298  27075  27578  504  peptide deformylase  YP_283250  normal  normal  0.3876  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0022  CDS  NC_007298  27575  28498  924  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_283251  normal  normal  0.402535  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0023  CDS  NC_007298  28557  29399  843  M48 family peptidase  YP_283252  normal  normal  0.404205  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0024  CDS  NC_007298  29409  29759  351  hypothetical protein  YP_283253  normal  normal  0.343271  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0025  CDS  NC_007298  29810  30391  582  peptidase C56, PfpI  YP_283254  normal  normal  0.34699  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0026  CDS  NC_007298  30494  30889  396  S-adenosylmethionine decarboxylase related  YP_283255  normal  normal  0.479316  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0027  CDS  NC_007298  30899  31804  906  hypothetical protein  YP_283256  normal  normal  0.512756  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0028  CDS  NC_007298  31839  33098  1260  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  YP_283257  normal  normal  0.577432  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0029  CDS  NC_007298  33061  33672  612  proline rich signal peptide protein  YP_283258  normal  normal  0.703627  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0030  CDS  NC_007298  33669  35825  2157  multi-sensor signal transduction histidine kinase  YP_283259  normal  normal  0.838483  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0031  CDS  NC_007298  35803  37068  1266  helix-turn-helix, Fis-type  YP_283260  normal  normal  0.992354  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0032  CDS  NC_007298  37182  38249  1068  uroporphyrinogen decarboxylase  YP_283261  normal  0.590696  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0033  CDS  NC_007298  38532  40532  2001  replication restart DNA helicase PriA  YP_283262  normal  0.101123  normal  0.886692  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0034  CDS  NC_007298  40584  41567  984  hypothetical protein  YP_283263  normal  normal  0.749355  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0035  CDS  NC_007298  41511  42728  1218  major facilitator transporter  YP_283264  normal  normal  0.55843  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0036  CDS  NC_007298  42725  43429  705  MOSC  YP_283265  normal  normal  0.50784  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0037  CDS  NC_007298  43448  44341  894  N-acetylglucosamine kinase  YP_283266  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0038  CDS  NC_007298  44341  44991  651  hypothetical protein  YP_283267  normal  normal  0.733965  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0039  CDS  NC_007298  45075  45404  330  hypothetical protein  YP_283268  normal  normal  0.698775  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0040  CDS  NC_007298  45412  48993  3582  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  YP_283269  normal  normal  0.802864  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0041  CDS  NC_007298  49018  49587  570  hypothetical protein  YP_283270  normal  normal  0.361132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0042  CDS  NC_007298  49624  49986  363  hypothetical protein  YP_283271  normal  normal  0.358454  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0043  CDS  NC_007298  50052  50768  717  cell wall hydrolase/autolysin  YP_283272  normal  normal  0.3967  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0044  CDS  NC_007298  50775  51788  1014  UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase  YP_283273  normal  normal  0.439185  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0045  CDS  NC_007298  51862  53673  1812  ABC transporter related  YP_283274  normal  normal  0.315535  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0046  CDS  NC_007298  53692  57354  3663  B12-dependent methionine synthase  YP_283275  normal  normal  0.61869  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0047  CDS  NC_007298  57555  58049  495  hypothetical protein  YP_283276  normal  normal  0.3876  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0048  CDS  NC_007298  58133  58531  399  rhodanese-like protein  YP_283277  normal  normal  0.370219  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0049  CDS  NC_007298  58511  59713  1203  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  YP_283278  normal  normal  0.414965  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0050  CDS  NC_007298  59706  61202  1497  Mg chelatase-related protein  YP_283279  normal  0.935988  normal  0.306456  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0051  CDS  NC_007298  61209  61451  243  hypothetical protein  YP_283280  normal  0.0461056  normal  0.538804  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0052  CDS  NC_007298  61690  62463  774  hypothetical protein  YP_283281  decreased coverage  0.0060351  normal  0.567667  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0053  CDS  NC_007298  62549  62887  339  nitrogen regulatory protein P-II  YP_283282  hitchhiker  0.0041295  normal  0.377674  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0054  CDS  NC_007298  62898  64397  1500  ammonium transporter  YP_283283  normal  0.0265828  normal  0.286755  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0055  CDS  NC_007298  64513  65055  543  isochorismatase hydrolase  YP_283284  normal  0.154479  normal  0.55434  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0056  CDS  NC_007298  65055  65924  870  formyltetrahydrofolate deformylase  YP_283285  normal  0.333172  normal  0.573023  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0057  CDS  NC_007298  65930  66541  612  phosphoserine phosphatase  YP_283286  normal  normal  0.254391  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0058  CDS  NC_007298  66585  68936  2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  YP_283287  normal  normal  0.218721  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0059  CDS  NC_007298  68936  69799  864  ABC-type phosphate/phosphonate transport system periplasmic component-like protein  YP_283288  normal  normal  0.276944  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0060  CDS  NC_007298  70193  70507  315  hypothetical protein  YP_283289  normal  normal  0.3967  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0061  CDS  NC_007298  70544  72451  1908  ABC transporter related  YP_283290  normal  normal  0.234701  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0062  CDS  NC_007298  72790  73398  609  biopolymer transport protein TolA  YP_283291  hitchhiker  0.00128195  normal  0.411691  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0063  CDS  NC_007298  73412  74626  1215  metal-dependent phosphohydrolase  YP_283292  hitchhiker  1.74704e-09  normal  0.452255  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0064  CDS  NC_007298  74598  75635  1038  A/G-specific DNA-adenine glycosylase  YP_283293  hitchhiker  4.61825e-14  normal  0.645907  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0065  CDS  NC_007298  75700  76200  501  flavin reductase-like, FMN-binding  YP_283294  hitchhiker  1.99238e-16  normal  0.847147  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0066  CDS  NC_007298  82138  82770  633  peptidase S16, lon N-terminal  YP_283295  normal  0.394074  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0067  CDS  NC_007298  82772  83383  612  aromatic acid decarboxylase  YP_283296  normal  0.917609  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0068  CDS  NC_007298  83383  83913  531  heptaprenyl diphosphate synthase component I  YP_283297  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0069  CDS  NC_007298  83894  84268  375  hypothetical protein  YP_283298  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0070  CDS  NC_007298  84268  85125  858  hypothetical protein  YP_283299  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0071  CDS  NC_007298  85185  86354  1170  peptidase M20D, amidohydrolase  YP_283300  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0072  CDS  NC_007298  87027  87800  774  hypothetical protein  YP_283301  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0073  CDS  NC_007298  87805  88464  660  hypothetical protein  YP_283302  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0074  CDS  NC_007298  88541  92146  3606  allophanate hydrolase subunit 2  YP_283303  normal  0.755435  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0075  CDS  NC_007298  92156  93958  1803  allophanate hydrolase  YP_283304  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0076  CDS  NC_007298  94027  94482  456  CopG family transcriptional regulator  YP_283305  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0077  CDS  NC_007298  94510  95871  1362  L-glutamine synthetase  YP_283306  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0078  CDS  NC_007298  95911  96669  759  creatininase  YP_283307  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0079  CDS  NC_007298  96674  97597  924  ABC transporter related  YP_283308  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0080  CDS  NC_007298  97608  98564  957  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  YP_283309  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0081  CDS  NC_007298  98595  99593  999  ABC transport system substrate-binding protein  YP_283310  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0082  CDS  NC_007298  99954  100256  303  hypothetical protein  YP_283311  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0083  CDS  NC_007298  100399  101313  915  Beta-lactamase-like  YP_283312  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0084  CDS  NC_007298  101482  101691  210  hypothetical protein  YP_283313  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0085  CDS  NC_007298  101691  102680  990  hypothetical protein  YP_283314  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0086  CDS  NC_007298  102677  103582  906  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  YP_283315  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0087  CDS  NC_007298  103668  104351  684  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_283316  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0088  CDS  NC_007298  104548  105177  630  hypothetical protein  YP_283317  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0089  CDS  NC_007298  105215  107215  2001  3-methylcrotonoyl-CoA carboxylase, alpha subunit  YP_283318  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0090  CDS  NC_007298  107219  108004  786  enoyl-CoA hydratase  YP_283319  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0091  CDS  NC_007298  108017  108634  618  negative transcriptional regulator  YP_283320  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0092  CDS  NC_007298  108638  110245  1608  carboxyl transferase  YP_283321  normal  0.684642  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0093  CDS  NC_007298  110302  110901  600  hypothetical protein  YP_283322  normal  0.17975  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0094  CDS  NC_007298  110924  111529  606  DSBA oxidoreductase  YP_283323  normal  0.0386897  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0095  CDS  NC_007298  111562  112383  822  hypothetical protein  YP_283324  normal  0.0117028  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0096  CDS  NC_007298  112459  113595  1137  Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal:Acyl-CoA dehydrogenase, central region:Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal  YP_283325  normal  0.0160842  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0097  CDS  NC_007298  113592  114506  915  hypothetical protein  YP_283326  normal  0.112407  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0098  CDS  NC_007298  114507  115697  1191  thiolase  YP_283327  normal  0.714635  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0099  CDS  NC_007298  115726  116889  1164  GCN5-related N-acetyltransferase:carbonic anhydrase  YP_283328  normal  0.609712  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0100  CDS  NC_007298  116928  118100  1173  isovaleryl-CoA dehydrogenase  YP_283329  normal  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 43    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>