4618 genes were found for organism Frankia sp. CcI3



Page 1 of 47    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Francci3_0001  CDS  NC_007777  35  1723  1689  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_479125  unclonable  6.90317e-08  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0002    NC_007777  2126  2485  360      decreased coverage  6.69126e-08  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0003  CDS  NC_007777  2488  3696  1209  DNA polymerase III, beta subunit  YP_479126  hitchhiker  1.38278e-05  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0004  CDS  NC_007777  3698  4897  1200  recombination protein F  YP_479127  hitchhiker  0.000897119  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0005  CDS  NC_007777  4887  5708  822  hypothetical protein  YP_479128  normal  0.0987513  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0006  CDS  NC_007777  5916  7955  2040  DNA gyrase subunit B  YP_479129  normal  0.216936  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0007  CDS  NC_007777  8155  10659  2505  DNA gyrase subunit A  YP_479130  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0008  CDS  NC_007777  10825  11724  900  hypothetical protein  YP_479131  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0009  CDS  NC_007777  11810  12496  687  hypothetical protein  YP_479132  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0010  CDS  NC_007777  13122  14525  1404  glycosyl transferase, group 1  YP_479133  normal  0.785418  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0011  CDS  NC_007777  14536  15267  732  methyltransferase type 11  YP_479134  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0012  CDS  NC_007777  15254  16435  1182  hypothetical protein  YP_479135  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0013  CDS  NC_007777  16418  16990  573  hypothetical protein  YP_479136  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0014  CDS  NC_007777  17127  17819  693  peptide deformylase  YP_479137  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0015  CDS  NC_007777  18601  20655  2055  glycosyl transferase family protein  YP_479138  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0016  CDS  NC_007777  20624  22171  1548  acyltransferase 3  YP_479139  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0017  CDS  NC_007777  22428  25316  2889  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  YP_479140  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0018  CDS  NC_007777  25679  27331  1653  hypothetical protein  YP_479141  normal  0.830051  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0019  CDS  NC_007777  27358  27978  621  hypothetical protein  YP_479142  normal  0.570283  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0020  CDS  NC_007777  28057  29211  1155  CRISPR-associated Cse4 family protein  YP_479143  normal  0.451411  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0021  CDS  NC_007777  29208  30038  831  CRISPR-associated Cas5e family protein  YP_479144  normal  0.538245  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0022  CDS  NC_007777  30046  30873  828  hypothetical protein  YP_479145  normal  0.724418  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0023  CDS  NC_007777  30875  31867  993  CRISPR-associated Cas1 family protein  YP_479146  normal  0.408897  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0024  CDS  NC_007777  31864  32142  279  CRISPR-associated Cas2 family protein  YP_479147  normal  0.782096  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0025  CDS  NC_007777  32272  32565  294  hypothetical protein  YP_479148  normal  0.750895  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0026  CDS  NC_007777  32562  32816  255  hypothetical protein  YP_479149  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0027  CDS  NC_007777  32939  34468  1530  hypothetical protein  YP_479150  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0028  CDS  NC_007777  34525  34953  429  OsmC-like protein  YP_479151  normal  0.477664  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0029  CDS  NC_007777  35311  35586  276  hypothetical protein  YP_479152  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0030  CDS  NC_007777  35871  37199  1329  secretory lipase  YP_479153  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0031  CDS  NC_007777  37685  38491  807  hypothetical protein  YP_479154  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0032  CDS  NC_007777  38911  39249  339  nitrogen regulatory protein P-II  YP_479155  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0033  CDS  NC_007777  39396  39938  543  PBP family phospholipid-binding protein  YP_479156  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0034  CDS  NC_007777  39979  42114  2136  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  YP_479157  normal  normal  0.694512  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0035  CDS  NC_007777  42111  43613  1503  putative integral membrane protein  YP_479158  normal  normal  0.636465  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0036  CDS  NC_007777  43653  45035  1383  hypothetical protein  YP_479159  normal  normal  0.420884  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0037  CDS  NC_007777  45032  45817  786  hypothetical protein  YP_479160  normal  0.350909  normal  0.929777  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0038  CDS  NC_007777  45887  46303  417  hypothetical protein  YP_479161  normal  0.11867  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0039  CDS  NC_007777  46300  48741  2442  hypothetical protein  YP_479162  normal  0.468555  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0040  CDS  NC_007777  49299  50174  876  hypothetical protein  YP_479163  normal  0.0902306  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0041  CDS  NC_007777  50181  51176  996  NLP/P60  YP_479164  normal  0.430296  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0042  CDS  NC_007777  51205  51471  267  hypothetical protein  YP_479165  normal  0.125113  normal  0.999532  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0043  CDS  NC_007777  51706  53304  1599  twin-arginine translocation pathway signal  YP_479166  normal  0.162495  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0044  CDS  NC_007777  53428  56019  2592  serine/threonine protein kinase  YP_479167  normal  0.0701705  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0045  CDS  NC_007777  56163  57833  1671  glucose-6-phosphate isomerase  YP_479168  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0046  CDS  NC_007777  57927  58268  342  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  YP_479169  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0047  CDS  NC_007777  58859  59182  324  hypothetical protein  YP_479170  normal  0.66565  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0048  CDS  NC_007777  59204  62632  3429  adenylate/guanylate cyclase  YP_479171  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0049  CDS  NC_007777  62629  62964  336  ABC-type multidrug transport system ATPase component-like  YP_479172  normal  0.777277  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0050  CDS  NC_007777  63095  63721  627  nitroreductase  YP_479173  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0051  CDS  NC_007777  63817  64413  597  hypothetical protein  YP_479174  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0052  CDS  NC_007777  64448  67876  3429  hypothetical protein  YP_479175  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0053  CDS  NC_007777  68071  69915  1845  acyl-CoA dehydrogenase-like  YP_479176  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0054  CDS  NC_007777  69967  70365  399  hypothetical protein  YP_479177  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0055  CDS  NC_007777  70487  70723  237  hypothetical protein  YP_479178  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0056  CDS  NC_007777  70854  72428  1575  dehydrogenase subunit  YP_479179  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0057  CDS  NC_007777  72481  73542  1062  transketolase  YP_479180  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0058  CDS  NC_007777  73539  74738  1200  pyruvate dehydrogenase  YP_479181  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0059  CDS  NC_007777  74865  75776  912  hypothetical protein  YP_479182  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0060  CDS  NC_007777  75885  77102  1218  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  YP_479183  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0061  CDS  NC_007777  77199  77627  429  zinc uptake regulator  YP_479184  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0062  CDS  NC_007777  78169  78789  621  hypothetical protein  YP_479185  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0063  CDS  NC_007777  78731  80380  1650  hypothetical protein  YP_479186  normal  0.579988  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0064  CDS  NC_007777  80424  81671  1248  aminotransferase AlaT  YP_479187  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0065  CDS  NC_007777  82288  82662  375  hypothetical protein  YP_479188  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0066  CDS  NC_007777  82641  82997  357  hypothetical protein  YP_479189  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0067  CDS  NC_007777  83126  84502  1377  HNH endonuclease  YP_479190  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0068  CDS  NC_007777  85040  86473  1434  sigma-24  YP_479191  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0069  CDS  NC_007777  86820  88559  1740  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  YP_479192  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0070  CDS  NC_007777  88699  89094  396  large conductance mechanosensitive channel protein  YP_479193  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0071  CDS  NC_007777  89381  90892  1512  hypothetical protein  YP_479194  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0072  CDS  NC_007777  90921  92099  1179  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like  YP_479195  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0073  CDS  NC_007777  92127  92720  594  hypothetical protein  YP_479196  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0074  CDS  NC_007777  92722  93798  1077  hypothetical protein  YP_479197  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0075  CDS  NC_007777  94020  94670  651  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  YP_479198  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0076  CDS  NC_007777  94744  95439  696  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  YP_479199  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0077  CDS  NC_007777  95499  96299  801  hypothetical protein  YP_479200  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0078  CDS  NC_007777  96417  97085  669  hypothetical protein  YP_479201  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0079  CDS  NC_007777  97224  98060  837  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  YP_479202  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0080  CDS  NC_007777  98144  98539  396  putative ATP/GTP binding protein  YP_479203  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0081  CDS  NC_007777  98966  100075  1110  citrate synthase 2  YP_479204  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0082  CDS  NC_007777  100068  101192  1125  phosphoserine aminotransferase  YP_479205  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0083  CDS  NC_007777  101296  102663  1368  citrate synthase  YP_479206  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0084  CDS  NC_007777  102901  103620  720  two component LuxR family transcriptional regulator  YP_479207  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0085  CDS  NC_007777  103611  105374  1764  putative signal transduction histidine kinase  YP_479208  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0086  CDS  NC_007777  105749  106180  432  MarR family transcriptional regulator  YP_479209  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0087  CDS  NC_007777  106217  107347  1131  dehydrogenases and related proteins-like  YP_479210  normal  0.467087  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0088  CDS  NC_007777  107420  108103  684  2',5' RNA ligase  YP_479211  normal  0.531948  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0089  CDS  NC_007777  108070  108585  516  response regulator receiver protein  YP_479212  normal  0.68554  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0090  CDS  NC_007777  109230  110144  915  hypothetical protein  YP_479213  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0091  CDS  NC_007777  110202  110540  339  hypothetical protein  YP_479214  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0092  CDS  NC_007777  110569  114177  3609  hypothetical protein  YP_479215  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0093  CDS  NC_007777  114314  115126  813  hypothetical protein  YP_479216  normal  normal  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0094  CDS  NC_007777  115384  117018  1635  amidophosphoribosyltransferase  YP_479217  normal  normal  0.971406  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0095  CDS  NC_007777  117015  118124  1110  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  YP_479218  normal  normal  0.605031  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0096  CDS  NC_007777  118388  118594  207  hypothetical protein  YP_479219  normal  normal  0.35423  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0097  CDS  NC_007777  118976  120046  1071  valine dehydrogenase (NAD)  YP_479220  normal  normal  0.405788  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0098  CDS  NC_007777  120308  121138  831  hypothetical protein  YP_479221  normal  normal  0.364761  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0099  CDS  NC_007777  121291  121497  207  excisionase/Xis, DNA-binding  YP_479222  normal  normal  0.51311  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0100  CDS  NC_007777  122042  122794  753  hypothetical protein  YP_479223  normal  normal  0.371889  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 47    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>